腐乳的原料——豆腐干，是营养价值很高的豆制品，蛋白质含量达15%—20%，与肉类相当，同时含有丰富的钙质。腐乳在制作过程中经过了发酵，从而生成大量的低聚肽类，具有抗衰老、防癌症、降血脂、调节胰岛素等多种生理保健功能，对身体健康十分有利。发酵也使蛋白质的消化吸收率更高，维生素含量更丰富。
酵过程中，因为微生物分解了豆类中的植酸，使得大豆中原本吸收率很低的铁、锌等矿物质更容易被人体吸收。
从营养的角度讲，腐乳的价值要高于咸菜，但两者同属于高盐食品，不宜多吃和长期食用，否则会易引起心脑血管疾病和骨质疏松。在日常生活中，最好控制每天最多吃20克咸菜或一块腐乳。