为了预防甲氨蝶呤可能出现的副作用，应注意以下几点：（1）开始服用的头3个月，每2周查1次血、尿常规和肝肾功能，以后每1～3月查1次；
（2）对有肝炎病史的病人，要慎用或不要长期使用，并忌酒；（3）有巨幼红细胞贫血、口腔溃疡、轻度肝损害或有严重的末梢神经炎病人，可加用叶酸每天5毫克，每天3次；（4）女性病人应停用甲氨蝶呤半年至1年再怀孕，以防发生畸胎。据报道，甲氨蝶呤的畸胎发生率为30%；
（5）出现较严重腹泻和溃疡性口腔炎须考虑停药，以防发生出血性肠炎和致命的肠穿孔；（6）对于甲氨蝶呤过量中毒时，可应用甲酰四氢叶酸6～12毫克肌肉注射，6小时1次，共4次，必要时进行血液透析；
（7）合用可使该药血药浓度升高的药物如保泰松、苯妥英、苯巴比妥、皮质醇、磺胺类、四环素、氯霉素、对氨基苯甲酸、青霉素、水杨酸盐类和丙磺舒等时，应注意下调剂量；（8）如同时有腹水或胸水时，甲氨蝶呤剂量也不宜过大。