引起小儿发病的病因多数与成人相同，先天因素则是小儿特有的病因。同时，由于小儿具有自身的生理特点，因而小儿对不同病因致病的情况和易感程度与成人有明显的差别。
小儿病因，以外感、食伤和先天因素居多，情志、意外和其他因素也值得注意。就小儿群体而言，不同年龄对不同病因的易感程度也不同，如年龄越小对六淫邪气的易感程度越高，年龄越小因乳食而伤的情况也越多等。
一、外感因素
外感六淫邪气与疫疠之气，均易于伤害小儿而致病。
六淫邪气是风、寒、暑、湿、燥、火六种外感病邪的统称。风、寒、暑、湿、燥、火在正常情况下称为“六气”，是自然界六种不同的气候变化。
若“六气”发生太过或不及的改变，非其时而有其气，便成为导致人体患病的原因，称为“六淫”。由于小儿为稚阴稚阳之体，脏腑娇嫩，又寒温不知自调，因而与成人相比，小儿更易被“六淫”邪气所伤。
小儿肺脏娇嫩，外功能较成人为弱，最易被风热、风寒邪气所伤，产生各种肺系疾病；小儿脏腑娇嫩，气血津液尚不充盛，又易被燥邪、暑邪所伤，形成肺胃阴津不足、气阴两伤等病证；小儿为纯阳之体，六气易从火化，小儿感受外邪以热性病证为多。
疫疠是一类具有强烈传染性的病邪，其引发的疾病有起病急骤、病情较重、症状相似、易于流行等特点。小儿之体为“稚阴稚阳”，形气未充，御邪能力较弱，是疫疠邪气传染的易感群体，容易形成疫病的发生与流行。
二、乳食因素
小儿“脾常不足”，且乳食不知自节，易为乳食所伤。诚如《幼科发挥·小儿正诀指南赋》所说：“肠胃脆薄兮，饮食易伤。”
小儿乳食贵在有序、有时、有节。由于家长喂养不当，初生缺乳，或未能按期添加辅食，或任意纵儿所好，饮食营养不均衡，皆能使小儿脾气不充，运化失健，产生脾胃病证。
又常因小儿幼稚，不能自调、自控饮食，易于造成挑食、偏食，过食寒凉者伤阳，过食辛热者伤阴，过食肥甘厚腻者伤脾等；小儿易见饥饱不均，乳食食入量偏少可导致气血生化不足，乳食食入量过多又可导致脾胃受损。
饮食不洁也是小儿发病的一个常见原因。小儿缺乏卫生知识，易于误食一些被污染的食物，引发肠胃疾病，如吐泻、腹痛、寄生虫病等。
三、先天因素
先天因素即禀赋胎产因素，是指小儿出生之前已作用于胎儿的致病因素。遗传病因是小儿先天因素中的主要病因，父母的基因缺陷可导致小儿先天畸形、生理缺陷或代谢异常等。
妇女受孕以后，不注意养胎护胎，也是导致小儿出现先天性疾病的常见原因，如妊娠妇女饮食失节、情志不调、劳逸失度、感受外邪、房事不节等，都可能损伤胎儿而为病。诚如《格致余论·慈幼论》所说：“儿之在胎，与母同体，得热则俱热，得寒则俱寒，病则俱病，安则俱安。”
四、情志因素
小儿对外周环境认识的角度不同于成人，因而导致小儿为病的情志因素与成人有着一定的区别。《温病条辨·解儿难》说：“小儿但无色欲耳，喜怒悲恐，较之成人更专且笃”。小儿心神怯弱，最常见的情志所伤是惊恐。
当小儿乍见异物或骤闻异声时，容易导致惊伤心神，出现夜啼、心悸、惊惕、抽风等病证；长时间的所欲不遂，缺少关爱，容易导致忧思，思虑损伤心脾，出现厌食、呕吐、腹痛、孤独忧郁等病证；家长对子女的过于溺爱，使儿童心理承受能力差，或者学习负担过重，家长期望值过高，都易于产生精神行为障碍类疾病。
五、意外因素
小儿年少无知，没有或者缺乏生活经验，缺乏对周围环境安全或危险状况的判断能力，不知利害关系，因而容易受到意外伤害。例如：溺水、触电、烫伤，以及跌打扑损的外伤、误食毒物的中毒、不慎吸入异物的窒息等。
六、其他因素
现代临床上，环境及食品污染或残留农药、激素含量超标等，已成为当前普遍关心的致病因素。放射性物质损伤，包括对胎儿和儿童的伤害，引起了广泛的重视。