临床应用调脂药物治疗非酒精性脂肪性肝病患者的指征包括：在治疗原发疾病、控制饮食、增加运动等基础治疗3-6个月后仍呈混合性高脂血症者，如血浆内总胆固醇>6.46毫摩/升和（或）低密度脂蛋白胆固醇>4.9毫摩/升；有2个其他危险因素，低密度脂蛋白胆固醇>4.13毫摩/升或甘油三酯>2.26毫摩/升。
35岁以下男性或绝经期前妇女的高脂血症，如无其他危险因素，可暂缓降脂治疗。不伴有高脂血症的脂肪肝，需根据脂肪肝的病因、高脂血症类型及其程度以及可能发生并发心脑卒中国的概率等众多因素，综合考虑是否需用降脂药物。
酒精性、药物性高脂血症和脂肪肝，去除病因是最好的治疗，除非血脂为中重度升高或去除病因无效；原发性高脂血症所致的脂肪肝在综合防治的同时，可考虑应用降脂药物治疗。
降脂药物的种类很多，作用比较清楚、临床试验较多的有贝特类、他汀类、烟酸及其衍生物、胆汁酸结合树脂、多烯不饱和脂肪酸制剂等。
大量资料表明，脂肪肝主要为肝细胞内甘油三酯异常蓄积，其与高甘油三酯血症的相关性强于高胆固醇血症。因此理论上讲，脂肪肝应使用以降低血清甘油三酯为主的贝特累降脂药，但贝特类药物有可能加剧肝脏脂肪沉积。
降低胆固醇为主的他汀类药物虽对高脂饮食诱发的脂肪肝有一定的治疗作用，但对高甘油三酯血症的治疗效果有限。其他有前景的药物包括普罗布考。泛硫乙胺和磷脂酰胆碱等。许多中草药及其制剂如荷叶、山楂、红曲等也具有调节血脂的作用。
在临床实践中，应根据高脂血症的病因及类别，降血脂药的作用机制、毒副作用等来选择适当的药物治疗。一些难治的、脂质代谢异常严重的患者，还需同时联用几种不同作用机制的降血脂药物，但同时毒副作用也可能增强。