附睾结核的致病菌为结核杆菌，结核菌属于分枝杆菌，对人有致病性者主要为人型及牛型杆菌。结核菌细长，稍弯，两头微钝，发育生长期多呈分支状，有时呈丝状、棒状。人型结核杆菌，严格需氧，主要寄生于细胞内，不易染色，但经品红加热染色后，使用酸性酒精冲洗亦无法使之脱色，故称为抗酸杆菌。细菌在不利条件下也可出现变型，失去细胞壁，故称之为L型结核菌。结核茵生长缓慢，每20~24小时才繁殖一代，抗生素对繁殖生长的结核菌有效，不繁殖的结核菌，代谢不能被抗生素阻断，在应用抗生素时也能存活。
病理病机：
光镜下早期病变可见附睾小管内含有脱落的上皮细胞。白细胞及大量的结核杆菌，继之出现小管坏死，形成肉芽肿、干酪样变及纤维化。偶可于附睾内见到精子肉芽肿。血行播散时，病变先位于附睾间质内，可见多个粟粒样微小的肉芽肿，然后侵犯附睾管。附睾内的干酪样变很快蔓延到附睾之外，与阴囊粘连，形成冷脓肿，经久不愈。
临床上最明显的男性生殖系结核是附睾结核，从病理检查的结果来看，最常发生的部位是前列腺，附睾结核的原发灶可能在前列腺，附睾尾部的结核，一向认为是经前列腺、输精管逆行感染所致，血行播散的可能性也很大。有时附睾结核为患者唯一的症状，泌尿系造影检查和尿结核菌培养均为阴性，而附睾病变及窦道中可培养出结核杆菌。故附睾结核究竟是来自泌尿生殖系结核还是主要由原发感染经血行播散引起，还存在争论，二者均可引起，但以何者为主，尚待进一步研究。
临床表现：
附睾结核一般发展缓慢，附睾逐渐肿大，无明显疼痛，肿大的附睾可与阴囊粘连形成寒性脓肿，如寒性脓肿继发感染，则局部红肿热痛，脓肿破溃流出版液及干酷样坏死物质后，形成窦道。个别患者起病急骤、高烧、疼痛、阴囊迅速增大，类似急性附睾炎，待炎症消退后，留下硬结、皮肤粘连、阴囊窦道。附睾结核的压痛多不明显，严重者附睾、睾丸分界不清，输精管增粗，呈串珠状，偶见少量鞘膜积液，直肠指诊时，前列腺有硬结。
诊断及鉴别诊断：
附睾结核的诊断一般无困难，如有典型的附睾硬结、皮肤粘连、窦道及串珠样输精管病变，诊断当可确定。但早期和急性发作的附睾结核易误诊。早期附睾结核应与慢性附睾炎鉴别，慢性附睾炎疼痛较明显，常有急性发作及反复发作史，附睾肿块不如结核硬、大，很少形成局限性硬结，不形成窦道，亦无皮肤粘连及输精管串珠样改变。淋菌性附睾炎有淋球菌感染史，发病较急，局部红、肿、热、痛，尿道内有脓性分泌物，其中可查到细胞内革兰阴性双球菌，尿道分泌物通过多聚酶链反应(PCR）可查到淋球菌特有的氨基酸序列。衣原体所致附睾炎也可引起类似淋菌性急性附睾炎，患者有非淋病性尿道炎史，尿道内分泌物多较稀薄呈白色。阴囊内丝虫病有时可与结核性附睾炎混淆，丝虫病所引起的浸润和硬结在附睾附近的精索内，与附睾可分开，丝虫病硬结往往在短期内有较大的改变，而结核病则改变很慢，丝虫病有地区性，患者可同时有橡皮肿及乳糜性鞘膜积液。正常的附睾有时被误诊为附睾结核，附睾头及尾部稍大或稍硬属正常现象，如果没有浸润或硬结，不能确定诊断，可随诊观察。