1.前列腺位于“深阁”中，药物很难“见到它”
前列腺炎一直被认为是“难治之症”，这和前列腺的特殊位置与独特结构有密切关系。前列腺深藏于男子盆腔里，比较隐密，其外部有三层坚韧的包膜，血循环很微弱，一般杀菌消炎药物很难穿透包膜进入腺体，起不到杀死细菌的目的，药物难以全面渗透，同时已杀死的炎性细胞也不能通过较差的血循环冲刷出体外，往往形成“废物”堆积。因此，慢性前列腺炎大多久治不愈。
2.患者对慢性前列腺炎缺乏科学认识
很多患者对前列腺炎缺乏科学、正确的认识，也是其难以治愈的重要原因。一是盲目就医，选择小诊所进行治疗，滥用抗生素或使用副作用大的治疗方法，缺乏科学、综合的治疗，结果往往贻误病情，造成前列腺炎迁延不愈；二是心理压力过大，以为前列腺炎是“绝症”，并认为有失男性尊严，结果造成症状加重，甚至引起性功能障碍；三是见好就收，不能坚持治疗，造成前列腺炎治疗不彻底，一旦自身免疫力下降，前列腺炎又“卷土重来”。
3.患者对慢性前列腺炎的“单相思”造成疾病迁延不愈
前列腺炎之所以难治，是因为多数伴有心理问题。一个公认的事实是，80%以上的慢性前列腺炎患者会出现某种精神心理障碍，比如失眠、多梦、健忘、精力减退、情绪低落、悲观失望、易疲劳、紧张、焦虑、抑郁，其中20%~50%的患者比较严重，出现阳痿、早泄甚至自杀倾向。这些症状使慢性前列腺炎变得复杂、难治或容易复发，成为疾病迁延不愈的重要原因。
研究表明，久治不愈的慢性前列腺炎患者多数有一种“病前性格”，这些患者多数性格内向、敏感多疑甚至略带神经质。一旦他们患上慢性前列腺炎或出现某些异常感觉，会终日忧心忡忡，不知所措，他们往往过分关注疾病对人体的危害，担心慢性前列腺炎将影响自己的性功能与生育能力，担心自己的疾病是性传播疾病，担心前列腺炎可能转变成癌症等。患者的注意力集中在某个或某些症状上，并且使自己的感觉放大，进入恶性循环不能自拔;患者对自己的躯体感觉过度担忧，过分的关注就可使不适的感觉更加明显;由于患者缺乏正确的科普知识，经常会把一些正常的生理反应误认为异常的病理征象，长期过分担忧会形成固定症状。