早在16世纪，明朝就开始制造水雷。在当时，各种类型的水雷就已经成为明朝海军的重要武器。1549年制造的“水底雷”，可称为世界上第一枚水雷。该雷用木箱做雷壳，油灰粘缝，下面的绳索连接铁锚，控制深度，人工操纵击发，比西方制造和使用水雷早了200多年。第一颗定时爆炸水雷是1590年制造的“水底龙王炮”。该雷用牛脬做雷壳，内装黑火药，用香点火作引信，凭借香的燃烧时间来定时引爆水雷。第一颗触发水雷是1637年明朝末年制造的“混江龙”水雷，该雷通过与舰船直接接触进行引爆。
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据史料记载，在万历年间的抗日援朝时期，明朝海军曾使用“水底雷”一举击沉日本一艘大型战舰，这是人类历史上第一次使用水雷取得实际战果，比日俄战争(1903年~1905年)中的水雷战早了近3个世纪。
明朝在16世纪发明的“火龙出水”是一种用于水战的两级火箭，更是现代反舰导弹的“鼻祖”。“火龙”的龙身由约1.6米长的薄竹筒制成，前边装一个木制龙头，后边装一个木制龙尾。龙体内装有火箭数枚，引线从龙头下的孔中引出。龙身下前后共装4个火箭筒。前后两组火箭引线扭结在一起。前面火箭药筒底部和龙头引出的引线相连。发射时，先点燃龙身下部的4个火药筒，推动火龙向前飞行。火药筒烧完后，龙身内的神机火箭点燃飞出，射向敌人。这种火箭已经应用了火箭并联(4个火药筒)、串联(两级火箭接力)原理。它用于水战时，可在水面上飞行数公里远。当飞向敌舰时从龙嘴发射火箭直接攻击对方舰艇。这是人类历史上第一种从战舰上发射的大型远程火箭武器，堪称“反舰导弹鼻祖”。明朝海军也因此成为世界战争史上第一支装备和使用反舰火箭的海军。