核桃仁所含的脂肪，虽然是有利于清除胆固醇的不饱和脂肪酸，但脂肪本身具有很高的热量，如果过多食用又不能被充分利用的话，就会被人体作为胆固醇储存起来，结果适得其反。一般来说，每天服用核桃仁的重量，应在40克左右，大约相当于四五个核桃。同时应该适当减少其它脂肪摄入，以避免热量摄入过高。
中医上讲，核桃火气大，含油脂多，吃多了会令人上火和恶心，正在上火、腹泻的人不宜吃。
核桃仁有通便作用，但核桃外壳煮水却可治疗腹泻。核桃仁含鞣酸，可与铁剂及钙剂结合降低药效。吃核桃仁时应少饮浓茶。
有的人喜欢将核桃仁表面的褐色薄皮剥掉，这样会损失掉一部分营养，所以不要剥掉这层皮。