曹操杀华佗，似乎自断后路，所以后人多有疑者。《三国演义》的作者，是反曹派的大将，他写到曹操的儿子及本人生病，悔杀华佗时，自得之色，纸不能掩。
不过我们晓得，《三国演义》里的许多故事都是杜撰的，比方关羽刮骨疗毒，这个事是有的，但不是华佗所为。
曹操对人，是宽容还是严苛?难以定论。有些人，胡作非为好屡次，他也容忍，有些人，他却因小故杀之。大约曹操以智术自雄，最不愿受人欺。
他有慢性的头痛病，华佗对他的病，可能说过一点大话，所以曹操觉得，华佗其实能治好他的病，却不肯给他去根，欲以自重。曹操心生恨意，宁可头痛，也不愿为“小人”要挟，便把华佗杀了。
慢性头痛病，在今天来说，病因把戏百出，有说得清的，有说不清的，治愈很难。但曹操会想，他既然这么了得，什么稀奇乖僻的病都能看好，怎样会看不好我的头痛病?一定是有意欺我。
华佗是士人出身，后以医术立身，那在当时是贱业，他的心里，是不高兴的。他的脾气坏，不会取悦于人，在都中住了些年，便生归意。他找了个托辞，回到家里，曹操召了他几次，他也不出来，说妻子生病了，无法就道。
曹操派人前去看验，若华佗的妻子果真生病，便赐小豆四十斛，若是假病，就抓到狱里。不知是他的妻子果真没有生病，或使者倾害，华佗被捉到许昌拷问，一代名医，就这么死在狱中。