朱元璋即位后就分封藩王巩固权利，这更多是为孙子朱允炆的统治做好防范工作，藩王们不能随意进出封地，无疑限制了对王位的威胁。结果在公元1399年，建文帝一登基，他叔叔朱棣就以“清君侧”名义起兵反抗，而“靖难之役”的爆发有什么原因呢，朱棣放着宁王不做为何要铤而走险起兵谋反呢?
第一，谋事的鼓动。朱棣有个谋事名姚广孝，据史书记载，此人面向丑陋，狡猾凶狠。他是名义上是朱棣的主录僧人，法号道衍，是朱元璋派给的。他是仕途失意的读书人，所以出家入佛门。身在佛门的姚广孝依然关心国事，始终胸怀大志，他在初随朱棣就藩北平之时，就显露出了自己的意志，道衍和尚说要送给朱棣一顶白帽子。这句话虽然让朱棣大惊失色，但也让朱棣产生了反叛念头。至于这句话什么意思呢?朱棣本身是藩王，“王”字上面要加一个“白”的帽子，就是“皇”。除了姚广孝，袁珙也是鼓舞朱棣称帝的主要谋事之一,他在第一次见到朱棣时就称呼其为“大王”，说朱棣有帝王之相，朱棣虽然嘴上不说，心中却难免有所触动。从史书上记载来看，姚广孝并非贪图富贵之人，而他屡次鼓动朱棣起兵造反又是为何，笔者认为这是传统书生的意气在作祟，尤其是屡次失意的姚广孝，更是需要一个平台向天下人证明自己的才能，显然，拥护朱棣称帝是一个很好的表现机会。而据史料记载，姚广孝在扶持朱棣成功后确实不愿意接受成祖的赏赐，一心留在佛门，虽然他名留后世，不得不说挑起战乱也并非出家人慈悲之举。
第二，文帝削藩。朱允炆对藩王还是存有担忧的，他也曾问过朱元璋如何处理诸王叛乱，朱元璋反问之，朱允炆答道，“以德怀之，以礼制之”，再不行就只能派兵讨伐了。因此，朱允炆继位后，便着手考虑削藩问题，众大臣最初制定的计划是由易至难削，先处理周王，最后再削实力最强的燕王朱棣。由于藩王平日在自己封地内毫无顾忌，劣行颇多，因此在削藩时证据收集很容易，一年内朝廷就周、齐王、代王、岷王、湘王等五个藩王，其他藩王也都人人自危。朱允炆的削藩时朱元璋去世后进行的，摆脱祖父羽翼的文帝显然走了一步错棋，那就是不该留下最强大的燕王最后才削，一旦削藩开始，朱棣必然有所行动，局面难以控制也是情理之中，如若先拿朱棣开刀，再暗中稳定和笼络其他藩王，也不会出现朱棣一声起兵，其它藩王就一起联合的局面。
第三，朱棣个人作为藩王之首的威望。一方面，朱棣多次受命领导军事活动，不仅具有领导才能，也总是在身先士卒，因此在军队领导中颇有威望。另一方面，朱棣也是藩王之首，随着朱元璋晚年长子太子朱标、次子秦王朱樉、三子晋王的先后去世，朱棣无论是在家族尊序上还是个人实力上都成为诸王之首。这无疑加强了他的综合实力，使其有更多力量多抗文帝。
第四，朱棣早有反叛之心。朱棣起兵的根本原因还是在于他自己的内心，尤其是在一众谋事的不断鼓动下，朱棣的反叛之心更是日益呼之欲出。朱棣个人的性格也对他产生了很大影响，相比于朱允炆的柔弱，朱棣更有野心、有魄力，敢于谋事。又一次朱元璋出了个“风吹马尾千条线”的上联，朱允炆对出了“雨打羊毛一片毡”的下联，而朱棣对的是“日照龙鳞万点金”，这也能够看出朱棣不同于常人的气魄。除此之外，朱棣也没有将柔弱的侄子朱允炆放在眼里，有次上朝朱棣竟让朱允炆站在自己的右边，虽然传统规矩讲左为上，但朱棣显然并不惧朱允炆，反倒是朱元璋十分气愤，甚至在临终前也提点朱允炆要提防朱棣。不得不说，朱棣的反叛之心早有迹可循。
所谓内因是根本原因，朱棣自己的欲望和个人性格成为他起兵的根本动力，而外界因素包括谋事鼓舞、文帝削藩和个人威望，也对这一事件起到了推波助澜的作用。历史的演变本身就是复杂因素综合作用的结果。