抗战期间，至少有99名国民政府军高级将领投降敌伪，其中绝大多数都是冯玉祥的西北军旧部、张学良的东北军旧部、地方保安部队的主官。大批国民政府军将领投敌，与三个原因直接有关。
国民政府蓄意牺牲非嫡系部队
非嫡系军队是地方实力派的权力基础，蒋介石借抗战之机，将这些地方军队大量调往前线，并配合种种措施加以限制、削弱。抗战8年，除“守土抗战”的晋绥军和
“朝中有人”的桂系军队外，其他地方部队均被分散使用。抗战伊始，何应钦即电刘峙：“依最近所定战斗序列，旧东北军系以各军为单位分散使用。”东北军在九一八事变时有40万之众，西安事变时尚有20余万，共7个军的番号，到抗战后期的1944年，仅存五十三军一个军。
国民政府还在粮弹补给上大做文章。蒋介石将外国援助的武器大都装备嫡系部队，而对地方部队作战所需的基本武器弹药都不予供给。最可笑的是,当中央军撤退时，蒋介石指令孙良诚部留在黄泛区打游击，“孙向蒋介石请求补充弹药，蒋介石竟要一粒子弹一角钱，还需现款交易”。
随着蒋介石在蓄意削弱非嫡系部队这一策略上的变本加厉，越来越多地方部队开始关注如何保存自身实力，实力较强的公开抵制蒋介石;实力较弱的只有通过各种方法自救图存。更有一批将领迫于蒋介石集团的歧视，纷纷降日叛国，其中西北军将领达46人，东北军将领11人。
国民政府敌后游击战失败
武汉失守以后，蒋介石下令各战区划分若干游击区，增设冀察、鲁苏两游击战区，派遣部队进入敌后进行游击战争。国民政府希望通过游击战，把战争引向沦陷区，以减轻正面战场压力。但在实际操作过程中，蒋介石仍本着限制非嫡系部队的初衷，使得冀察、鲁苏两战区成了盛产投敌将领的重灾区。
冀察、鲁苏这两个游击战区的兵力配置，大都是西北军和东北军的余部以及地方上的各类杂色武装。这些非嫡系部队深知“中央”是在蓄意牺牲自己，不胜兵危战凶之感。他们不仅对同一战区的嫡系部队深怀敌意，甚至故意把战火引向并肩作战的友军。在派系冲突最为激烈的山东，省政府主席沈鸿烈对遭受日军扫荡的于学忠部见死不救，于学忠则利用战区司令长官的职权多次下令将亲沈鸿烈的吴化文新四师和海军陆战队调防到易受日军进攻的防区。
1943年春，吴化文率所部及3名高级将领向日伪投降。于学忠部在日军和吴化文叛军的夹击之下伤亡惨重，蒋介石乘机命其撤出山东，由嫡系李仙洲接防，以达到彻底整跨东北军的目的。于学忠悲愤交加，不待李仙洲接防就自动放弃山东根据地向皖北转移，各类地方武装顿时陷入无依无靠的境地。为求生存，鲁北第五区专员张子良、鲁东第十四区专员张景月与日军暗通款曲，山东保安第二师师长张步云、新编第三十六师师长刘桂堂索性先后率部投敌。
日军加强对敌后部队的迫降
太平洋战争爆发后，日军采用的是武力威压和政治诱降并行的迫降政策，打击对象主要是分布在山西、河北、山东、江苏、浙江的抗日军队。
在第二战区，日军在占领中条山游击区之后，继续对阎锡山部施加军政压力。晋绥军遭受了极大的损失，骑一军第一师师长赵瑞、骑一军第五师师长杨诚相继投敌。
在冀察战区，日军以重兵围攻战区司令部，迫使副司令长官孙良诚率所部及8名高级将领投敌。此后，日军又在1943年4月大举进攻太行山区，新五军军长孙殿英、冀察战区长官庞炳勋率所部及11名高级将领投敌。至此，国民党军在河北的最后一块游击根据地丧失。
在鲁苏战区，日军对鲁中、鲁南的于学忠部多次进行扫荡，1943年初，新编第四师师长吴化文投敌。与此同时，日军在航空兵的配合下对淮安以东地区进行大规模扫荡，位于该地区的鲁苏战区总司令部及所属部队损失惨重，向西退入安徽。至此鲁苏战区的苏北根据地也不复存在了。
在第五战区，日军从1943年2月开始发动“江北战役”，一二八师首当其冲，由于旅长古鼎新叛变投敌，全师陷入绝境，师长王劲哉被迫率领残部及8名高级将领投敌。