嘉靖三十九年（1560年）初，戚继光被复职（此前在岑港之战，给胡宗宪的嫡系当了替罪羊，被革职），就任台州、金华、严州参将。此时，新组建的戚家军仅成立半年。台州原辖军卫2卫6所，因军中逃亡成风，此时的卫所军数量，最少的只剩下可怜巴巴的20%。要兵无兵，要船无船。卫所军成了这个败家子样，倭寇来了怎么打仗？戚继光一方面毫不放松戚家军的训练；另一方面在胡宗宪支持下，大力整顿所辖卫所，训练水师。用了一年光景，卫所军中的兵员，恢复到八成以上，还新造了战船40余艘，水师力量也得以重新增强（所以说明朝最怕的是没几个人干实事，认真干实事，怎会没有成效）。这一年中，所幸的是没有大的战事，倭寇并未大规模入侵；不然戚继光真要分身乏术了。不过侵略成性的倭寇哪里能学好，果然又来了，而且这次入侵的规模来了个更吓人的。
嘉靖四十年（1561年）四月，倭寇两万人连舰数百，大举入侵浙江沿海。本来想直捣台州，因戚继光亲率水师在海上巡防，倭寇于是改变部署，十九日先派出一部人马在奉化登陆，当夜窜入台州治下的宁海劫掠。戚继光亲率军队驰援宁海。倭寇这一手很狡猾，你要是不管宁海，我就继续在此杀人放火；可你要是领着台州的军队来增援，则台州的防守力量就会减弱，从而大举进攻台州。但是戚继光还是来了，戚家军于22日到达宁海，与 早就想见面较量的倭寇打了成军后的第一仗。
经过严格训练的戚家军战士开始列出了鸳鸯阵。在中国东南沿海横行惯了的倭寇眼里，明朝的军队就是不堪一击的菜鸟，只要自己亡命冲锋砍杀，用不了多久他们就得调转屁股玩命的逃跑，我们的武士道和战刀最牛逼；看你们列的阵，都他妈稀稀疏疏的一点都不严整，这是从哪找来的一帮废物，不是等着让我们砍吗？所以大举向鸳鸯阵猛扑。结果刚交上手就发现，过去的那一套根本就不好使了。
人家对面的这支队伍，不光是根本就没有逃跑的意思；相反是在盾牌掩护下，杀声震天，手里用着一堆没见过的怪玩意向自己推过来。尤其是那个长长的带尖头的还浑身带刺带钩的长玩意简直是太缺德啦（就是狼筅），刀砍不断它，还往往遮蔽自己的视线，看不全这玩意后边的人，还没等够着对方的人呢，自己就被划了个满脸花；毁容的算轻的，大多是自己的人被这个缺德玩意钩倒扫倒之后，长矛马上就跟过来玩命往自己身上捅。打了半天。自己身边的人是一个一个往下倒。这仗打得真是窝囊透啦！于是倭寇扔下一堆死尸，掉头逃窜！此战戚家军首战宁海，就击败了猖狂的倭寇，战果是：倭寇，死伤200；戚家军，阵亡数0。此时海上的倭寇，已经在台州沿海多路登陆。戚继光是名将，并未被首战胜利冲昏头脑；相反他凭着优秀的军事素养，根据不断接收到的情报，正确判断出倭寇的图谋：引诱明军分散兵力，各个击破。更大的仗还在后边。因此戚继光果断的派出把总胡守仁、楼楠火速驰援战略要地新河。此时，几千倭寇已经直扑新河。
当时戚继光的夫人王氏正在新河，城中因精壮大部出征，兵力已经空虚。王氏果断的命令打开武库，组织妇女身披盔甲上城御敌。26日早，倭寇突然在新河城下遭到胡、楼援军的攻击，被打了个措手不及，这里的倭寇同样是首次遇见了一支敢玩命的敌手，被两面夹击，杀了个人仰马翻；无奈占据鲍家大院，做困兽之斗因石门坚固，房屋高大，戚家军改用火铳射击，打死倭寇上百人；余下的残敌乘夜间冒死逃出。还没打够呢，你说跑就跑啊！戚家军奋起直追，次日，在温岭追上敌人，再次斩首80余级，倭寇残部乘大雾逃脱。新河之战战果：倭寇，死伤280余人；戚家军，阵亡3人。
新河之战时，戚继光从其他几路倭寇的动向上判断，倭寇主力并未全部出现，而他们的的真正目标将是台州府。遂亲率主力回援台州。但进军途中出现了一个问题：军粮不够了！驰援宁海，只带了三天粮食；到了27日是第5天；而距台州，尚有70里。戚继光亲自激励士气，动员战斗，全军空腹跑步行军；于正午赶到台州东南的花街，与倭寇遭遇。此时戚家军已是相当疲劳，还饿着肚子，但戚继光激励将士“灭贼而后会食”，全军遂列阵向倭寇猛攻。这里的倭寇，也是从未见过士气如此高昂、作战凶狠的明军（其实还不是正规军），兵器怪异，阵型奇特，被打了个七零八落。过去，狡诈凶残的倭寇惯用自己的一套怪招：接战时先上一批披头散发、武艺高强的武士，额头戴面镜子扰乱明军视线，跳跃舞蹈，挥舞倭刀，从心理上恐吓明军；或是以妇女置前，手舞足蹈表演，分散明军注意力；背后有头目用折扇指挥，随扇子的开合跳跃挥舞兵器，喊声震天，趁明军不知所以、疑惑重重之机，突然向前挥舞扇子，倭寇于是向前猛扑，明军卫所军本就战斗力腐朽，作战精神颓废；如此经常一触即溃。可是这次，算他们倒霉，对手是戚继光和一群凶悍敢战的义乌兵，这一套怪招不好使了。戚家军随着号令勇往直前，你爱怎么得瑟怎么得瑟，我上来就杀，杀！杀！杀！倭寇见状，我真是敢玩命的碰见不要命的了，跑吧！倭寇分两路逃跑。戚继光命令官兵分两路，继续穷追猛打，两路残敌终被全歼。
战斗胜利结束之时，午饭刚刚做好。戚家军在戚继光率领下，饿着肚子长途奔袭几十里，并立即投入战斗，还打了个多少年罕见的歼灭战，这一仗打的真是扬眉吐气！戚家军威武！花街之战战果：倭寇：被斩首380余级；另有被赶到海中溺死者无算，虽未留下人头，但也是见了阎王，伤亡在千人左右，这一路倭寇几乎是全军覆没；两名倭寇头目被擒。戚家军：阵亡3人。解救出被掳百姓5000余；缴获各类兵器650件。还有其他路的倭寇呢，仗还没打完呢。之后，又爆发了上峰岭之战。另一路登陆的2000余倭寇，见台州府不可轻取，便退兵以另寻进攻目标。戚继光据情报判断，倭寇将进犯仙居、处州；如此上峰岭是必经之路；遂大胆决定在上峰岭设伏。此时因不少兵力用于要地驻防，戚继光仅有兵力1300人，如此是以寡击众。戚继光就是戚继光，我现在练出的兵军队，与龙山之战那样的废材油头军队根本不同，我就是敢打！战前，这位名将和监军赵大河做战前动员，颁布了三条严格的纪律：
1，不以个人缴纳首级计功，而以战胜计功。明军计功的唯一标准，是缴纳首级；因此以往的明军，战斗中经常是打死一个敌人就争抢人头，甚至闹内讧，仗还没打完自己阵型、队形先乱套，而敌人却乘机反扑，往往导致明军先胜后败。戚继光严令战士上了战场必须一往无前，谁也不许去割首级，由后方的收容队负责收取首级。总数有了以后，根据战斗分工任务、实战表现分配到基层各队；队再分配给个人。例如担负冲锋、阻击任务的队伍，很难获取首级，但是人家卖命打仗最苦牺牲最多了，按照以个人缴纳首级的办法明显不科学不公平，因此战后统一往下分功给予奖励。（几十年后在朝鲜，杨镐和麻贵以4万明军进攻清正义雄2万日军，结果却反胜为败，首要原因就是杨镐命令明军停止继续进攻，而去争夺首级）
2，禁止在战场上抢夺战利品。以防倭寇在战场抛洒金银财物，待明军争抢时突然反击；所有战利品，由收容队专门收集，战后对军中有功者奖励。
3，不准杀胁从。倭寇队伍中，有不少是被胁迫过去的明朝百姓，不问青红皂白杀这类人，是逼着他们反抗，反倒壮大倭寇力量。
五月初四，戚家军赶至上峰岭设伏，人手一支松树枝，远望像松树林。初五，倭寇出现了，见松林而不见有人，误以为安全，遂列纵队进发。戚继光了解倭寇行军，历来是精兵放在首尾两头，中间为弱兵，所以耐心等倭寇队伍经过一半后，下令攻击。戚家军官兵抛掉树枝，向伏击圈内的倭寇发动猛攻。倭寇措手不及，队伍被分割，并逐个被吃掉，有的开始四散逃命。戚继光令部下在山头立起白旗，并大喊，有胁从者至白旗下，不问罪！当即有数百人跑到白旗下，扔掉武器投降。向回逃跑的倭寇，退路也被戚继军一部封死，走投无路之下，只得逃上上界岭。戚继军穷追猛打，倭寇有不少人被杀下悬崖。残存倭寇逃入白洋镇，占据朱家大院顽抗。戚继军追赶不舍，包围大院，采用火攻、火器攻击，彻底歼灭了残敌。这一仗，戚家军以少胜多，又打了个歼灭战。此战战果：倭寇，5名头目被俘；被斩首344级；另有烧死的无法砍头。戚家军，阵亡3人；缴获兵器1490件，解救出被掳百姓千余人。
自此来犯的倭寇，仅余从宁海之战逃走的一部。他们带着大量被掳掠的明朝百姓跑到温岭东南登陆，结寨屯兵筑垒。被掳去的中国百姓，男人一律剃光头发，打赤脚，当苦力，大半被折磨致死；女人更是惨遭凌虐。五月二十日，戚继光指挥水陆军并进，在凌晨突然发动进攻，杀声震天。倭寇乱作一团，仓促抵抗了一阵，就纷纷向海上逃跑，以图上船；不想戚继光已命水师封锁海面，焚烧倭寇船只。倭寇有不少人被逼的干脆跳海游泳，结果遇到了大风大浪，跳海的全部葬身鱼腹。在海滩上的顽敌被逐渐挤压，终至被歼。有300余名倭寇乘船10艘正在外面劫掠，闻听老巢被端掉，想乘船逃亡。结果戚继光训练出的水师又将其截杀，对中国百姓多年血债累累的敌酋健如郎、五郎如郎被俘；其余全部被歼。
此战战果：倭寇被杀、溺死海上者无算；其建立的陆上小根据地被端掉。戚家军解救被掳百姓达12000余人；缴获兵器3240余件、倭船11艘。以上诸战斗，合为一个战役，史称“台州大捷”。戚家军自组建以来，刚上战场，而且面对的是倭寇大规模的多路入侵，就在浙江打了一系列歼灭战，倭寇在中国东南挥舞屠刀，曾经猖獗无比；这次戚家军横空出世，生生给不可一世的倭寇来了个“断刀”；令倭寇“只樯不返，而贼部中枭雄悉绝”；倭寇被戚继光打怕了，称戚继光为“虎”，见戚家军胆寒，患上了“恐戚症”。而戚家军的伤亡率却远低于敌人。连胡宗宪都高兴的说，这仗打得真是“痛快”！
在几年前戚继光大力建议练新兵、对倭寇打歼灭战之时，还有人无耻的笑话他，甚至更有甚者说“从未闻倭可杀者。”现在戚继光用事实，给了那帮尸位素餐者一个响亮的大嘴巴。台州大捷后，总督胡宗宪向朝廷奏疏：“嘉靖四十年四五月，倭贼分犯台州水陆诸处，台金严参将戚某，共擒斩倭首一千四百二十六夷，焚溺死者四千有余；身经百战，勇冠三军。持秉廉公而士心咸服，令行禁止而军容整齐。执锐披坚，见贼则轻身先进；绝甘痛苦，遇士则推腹不疑，随旌旗之所指，即捷报之连闻。台民共倚为长城，东浙实资其保障。功当首论，破格优录，以风诸将也。”戚继光遂被破格提拔为都指挥，时年仅34岁。