医学研究的对象是人，无论是中医还是西医，都是研究如何使人不得病、少得病，使病痛能尽快地解除，以及如何延长人的寿命等问题。虽然两种医学研究的对象与问题相同，但在认识方法与研究方法上却走了两条绝然不同的道路。
实际上，在医学知识积累的早期，中国古代医家对人体自身的组织结构也曾进行了不少的解剖观察研究，形成了初步的人体解剖知识和概念，比如：身体表面覆盖着皮肤，皮肤之下有肉、脉、筋、骨，骨内有骨髓；脊椎骨内的骨髓上通于脑等。胸腔与腹腔以横膈为界，胸腔内有心、肺，腹腔内有肝、脾、肾和胆、胃、肠、膀胱等，这些脏器都位于躯体之内而称为内脏。有些观察相当仔细，如对胃的容积、肠的长度等都有详细的测量数据。
但是，相对形体而言，中医更重视机体的功能，以这些较为简单的组织结构概念，来表达、概括丰富、系统、复杂的机体生理活动。所以，中医学的许多人体组织结构概念，在内涵上比西医学要宽泛得多，两者往往不可对等。
例如：中医所说的“皮毛”，除了指人体的体表、表层，还常用来表达身体的浅表部位和层次，在论述病理情况时又指病位较浅或病势较轻。
“骨”被皮肉围护于内，骨中有髓，古人认为骨髓是深藏于内的重要营养物质，所以常以此表达身体的深层部位，在论述病理情况时又指病位较深或病势较重。从这个角度讲，中医没有与西医概念上对等的解剖学。
对于疾病，中医很早就进行了大量的临床观察，受当时思想认识方法的影响，古代医家对多种多样的疾病症候，多从性质上去归纳、把握。
例如：诊断疾病时，中医以“阴、阳、表、里、寒、热、虚、实”八个字来分类概括疾病的症候表现，如果见到面色苍白或暗黑、神情不振、语声低微、怕冷、四肢不温、小便色清、脉搏微细者，诊断为“阴寒证”；
若是目赤面红、语声洪亮、急躁易怒、口渴欲冷饮、皮肤灼热、小便黄赤、脉搏有力而明显者，诊断为“阳热证”。
这些结论，是医生通过“望、闻、问、切”等感官的方法了解病症表现，进行综合分析判断后得出的，而不依靠抽血、化验、摄片等实验室检查的方法。
另外，大家知道，中医治病的主要武器是中药，中药大多是天然的植物、动物、矿物，每种物质所含的成份、作用也是十分复杂的，但中医却只用“四气五味”、“升降浮沉”八个字来概括，四气即“寒、热、温、凉”，五味即“辛、甘、酸、苦、咸”。
古代医家们根据口尝及用药后的人体反应来确定每一种药物的气与味、作用方向，而不同的气味与趋势各有不同的作用。如大家经常吃的生姜，口尝有辛辣之味，用后有发热、出汗的感觉，中医将其定为“味辛，性温、升浮”，认为其有“散寒”的作用，可以治疗属“表寒”性的疾病。这种药性的确定，也不是依靠实验室的检测。
特点之二，是中医的整体观。
所谓整体观，就是全面地看问题，认为人体的五官九窍、内脏、四肢等上下内外是一个整体，在生理上相互关联，病变时相互影响。
比如：中医认为眼睛和肝关联（肝开窍于目），眼睛红赤疼痛，则病变不仅仅在“目”这一局部，而且与“肝”有关；舌尖长溃疡，认为与“心”有关，皮肤的病与“肺”有关，肌肉的病与“脾”有关等等。
在诊断与治疗疾病时，也充满了整体观的思想。
如某人患病，表现为头胀痛，目赤痒痛多眵，鼻塞不通，流大量脓涕，口苦，右胁下胀痛，反射至肩背，小便频急疼痛，色黄赤等症状，测血压发现血压升高；B超检查提示胆囊炎、胆结石；小便检验发现有红细胞、白细胞等。
西医可能会诊断为：1、高血压病；2、结膜炎；3、鼻窦炎；4、胆囊炎、胆石症；5、尿路感染等五种疾病。
而对中医来说，用“肝胆火旺”四个字就可以解释以上所有的症状。治疗也只需要用一首方剂。
除了认为人体自身是一个统一体外，中医还十分强调人与自然、社会的整体联系。诊病时，不但要诊察病人本身的体质特征，如出生时的基本情况、父母的身体状况等，还要结合当时的季节与气候，结合人的生活环境、工作性质、人际关系等。
如夏季好发的哮喘与冬季好发的哮喘，在诊断与治疗都会有所区别；生活压力大、工作或人际关系紧张与生活压力小、工作轻松、人际关系良的人所患的病往往不同。
特点之三，是重视病人的个体特点，即注重的是“病的人”，而不仅是“人的病”。
中医的预防与治疗理念都紧紧围绕“这个人”的变化与反应。在中医学范畴里，可以说没有“新的病”，只有“病的人”，治疗方法的确定不仅取决于“病”，更取决于“人”。
如：同样是流行性感冒，都表现发热恶寒、鼻塞流涕、咳嗽等症状，但体质强与体质弱、有汗者与无汗者的治疗却完全不同。所以有人将中医称为“个体医学”