穆罕默德曾答应他的军队可以按照古代军事习俗，在破城后抢掠三日。他也曾恐吓君士坦丁十一世，如果抵抗，城中平民将不能幸免。
土耳其人在初次炸开城墙及攻占陆地城墙的塔楼时，确实屠杀了很多平民，不过很快便恢复秩序。
在初步攻势后，奥斯曼军沿城中主要街道以扇形散开，经过一些大广场，到达圣使徒教堂，穆罕默德特意保存此地，让他的新任大主教可以在那里管理基督徒。穆罕默德派了一支先遣部队保护当地的重要建筑物，例如圣使徒教堂，因为他不想接收一个完全被毁的城市。
奥斯曼军在奥古斯顿广场会合，前面就是圣索菲亚大教堂，当时教堂内聚集大批平民，他们把青铜大门闩上，希望在这最后时刻能有神的保护。
破门后，士兵按照在奴隶市场可以卖得的价格把人群分隔，少数老人及一些婴孩被当场杀害。士兵们为了争夺富有的元老院议员、美貌少年或少女而打斗起来。
传说当时有两位神父在弥撒中向人群讲话，土耳其人进入时，神父便走进教堂的墙中消失。
按照传说，那两位神父会在基督徒夺回君士坦丁堡之日再次出现。虽然穆罕默德二世跟随当时各方军队的习惯，准许部下在城中强奸和抢掠，但他看到城中重要建筑遭到破坏后改变主意，在24小时后便制止那些作为。不幸地，城中已有大批居民遭受强奸、洗劫或沦为奴隶。
城破之时估计约有5万人在城内居住，当穆罕默德下令停止抢掠时，大约有一半居民仍然自由。能有那么多的居民避过奴役厄运，有赖于当时君士坦丁堡的地形。
与很久以前的全盛时期相比，君士坦丁堡在经历过鼠疫，特别是两个世纪前的第四次十字军之役所致的灾难后，多年来人口已经大减。
1453年的君士坦丁堡是由四世纪时建成的狄奥多西城墙包围著的一系列建有围墙的村庄，村庄之间被大片田野所分隔。当奥斯曼军攻破城防后，这些小镇有很多显要居民向穆罕默德的将领表示归顺。
按照伊斯兰传统，这属於自愿归顺，所以这些村庄，特别是靠著陆地城墙的那些，其居民及教堂获准免受奥斯曼军侵扰，更有穆罕默德的精锐「新军」保护他们。
在穆罕默德停止掠城后，这些居民曾经出钱赎回一些沦为奴隶的居民，他们也在多种族的奥斯曼伊斯坦堡组成一个被奥斯曼人称为米利特的自治社区。
在局势平静后，穆罕默德以列队仪式进城，期间当地居民向他献花以示恭贺。
君士坦丁堡在第四次十字军之役被攻陷后便开始残破失修，穆罕默德对该城的最初印象亦是如此。
在穆罕默德眼中，他是罗马皇帝的继承者，自封kayzer-i rum，意思是罗马凯撒，不过他也被昵称征服者。