1、精索静脉曲张：精索静脉曲张时，睾丸的局部温度会升高，血管活性物质增加，从而影响睾丸生精功能，但精索静脉曲张程度与精子质量不成比例。
2、隐睾：隐睾是影响精液质量的重要原因之一。单侧隐睾约60%病人不育，因此若精子密度低，又有隐睾存在，必须及早治疗。
3、泌尿系统感染：附属生殖腺的慢性感染，可以影响精液中的各种化验指标。
自身免疫：生殖免疫学研究发现，男性自身免疫可影响生育能力，抗精子抗体可影响精子的产生和运送。
4、内分泌异常：男性正常生精功能依赖于下丘脑-垂体-性腺轴功能的正常，其中任何一个环节障碍，都会影响生精功能，其它如原发性促性腺激素不足致性腺功能低下症、继发性促性腺激素不足致性腺功能低下症、高卵泡刺激素少精子症、高泌乳素血症、慢性肾上腺皮质功能减退症、肾上腺皮质增生症、甲状腺疾病和糖尿病等而致少精症。