一夜之间突然感觉尿道口刺痛并伴有烧灼感，严重的还有排尿困难;而对于女性患者来说则会危及到整个生殖器官，最后导致不孕。除此之外详细的症状还有以下这些：
1、男性衣原体性尿道炎，又称为非淋菌性尿道炎(NGU)。是由衣原体感染引起的非急性化脓性尿道粘膜炎性病变。
(1)本病潜伏期比淋病长，约1-3周或数月，主要表现为尿道内不适，刺痛及烧灼感，并伴有不同程度的尿频、尿急、尿痛，尿痛较淋病为轻。尿道口轻度红肿并有浆液或粘液脓性分泌物，稀薄而量少，长时期不排尿或早晨首次排尿前可见尿道口分泌物污染内裤，并可见尿道口有“糊口”现象;分泌物少时，于晨起挤压尿道才流出少量粘液。
(2)沙眼衣原体感染易并发附睾炎，表现为附睾肿大，变硬及触痛，多为单侧，部分患者的抗沙眼衣原体抗体升高，可直接从附睾抽吸液中分离出沙眼衣原体;累及睾丸可出现睾丸炎，表现为睾丸疼痛、触痛、阴囊水肿及输精管变硬变粗;累及前列腺时可出现后尿道、会阴及肛门部位钝痛或触痛，可有性功能障碍，直肠镜检可触及有压痛的前列腺。如前列腺明显肿大，可压迫后尿道而出现尿流变细、排尿无力及尿流中断等;本病还可以合并Reiter综合征，即关节炎，结膜炎，尿道炎三联症。
2、女性生殖系统衣原体感染症。
(1)女性感染衣原体不限于尿道，可累及整个泌尿生殖器官，此类感染常因缺乏自觉症状或症状轻微而忽视了治疗，造成传染源而扩散，形成危害。
(2)女性衣原体感染比男性感染引起的症状要多，其主要感染部位为宫颈，其后遗症多导致不孕症。