百日咳中医称为“顿咳”，又因其具有传染性易引起流行，故又称“疫咳”。临床分为初咳期、痉咳期、恢复期。
初咳期1-2周，初起似感冒，咳嗽，喷嚏，流涕，或有微热，咳嗽日渐加剧，夜重昼轻。属风热者，咽红而痛，咳嗽痰稠，舌质红苔薄黄，脉浮数。属风寒者，咽痒不红，咳嗽痰稀，舌质淡苔薄白，脉浮。
痉咳期2-6周，咳嗽阵作，日轻夜重，咳后鸡鸣样吸气声明显，没要咳出或吐出痰涎后方能缓解，咳时伴有面赤耳红，涕泪俱出，弯腰曲背，眼胞浮肿。舌质红，苔黄腻，脉滑数，指纹紫。
恢复期约6周以后，咳嗽程度减轻，发作次数减少，咳而有力，气短乏力，食少而烦。舌淡苔少，脉细数，指纹淡滞。
中医认为，本病主要病机为痰气交阻，肺气上逆，故治当涤痰清火，泻肺降逆。初咳期治以温肺散寒宣肺，或疏风清热宣肺;痉咳期治以涤痰降气、泻肺清热;恢复期治以养阴润肺、益气健脾。本病主证虽呛咳不已，但不可妄用止涩之药，以防留邪为患。痉咳期痰火居多，不可早用滋阴润肺之品，以防痰火不清，病程迁延难愈。