康熙十二年(1873年)，康熙决定撤藩，这严重触犯了平西王吴三桂等人的利益，引发叛乱，史称三藩之乱。康熙为了平叛，共进行了八年残酷的内战，波及近半个中国。按传统观点，吴三桂属于地方割据势力，康熙消灭吴三桂的战争是正义的。但实际上并非如此。首先，吴三桂并没有为自己攫取权力，他的权力是清政府给的。
吴三桂控制下的云贵地区是有些自治的味道，但这点自治权力是清政府给的。顺治十六年(1660年)，清军占领了昆明，令吴三桂镇守，并让吴三桂全权管理云南。吴三桂没有辜负清政府的信任，很快就将云南的反清力量全部消灭。康熙元年，清政府以云南为例，让他兼管尚未完全平定的贵州，吴三桂又在几年中将贵州平定。
而清政府将管理两省的权力授予吴三桂，也是符合其自身利益的，因为自占领北京后，清政府兵力明显不足，因此不得不将一些地区交给他们所信任的汉人去平定、去镇守。
其次，清政府从来没有失去过对云、贵地区的控制。
康熙六年五月，吴三桂向清政府上疏，说自己眼睛有病，精力下降，请求解除他管理云、贵两省的责任，清政府立即批准。就这样，清政府收回了云、贵州两省的行政管理权。
而且，清政府对云、贵地区的兵力也是可以控制的。顺治十七年，清政府财政困难，要求吴三桂裁军，吴三桂直接将总兵力削减了一多半;康熙四年，云南贵州基本平定，吴三桂主动向清政府提出裁军，得到批准，又裁去五千余名官兵。同时，因战争结束，吴三桂也将大将军印上交。他的种种举动均表明，他真心希望能和清政府保持和谐的关系，让清政府感觉到他的忠心。
最后，吴三桂只是在清政府的羽翼下寻求利益，并无异志。
降清后，吴三桂被封为平西王，他对此感激涕零，一心为其卖命。可以说，清政府的天下有一半是由吴三桂及其他降将打下来的，其中吴三桂功劳最大。他在攻打李自成时，经常亲冒箭林弹雨冲锋陷阵，以至清摄政王多尔衮都特别嘱咐他只发命令即可，不必冲锋陷阵。
清军占领云南后，永历帝逃往缅甸，吴三桂请求进兵缅甸，清政府的回答是如果不是很有利，不必勉强。而吴三桂不但以大军压境，逼迫缅甸交出永历帝，还处死了永历帝。可见，他是死心塌地地将自己和清政府的利益捆绑在了一起。
虽然吴三桂后来称帝了，但这并不能证明他是蓄意称帝才起兵的。他起兵的前两年，接连打胜仗，并没有称帝。起兵五年后，他已经开始打败仗，原来响应自己的一些力量已经投到清政府一边，自己又得了重病，这才登基当了皇帝。五个月后，他便死了。
总之，在康熙激变吴三桂之前，吴三桂根本就不是什么割据势力，也没有危害国家统一。既然如此，康熙发起这样的战争，并给老百姓增加这么多苦难，当然是不义的了。