毗卢禅寺与大明皇宫(明故宫)隔玄津桥相望，明太祖朱元璋经常来此微服私访，毗卢禅寺客堂成为朱元璋体察民情的茶馆，寻佛论道的法堂。
一天，朱元璋微服私访毗卢禅寺，正值方丈——正定禅师写意紫金山寺岚图。图中群峰叠嶂，众寺瑞显，仿佛传出寺庙的晨钟暮鼓之声。朱元璋向法师提起，幼时在家乡凤阳皇觉寺当小和尚，纳凉于寺外迟归，被关山门不能入寺，躺在地上，仰天指星，忽有灵感，撰诗一首：
天作蓬帐地作毡，
日月星辰伴吾眠，
夜间不敢长伸足，
恐怕踏破海底天。
毗卢禅寺方丈——正定禅师百感有加，立即精心将这首诗题上画卷。一时间，南京城内的文人墨客纷纷前来观赏这一圣作，毗卢禅寺人气鼎盛之极。
龙心大悦的朱元璋发圣旨：免征僧人粮食杂税。结果出了问题，为免税，俗人剃头装僧者泛滥。于是，朱元璋再次发旨：僧人必须头顶燃疤。一般俗人怎能忍受燃香之痛苦，纷纷还俗，国库中缺粮的现象很快得以解决。
1982年，中国佛教协会决定，为了僧人的身体健康，废除燃指香疤之习。