阿布奈的嫡长子布尔尼是林丹汗的孙子兼皇太极的外孙。他即位后，表面上对清廷比较忠诚。康熙十年(1671年)，十二年(1673年)按时参加蒙古王公年班朝觐。康熙十二年(1673年)十二月，在京朝贺时布尔尼听闻三藩之乱，主动要求捐献马匹帮助清军。可是仇恨的种子早就在布尔尼的心中生长。阿布奈被囚禁后，布尔诺曾经去探监，守卫的官员拒绝了布尔尼的要求。当场布尔尼愤怒的辱骂相关的清廷官员。布尔尼私下里常说：“不应该以莫须有的罪名拘禁父王;更不应该父亲有罪还立儿子为王。”吴三桂主导的三藩爆发后，布尔尼认为这是倾泄长久以来积累仇恨的良机。当时战火遍及南部中国，为了平叛，清军主力大量南下，北京城防卫极度空虚，连守城门的士兵都是小孩来担任。布尔尼获得这些消息后，首先找借口拒绝了清廷征兵的要求，自己立即带领同党开始日夜训练兵马，打造兵器、盔甲。布尔尼想趁机救出其父阿布奈，推翻满洲人的统治，为祖先报仇，进而恢复察哈尔部历史的辉煌。
布尔尼的异常举动很快被清廷侦知。康熙十四年(1675年)三月初，跟随固伦公主出嫁察哈尔蒙古的长史辛柱察觉了布尔尼的阴谋。他秘密派遣其弟阿济根去京师向清廷告密。康熙帝认为事情尚未完全失控，如果采用成本较低的方法处理，效果会更好。康熙帝先派人召布尔尼兄弟觐见，以探虚实。为了消除布尔尼怀疑，康熙帝以孝庄太后的名义，派遣侍卫塞棱传旨蒙古诸部：“满洲公主、郡主所生的蒙古王公，即巴林王鄂齐尔兄弟、翁牛特王杜楞兄弟、及布尔尼、罗不藏兄弟一起进京朝觐。”不久蒙古诸王都来到北京，唯独布尔尼兄弟没来。布尔尼断定清廷已经发现了自己的秘密，立即决定起兵。三月十七日，布尔尼扣押了清廷使臣侍卫塞棱，公开叛乱，并号召蒙古诸王于二十五日一同举事。卧底长史辛柱亲自率领其弟巴勒米特进京奏闻。从嫁公主的满洲人，都携带自己的妻子、儿女逃至锦州。奉天将军倭内巴图鲁也紧急奏报了布尔尼的叛乱。清廷第一时间采取四个措施进行平叛：
第一，防止布尔尼劫走其父阿布奈。康熙帝命令奉天将军倭内巴图鲁固守盛京。宁古塔将军巴图海带领精兵赴盛京协防。清廷又调永陵、凤凰城等地士兵协防盛京。
第二，防止叛乱规模增大。康熙帝派遣清廷派遣理藩院郎中马喇携救书前往蒙古各部，阻止各部加入布尔尼叛乱，并且要求科尔沁、土默特等部的蒙古王公带兵协助平叛。
第三，鼓励察哈尔部内部分裂。康熙帝下旨，察哈尔内部人员，如果能擒获叛变首领，或者自行投降。清廷一定给予官爵，全部加以恩养，断不食言。这一点在以后起了很大的作用。
第四，派兵平叛。这也是最关键的一步，康熙帝迅速任命信郡王鄂札为抚远大将军，大学士都统图海为副将军，为副将军，护军统领哈克山、副都统吴丹、洪世禄并为参赞，率军出征。清廷只用6天便组织好军队。四月六日，清军兵分两路开赴战场。清廷的军队有四部分组成：满洲官兵三千余人组成的正规军;外藩蒙古科尔沁、阿鲁科尔沁、翁牛特等各部蒙古军;八旗家奴军;汉军鸟枪兵、盛京兵一千人。
四月二十一日，两路清军在岐尔哈泰汇合。信郡王鄂札侦知布尔尼屯兵于达禄山(位于今通辽市库伦旗东南)，于是率轻骑前进。次日抵达达禄山。达禄之战是清廷与布尔尼军队的决战。清军到达前，布尔尼就获得了消息，在山谷间设下了伏兵，排列好军阵等待。鄂札与图海带领满洲、蒙古军进攻，经过山涧时，布尔尼的伏兵发起攻击，给予土默特蒙古兵以重创。清军继续攻击，将伏兵歼灭。布尔尼亲领大队人马，摆列火器拒战。清军奋击，副将军图海的家奴军最为彪悍，最先突破了布尔尼的阵地。布尔尼逐渐不能抵抗，于是大败。布尔尼收拢溃军，与清军继续接战两次。清军趁胜冲杀，连续获胜，斩首甚多，获得大量马匹器械。布尔尼兄弟仅带领30个骑兵逃跑。布尔尼此次大败有清军力量强大的原因，还有一个重要的原因是内奸。两军对垒之时，察哈尔部的都统晋津，率领本部人马在阵前投降。战斗胜利后，布尔尼的妻子满洲郡主仍然住在瓦子府东三十里，由清军迎回。布尔尼扣押的清廷使臣侍卫塞棱带领着布尔尼部下佐领5人和300名士兵，归降清军。不久，科尔沁和硕额驸沙津在扎鲁特部境内将布尔尼兄弟射杀，献首京师。
布尔尼的叛乱，清军从出兵到平定只用了18天的时间。还有一路叛军是八旗察哈尔。这些人是清初零散归附清廷的察哈尔蒙古。他们没有被安排在布尔尼管理的札萨克旗下，而是编立八旗察哈尔游牧于大同，宣化以北一带，由清廷派官员管理。由于世代效忠察哈尔大汗，当布尔尼发动叛乱时，一些八旗察哈尔人也起兵响应。驻扎宣化府的八旗察哈尔左翼军队，不知道布尔尼已经战败身亡，不顾清廷官员的阻拦，毁坏边墙，直趋独石口，想加入布尔尼叛军。康熙帝命散秩大臣绰尔济招抚八旗察哈尔叛军，告之他们：“布尔尼已经战败，如果这些叛军能够返回队伍，康熙帝同意会宽恕他们。”康熙帝又授内大臣佟国纲为安北将军镇守宣化府。同时令巴林，翁牛特，敖汉，喀喇沁，土默特等部各守境内，八旗察哈尔叛军一到即为剿除，很快这次军队的骚乱也被平息。至此布尔尼的叛乱彻底被平定。
布尔尼之所以失败，和他错估形式相关。一是清廷北京防卫空虚，但它仍然有一定的军事力量，有比较精干的组织能力;二是布尔尼起兵，只获得奈曼部郡王扎木山的支持。其他蒙古各部，非但不支持，不少蒙古人加入到布尔尼的敌对一方。甚至支持布尔尼的奈曼部内部也有分裂，布尔尼起兵前，奈曼部郡王札木山的侄子鄂齐尔等人，带领9佐领的蒙古人，投降了清廷。当年的林丹汗尚且不能号令诸部蒙古，何况康熙年间，蒙古诸部早已归降清廷。清廷历代君主对蒙古王公恩威并施，大部分蒙古王公已经彻底忠诚清帝;三是内部的瓦解。察哈尔部的部分将领投降清军，加上清廷长期在察哈尔部内部经营的内线，布尔尼的军队毫无秘密可言。因此，布尔尼迅速败亡也是情理之中。
清军大军出动后。康熙帝还曾经给布尔尼兄弟最后的机会。他在给布尔尼的上谕中讲到：“你可能被身边的奸人蛊惑欺骗，也可能有不得已的苦衷。这些事你都可以和朕说。朕必然会赦免你的罪行，仍然亲近和睦。你家世代受朝廷恩养。你是公主所生，是朕的亲人，实在不忍心让你走上绝路。所以朕屡次向你下旨，如果你仍执迷不悟，恐怕以后后悔莫及。”康熙帝还给布尔尼之弟罗卜藏传旨：“你应该开导你的哥哥布尔尼，令其悔罪归顺。你们的子孙都不会失去荣华富贵。如果布尔尼不醒悟，恐怕因为他是你的哥哥，会连累到你。如果你能率属下归顺，朕仍然按亲戚对待你，立即以王爵封你，一定不会食言。你是公主的儿子，是皇家的亲戚，所以才下旨劝告你。现在大军还没到，你向你哥哥陈述利害，迅速请罪，不要辜负朕不忍心诛杀之心。”这两道谕旨表现了康熙帝的一些真实情感。因为康熙帝曾命令抚远大将军多罗信郡王鄂札：“如果布尔尼兄弟悔罪归顺，就罢兵。即使布尔尼等人临阵来降，也要保全恩养。”可惜布尔尼兄弟放弃了这最后的生机。
最后看一看战后察哈尔部众人最终的结局。布尔尼兄弟死后，首级被送至京师，群臣要求悬挂示众。康熙帝认为他们是公主所生之子，于心不忍，命人将布尔尼、罗不藏的首级及尸体，收葬与他们母亲固伦公主的坟旁。布尔尼的父亲阿布奈在盛京被绞死。布尔尼的妻子郡主回其父安亲王家。布尔尼的儿子在军前正法，女儿罚没入官。从嫁公主的满洲人，均成为军人，驻扎义州，令长史辛柱管辖镇守。康熙帝授长史辛柱二等轻车都尉，其弟阿济根云骑尉，巴勒米特云骑尉品级。这是奖励他们最先告发察哈尔布尔尼谋叛的功劳。
教唆布尔尼叛清的察哈尔部贵族阿杂里喇嘛、僧额浑津、噶尔马色冷逃到科左中旗，被科尔沁卓里克图亲王解送军前，均在军前正法。噶尔昭、噶尔马、薄托和等人的妻妾、子女逃到了在卓礼克图亲王家，被赏给有功官兵。当然也有幸免的，僧额浑津之弟尼塔尔，在布尔尼与清军开战前，就投奔卓里克图亲王。因为是在布尔尼失败之前逃跑，所以被免死，财产也得到保全。奈曼达尔汉郡王札木山，跟随布尔尼叛清，眼见形式不好，自縳请罪。清廷从宽免死，革去王爵，仍留家人牲畜，令其自谋生路。王位由事先归降清廷的札木山的侄子鄂齐尔继承。
经过此次事件，元代以来蒙古大汗的嫡系子孙彻底断绝。察哈尔部作为札萨克旗被撤销。察哈尔部残余人口或是被并入其他蒙古诸部，或是并入察哈尔八旗。林丹汗身后所留下的是一片虚无。