西汉末年，朝廷政权落入阴谋家王莽之手，王莽在篡位前后，更改汉荆，模仿《周礼》设官，如将“九卿”中的大司农更名为羲和（后又更名为纳言），将大鸿胪更名为典乐，少府更名为共工等。又改称郡太守为大尹，改称县令、县长为宰。 光武帝刘秀建立东汉后，重新恢复汉家制度，在朝廷中以太傅为上公，但不常置。汉献帝初年，董卓自尊为太师，位在太傅上。东汉以太尉、司徒、司空为“三公”，亦称“三司”，而太尉职权最大，为“三公”之首。 “三公”的下属有长史、掾属、令史、御属等，其中太尉的属官尤其多，如有掾史属二十四人，分为西曹、东曹、户曹、奏曹、辞曹、法曹、兵曹、仓曹等，有令史及御属二十三人，令史又分记室令史、门令史等。建安末年，曹操为丞相，郗虑为御史大夫，罢“三公”之官。 东汉中央机构中“九卿”的名称与西汉大体相同，但个别“卿”的职能有所变更，主要是少府中的尚书台权力渐重。东汉的少府设尚书令一人，尚书仆射一人（献帝时置左右仆射），尚书台分为六曹，六曹尚书与尚书令、尚书仆射合称为“八座”，每逢大事，“八座”联名上奏。另外尚书台还设左右丞各一人，侍郎三十六人，令史二十一人。 可见尚书台机构庞大，其职权不仅在其他“卿”之上，甚至超越“三公”，使中枢机构形成“政归台阁”的局面，东汉的尚书实为后世中央政府的雏形。因中枢权力集中在尚书台，“三公”形同虚设，使皇权更为集中。 东汉的地方官制仍沿用西汉郡国并置的制度，皇子封王，其郡为国，每国设傅一人，相一人。列侯所食县为侯国，功大者食县，功小者食乡、亭。乡侯、亭侯为东汉所特有，用于安置勋戚、功臣，但王侯的权力已远远弱于西汉。 东汉管辖京都的官员称为司隶，其辖地包括西、东二京和河南、河内、河东、弘农、京兆、冯翊、扶风七郡，因职权重要，司隶的地位在“九卿”之上。 在司隶管辖的范围之外，东汉设十二州，每州设刺史一人。东汉灵帝、献帝时，有的州改设牧，权力增大，为豪强割据创造了条件。如刘虞为幽州牧，刘璋为益州牧，袁绍、曹操先后为冀州牧，刘表为荆州牧，陶谦为徐州牧等。州之下为郡，郡之下为县，东汉地方官制已形成州、郡、县三级制。 东汉设将军掌管军队，大将军、骠骑将军、车骑将军的品秩地位相当于公，前、后、左、右将军的品秩地位相当于上卿。将军之下设长史、司马、从事中郎及掾属、令史、御属等。对于少数民族地区，东汉专门设武官管理，如设使匈奴中郎将掌匈奴族之事，设护乌桓校尉掌乌桓族之事，设护羌校尉掌羌族之事等。