为什么说袁崇焕该杀?为了说清楚这一点，应先了解一下被袁崇焕杀掉的毛文龙究竟是何许人。
事实是天启初年明军在辽东一溃千里的时候，唯独毛文龙仅仅依靠二百军丁，深入敌后，逆流而上，涉大海、入虎穴，袭取镇江，活捉汉奸佟养真，后来又靠着惊人的胆识和过人的洞察力，开辟了东江军区。这是清修的《明史》都承认的。
东江是分布范围达千里的群岛的总称，如果用来指毛文龙管辖的军区，则还应包括陆地上朝鲜境内的铁山。其名称之得来，据说是因在鸭绿江之东。
毛文龙奏疏塘报以及《李朝实录》中提到的岛屿有：三山岛、广鹿岛、长山岛、石城岛、小松岛、鹿岛、给店岛、色利岛、獐子岛、海洋岛、五家岛、菊花岛、荞麦岛、大鸡岛，加次岛、须弥岛(云从岛)、皮岛(椵岛)，等等。其中地方达到百余里甚至数百里的大岛有：石城岛、长山岛、广鹿岛，皮岛反不如这些岛大，其余诸岛也多有数十里范围。毛文龙在镇守这些岛之后，逐渐招揽聚集百姓，把大批辽民训练成军队士兵，同时吸引商贾发展贸易，经济活跃起来。可以说东江抗金基地完全是毛文龙白手起家一手开发出来的，毛文龙领导的东江起到的巨大作用是后金自己的《满文老档》都承认的。
关于毛文龙策动大量金占区辽民起义逃亡，努尔哈赤曾经咬牙切齿地说：“尔等若听信毛文龙所谓皆为官之诱骗，弃地叛去，一乡千百之人皆为官，则尔等属下之民又何在?故祸已临尔等之头矣。”他手下的汉奸李永芳不得不承认：“沿南海居民因听信毛文龙挑唆之言，杀我之人而叛逃者，遂令迁移之。”
毛文龙派遣大量间谍到后金刺探情报、策反汉人将官，搞得后金统治者疑神疑鬼。《满文老档》里有详细记录。可以看看努尔哈赤对他手下汉奸的训斥：“尔等若念养育之恩，为何未将毛文龙所差之奸细查出一人?为何不查叛逃暴乱者?若不为汗效力，豢养尔等何益?”
当时后金境内的哨兵晚上露天睡觉都不敢点火取暖，到老百姓家里怕被毒死，行动必须结伴，一旦落单就可能被杀。可以说，正因毛文龙使后金后院起火，所以努尔哈赤从天启二年正月打下广宁后一直到天启五年，不但不能再发动新的攻势，反而一再退缩，连已经占据的广宁都要烧掉，军队撤回。孙承宗、袁崇焕等人赖以整顿军队、修筑城池的这大把的时间与机会，本身就是毛文龙创造出来的。
因辽民反抗实在太激烈，努尔哈赤不得不在天启五年十月左右进行大屠杀，稍有嫌疑的汉人全部杀掉(具体情形见《满文老档》记载)。在屠刀镇压之下，后方地盘好不容易安稳了一点，这才让努尔哈赤有了喘息机会，得以在天启六年初发动对宁远的攻击。
而毛文龙几乎在努尔哈赤起兵的同时(天启六年正月十四日)就部署了兵力，分派各路人马去袭击海州、沈阳，并在各处“夜则举火，昼则放炮”，以疑兵牵制。毛文龙的牵制，使得宁远受围攻的时间只有短短两天，金兵攻破觉华岛杀戮数万明方军民之后就退回了。不然觉华岛被破之后，后金完全有足够的粮草和物资对宁远进行长期围困，袁崇焕只有当俘虏的份儿。
正因毛文龙对后金造成重大威胁，天启七年皇太极在打宁锦之前先用大兵去打在朝鲜的毛文龙。出兵首要目的是毛文龙，而不是朝鲜，这在《满文老档》中记载得清清楚楚：
天聪元年正月初八日，命贝勒阿敏、济尔哈郎台吉、阿济格台吉、杜度台吉、岳托台吉及尔托台吉，率大军往征驻朝鲜明将毛文龙。
天聪元年，岁在丁卯，征朝鲜国。先是朝鲜累世得罪我国。然此次非专伐朝鲜，明毛文龙驻近朝鲜海岛，屡收纳逃人。我遂怒而往征之，若朝鲜可取，顺便取之。故用兵两图之。
而在后金给朝鲜的声讨书中，列举了打朝鲜的七个原因，其中三个都和毛文龙有关。在给朝鲜的回信里，争论的主要内容仍旧是毛文龙。
至毛文龙信，其明帝亦置之不理，不供其饷，尔为何供其粮也?……尔容毛文龙驻尔地，挑唆我辽东之民，尚谓不知?
这次后金东征，尽管朝鲜屈服，但毛文龙防守得宜，保存了有生力量。所以皇太极随后攻打宁锦仍不敢长期围困，短期内打不下来就撤了回去。托词是天热，但实际上后来崇祯时期围困锦州长达一年，同样经历夏天，天热之说当是遮羞的说法。
袁崇焕在宁锦之战的表现，完全可以用惊慌失措、无头苍蝇来形容。没有毛文龙的牵制让后金顾虑后院起火，如果发生类似崇祯时期围困大凌河、围困锦州的围城打援，最后粮尽援绝、守将投降的惨剧早就提前上演了。
一直到崇祯初年，后金对毛文龙依旧是念念不忘。崇祯元年十一月大汉奸祝世胤在给皇太极的上疏中就提议设法用反间计除掉毛文龙：“使宁远闻知，又疑毛文龙交通我国，叫他自相猜疑，彼果中我反间之计，不待动兵，而我坐取胜矣。”(《明清档案存真选辑第三辑》，天聪二年十一月厢边红旗备御祝世胤俯陈末议奏本)并且还在一个奏本里自述如何卖力抓捕毛文龙奸细，因此害怕毛文龙用反间计来除掉他：“臣执法审查奸细，唯恐走脱奸细，与毛文龙说知，恨臣，来投反间，臣担当不起，统望皇上贝勒鉴，查臣为主寸心，与臣做主，臣益得竭力图报矣。”
可以说毛文龙自始至终就是后金的眼中钉、肉中刺，必欲除之而后快。在军事手段无法消灭毛文龙的情况下，就意图招降。天启五年、六年，努尔哈赤接连写过两封给毛文龙的招降信。
天启五年的信里，努尔哈赤为毛文龙受到的不公正待遇打抱不平：“尔为主效力，然君幼臣昏。”建议毛文龙去攻打朝鲜，自立一方：“以尔取朝鲜之义州城，与我相倚而居，则朝鲜岂敢犯尔?”
天启六年的信里，努尔哈赤又苦口婆心，劝说毛文龙归顺他：“毛将军，无论尔如何为君效力，然尔国亡时已至，君臣昏聩，反致殃祸于尔，何益有哉。”并且开出了极为优厚的条件：“佟驸马，刘副将皆只身逃来，李驸马及辽东广宁之官员，皆获于阵前。彼等皆被擢用养育，尔不知乎?尔若诚能向我，则待尔优于彼等。”意思就是佟养性、李永芳要么光棍一个来投奔，要么是打仗的时候抓住的俘虏，我尚且极尽优待之能事，把自己女儿送给他们做老婆。如果你是带兵来投的话，待遇肯定在他们之上了(实际上后来毛文龙死后，原本他手下的尚可喜、孔有德、耿仲明投降后金都被封王)。
但毛文龙对这些招降无一例外地严词拒绝，书信上交朝廷。
到了崇祯元年，皇太极还想笼络，结果被毛文龙当猴子耍，使者一个被杀，一个被送到京城，毛文龙还极为搞笑地骗皇太极说是使者上错了船。
毛文龙死后，皇太极在招降皮岛的信里谈及此事，还心有余悸。《太宗皇帝招抚皮岛诸将谕贴》里对当时占据皮岛的刘氏兄弟说，本来是打算派金人到岛上去和你们联络的，但因过去毛文龙哄骗金人到岛上，抓的抓杀的杀，所以都不敢去了：“但因前年文龙哄下金人到岛，或杀或解，故人惮去矣。”
纵观明金作战史，说毛文龙是后金最可怕的敌人，头号心腹大患，基本不夸张。在《满文老档》中提到次数最多的明朝官员将领名字就是毛文龙，光是直接提及名字就近百次，如相关的事件计入则更多。相比之下，直接提到袁崇焕的次数概十二次，如果扣掉后金利用袁崇焕议和的信件往来，五六次而已。
毛文龙为了维持东江抗金力量而殚精竭虑，不计个人得失，最终给自己招来了杀身之祸。向朝廷索要军饷，让朝内的文官厌恶他;通过经商解决部分军费，自力更生，让袁崇焕之类猜忌他;不断上报的战功，更是让关宁方面的官员将领妒恨交加。对他的弹劾毁谤几乎从来没有停止过，但天启也好，崇祯也好，并不是傻瓜，纵然做不到对毛文龙的全力支持，但要他们满足某些文官弹劾的要求，自坏长城，除掉毛文龙，这样的事情他们也是绝不会做的。对那些对毛文龙心存偏见、必欲除之而后快的人来说，通过皇帝许可、官方合法途径来除掉毛文龙是行不通的，明的不行，那就来暗的。正是在这样的情形下，袁崇焕应运而生。
毛文龙对当时的险恶情形并非懵懂无觉，事实上他看得很清楚。在他对崇祯皇帝的上疏中有这么一段感慨系之的话：“诸臣独计除职，不计收取江山，而快私忿，操干戈于同室，此职之所益未解也。”
对袁崇焕而言，事实证明，他杀了毛文龙等于把自己也一并杀了，从此后金在辽东再无后顾之忧。意味深长的是，袁崇焕在见崇祯皇帝以及后来给崇祯皇帝的上疏中，说过这样的话：
以臣之力，制全辽有余，调众口不足。一出国门，便成万里，忌能妒功，夫岂无人。即不以权力掣臣肘，亦能以意见乱臣谋。
驭边臣与廷臣异，军中可惊可疑者殊多，但当论成败之大局，不必摘一言一行之微瑕。事任既重，为怨实多，诸有利于封疆者，皆不利于此身者也。况图敌之急，敌亦从而间之，是以为边臣甚难。陛下爱臣知臣，臣何必过疑惧，但中有所危，不敢不告。
袁崇焕要求崇祯信任自己，不要为流言所动，不要中了敌人的反间计。然而他似乎没有想过，他说的这些话也完全适用于毛文龙。崇祯二年六月五日，袁崇焕趁在双岛与毛文龙会见，列举毛文龙十二条所谓的大罪，将其处斩。
这十二条罪状大部分都是刻意罗织构陷，有许多属于“军中可惊可疑者殊多，但当论成败之大局，不必摘一言一行之微瑕”的性质，完全没有理由加以谴责，而且也谈不上核实。更可笑的是他给毛文龙安上的罪名中，一条是饷银索取过多，侵盗军粮。而实际上他杀了毛文龙，要的饷银比毛文龙当时还要多。先是说岛中粮食不够：“督师辽东袁崇焕疏言：毛文龙既诛，岛中需米甚急，请令登莱道府速运接济从之。”2然后又上疏说要比毛文龙时期增加饷银：“银则加于旧额十八万五千余两，而草折料豆在外也。”
《明史》中说：“帝颇以兵减饷增为疑，以崇焕故，特如其请。”
至于其他安在毛文龙头上的那些罪名，什么逼挖人参，不许渡海，强令军民饿死之类完全可以当笑话来看。还有一些则属于凭空捏造的不经之辞。实际上如何呢?当毛文龙被袁崇焕杀害之后，岛上军民是什么反应呢?《李朝实录》记载，崇祯二年六月癸未，金时让驰启曰：“许监军者以经略差官来到椵岛(即皮岛)，安顿军兵。岛中将卒闻其死，皆哭云。”
岛上军民为什么要哭呢?是毛文龙生前给了他们什么物质上的好处吗?恰恰相反，他们在毛文龙的率领下过的是吃了上顿没下顿，吃草根、吃树皮都是家常便饭，饿着肚皮还要不断出去打仗的苦日子。只有一个解释，那就是毛文龙让这些辽东军民感动的不是能给他们带来什么物质利益，而正是他精忠报国的人格，他的侠肝义胆。
看见岛上军民情绪，大出意料之外，袁崇焕又演了一出戏，连忙带头给毛文龙哭丧：“又明日具祭礼，诣文龙柩前拜祭云，昨日斩尔，乃朝廷大法，今日祭尔，乃我辈私情，遂下泪，各将官俱下泪感叹。”把杀毛文龙的罪责栽赃到朝廷头上，把自己洗得一干二净。他的这种做法，给后来岛上将领叛乱不断种下祸根。
可以说，袁崇焕杀毛文龙是自毁长城、同室操戈的恶劣行径，无论用什么样的理由都无法为他开脱。从杀毛文龙的这一刻起，他自己的命运就注定了。明代遗民历史学者谈迁在《国榷》中说：
袁氏杀岛帅适所以自杀也。
在袁崇焕伏诛的问题上，有些评论显示了僵化的思维模式的偏见之深，金庸的《袁崇焕评传》即是一例。认为袁崇焕杀毛文龙是触犯君权，所以引发崇祯的猜忌、不满和恐惧，导致崇祯最后要杀袁崇焕。还可以听到比这更荒唐的论调吗?莫非在废除皇帝、君权荡然无存的今天，在西方的所谓民主国家里，国防部长就可以在没有任何法律审判的情况下，把一个军区司令直接枪毙?枪毙之后还应逍遥法外，受到法律制裁就是专制皇权?而实际上在明代中国，要杀掉一个军区司令，不经过审判、不经过会审核实罪行，是皇帝都不可能做到的。这不是挑战皇权的问题，而是挑战整个国家基本的法律制度。
有些现代人，口口声声把民主自由挂在嘴边，批判所谓明朝中国的君主专制，实则骨子里信奉的恰恰是不折不扣的专制的逻辑。
对袁崇焕，崇祯可以说已经仁至义尽，从一开始任命的时候就给予了他最大限度的信任，要银子给银子，要粮饷给粮饷，要信任给信任，几乎到了要什么就给什么，说什么就是什么的地步。袁崇焕说五年可以平辽，那好，就相信五年可以平辽;袁崇焕说要撤销辽东巡抚的建制，那好，就撤销辽东巡抚的建制;说要撤销登莱巡抚的建制，那就撤销登莱巡抚的建制。公道地说，崇祯是尽了最大的努力去满足袁崇焕所要求的一切。
然而在袁崇焕方面呢?把欺瞒愚弄当作手段，用权术计谋来回报信任，叫崇祯皇帝这样一个十八岁的少年心中究竟作何感想?等到把人都杀了，再来告诉皇帝，逼皇帝承认已经发生的事实。《明史》中记载，当崇祯听到消息时，“帝骤闻，意殊骇”，相当惊骇，可以说是惊恐震动。
难怪这位才十八岁的少年如此惊骇。他赋予袁崇焕如此巨大的信任，本意是让他收复国土，为国立功，没想到此人一上任，大功未建寸土未收，首先做的事情居然是自相残杀，拿己方有功之帅开刀;他也没想到，自己给予袁崇焕如此巨大的信任，而这样事关全局的大事居然事先半点都不向他这个皇帝透露一声。即便是平常普通朋友之间，信任也从来不可能是单方面的，必须是双向的，否则这种信任关系根本无法建立起来，纵然建立起来也无法维持下去。
崇祯可以说做到了一个皇帝所能做到的最大程度的克制和宽容。就在几乎等于被袁崇焕胁迫逼持的情况下，崇祯皇帝不得不追认杀毛文龙的合法性。
但这件事情远没有到此结束，两人之间已经形成了一个彼此心领神会的契约：如果最后的事实证明杀毛文龙确实对国家有利，或者至少没有什么危害，那么这件事情可以就这样结束，崇祯也不会再追究。但如果事实证明杀毛文龙是错了，对国家造成了严重危害，那么袁崇焕就必须对此事负责。
这个隐含的契约，袁崇焕心里再清楚不过了。这也是为什么袁崇焕在杀毛文龙的时候说：“我若不能恢复辽东，愿齿尚方以谢尔。”事后给皇帝的奏疏中又一再强调：“臣不能成功，皇上亦以诛文龙者诛臣。”
毛文龙被杀之后仅仅四个月，后金军队置老巢于不顾，长途远征，毫无顾忌。而关于后金的绕道行动，其实早在天启年间毛文龙就一再提醒他在天启七年的时候上疏说：
职思宁远固奴所必攻，而其捷径尤在喜峰口、一片石、潘家口、墙子岭等处，须亟亟于等处相其要害，张设疑兵，埋伏各项器械，近城堡处，设绞地龙，此制敌之法，断不可少者。职愿恩台俞允下情，凡所陈设，件件依行，职尚可为关门牵后。如不听职言，虏一至，如入无人之境，祸岂独朝廷忧哉。
到了崇祯元年，毛文龙提醒的次数更高达六次之多。尤其是崇祯元年九月初五日塘报，几乎把后金和喜峰口外的蒙古部落勾结、图谋绕道攻关的情报探听得一清二楚：
又据来乡张大头等禀称：听得西夷两大营，一营名克尔趁，在喜峰口一带讨赏，一营名入哈嘛，在宣府，大同讨赏。今克尔趁等带领部落鞑子五百余名，到奴酋地方做买卖，与憨攒刀起誓，情愿齐心共攻南朝。于八月十一日，引领奴贼从沈阳往西，相度那处关口地利好进兵。职一面挑选精兵相机截杀外，一面飞报。
就在崇祯二年三月和四月，也就是毛文龙被袁崇焕杀害之前两三个月的时间里，毛文龙在被袁崇焕百般猜忌、重重封锁，岛上兵民濒临饿死的艰难处境下，还在泣血上疏，提醒朝廷要注意：
奴密谋，必于今冬还图大举。臣之心事，天知鬼神知，不敢以一字欺圣明也。蓟、密沿边，须用时刻提备。
可以说后金想要绕道攻关不是一年两年了，他们最害怕的就是计划被毛文龙侦知，明方早有防备;更担心自己一旦绕道，毛文龙出兵牵制，后院起火老窝不保。但又不能不设法打进关内，后金当时已经是油尽灯枯、濒临崩溃的局面了。在这个时候，袁崇焕挺身而出，帮助皇太极扫除了毛文龙这个最大的敌人和障碍，让他们得以放心地执行计划。
对于袁崇焕杀毛文龙的行径，毛奇龄在清统治中国以后痛心疾首地说:
将军虽牵制，仍厚图进取，以邀干城。而关宁诸大臣见大清兵不即前，忌牵制之劳，疑大清师本易与，无他长，纷纷讲东事，反谓毛帅跋扈不受节制，将有患。……欲黜东江者，动之糜帑，裁其兵。久之，即谓其帅亦可裁耳，于是恶之者不至去毛帅不止。
到了后金绕道蓟门长驱直入关内的时候，就算是袁崇焕本人也知道他杀毛文龙是犯了何等巨大的错误。后金兵临北京城下，他急忙率军赶来救援，崇祯平生第二次召见他，劈头问的第一句话就是：
尔擅杀大帅，以今日又不能扞御，恢复之言何在?
按照史书记载，面对崇祯的这一质问，袁崇焕“并不能对”。崇祯等了半天，见他说不出话来，于是“命下锦衣狱”。
所谓崇祯中反间计，听信清军那里放回来的太监的话，才把袁崇焕抓起来并最终处死，不过是编造出来的故事。这种神话是清统治者刻意制造出来的，目的不过是让人们相信明朝之所以灭亡，是因为崇祯皇帝太昏庸，错杀忠良。通过美化抬高袁崇焕，意图骗尽天下人，让人产生对明朝和明朝皇帝的痛恨，得出明朝不亡没有天理的结论。而清朝入寇中原，自然就成了顺天应人了。
设想一下，如果崇祯皇帝真的听信所谓袁崇焕已和后金勾结的太监传言，怎么可能只抓袁崇焕一人而不抓袁崇焕的助手祖大寿，难道涉及通敌叛变的事情仅仅袁崇焕一人参与?
关于崇祯是否中反间计，可以看看担任崇祯时期锦衣卫指挥的王世德所著《崇祯遗录》中的记载：
先是，巡捕营获一木工，云崇焕谋反，以为谍事下镇抚司。掌刑指挥李若琏訇得其枉，奏之，复下锦衣卫以为实。于是喧传崇焕谋反，人人切齿，及行刑，百姓脔食其肉。崇焕误国之罪无所逃，以为谋反，冤矣。
都下流言皆出三大营官军，一人造谣进营，传之一队，一队传一营，一营遍传部下，不三日传之内廷，达御前矣。大臣黜陟，往往由此。朝廷以为舆论无私，不知其由于匹夫之恩仇与奸人之反间也。
这段话的意思是，巡捕营抓到一木工，说袁崇焕谋反，于是就把木工当成间谍抓到镇抚司。掌刑指挥李若琏审讯后认为这个木工是冤枉的，不是间谍，又把这个木工交给锦衣卫。锦衣卫经过审讯，认为这个木工确实是间谍。但这个时候说袁崇焕谋反的谣言已经散播出去，导致“人人切齿”。
但就明朝政府审理的结果而言，只认为“崇焕误国之罪无所逃”。