台湾、澎湖自古就是中国的领土，但屡遭外人侵略。福清人、明内阁首辅大臣叶向高(1559-1627)虽长期在朝廷为官，但他始终密切关注海洋社会，尤其关注台湾、澎湖的安危。他力主收复台湾、澎湖，为祖国统一作出了积极贡献。
叶向高与台湾
台湾在明代称为“东番”、“鸡笼”、“淡水”等。1590年，丰臣秀吉统一日本后，于万历二十年至二十六年(1592-1598)发动了侵略朝鲜的战争。当时叶向高只是中层官员，但始终关注台湾的安危，认为日本侵略朝鲜后，必然觊觎台湾，借诗句表达了担忧：“属国东南久晏安，长鲸何事颠狂澜。诸番半苦倭奴暴，边吏全骄汉法宽。强怒楼船皆出戍，度辽横海各登坛。扶桑回首犹烽火，愁绝秋风壁垒寒。”
不出叶向高所料，丰臣秀吉侵略朝鲜的同时，也对中国东南沿海频频侵扰，台湾局势一度告急。万历十九年(1591年)，叶向高因守母制回家，途径江西铅山，听到倭警后，写下了“旅况尊中尽，冥搜象外幽。忽传烽火急，临眺且销忧”、“海上谁刊战伐勋，居人尽说戚将军。青磷夜泣殊方鬼，赤羽秋摇故垒云。一自营门沉太白，只令穷岛起妖氛”之句。
万历二十一年(1593年)，日本出使吕宋的使者原田喜右卫门返回途中经过台湾，以日本“关白”名义向台湾发出“招谕书”，威逼台湾人民向日本称臣纳贡。万历二十五年(1597年)，丰臣秀吉病死，德川家康掌权，继续图谋占领台湾。明朝政府在澎湖设置游兵，加强了对澎湖、台湾的巡守。不久，日本指派钦门墩率战船200多艘，准备侵略台湾。明朝廷早有防范，侵略者的阴谋未能得逞。
万历三十年(1602年)，沈有容率领福建水师24艘船只向台湾进发。经过几番激战，打败了在台湾集结的倭寇，取得海战全面胜利。此役扬威海疆，是明军第一次到台湾剿灭外国侵略者，极大地振奋了东南沿海军民的抗倭信心。连江人陈第参加了该战役，将此役过程记载在撰写的《东番记》和《舟师客问》中，成为后人了解、研究台湾的原始文献。叶向高获悉好友沈有容打败倭寇的喜讯后，欣然赋诗以赠：“二十年前早识君，酒酣曾颂豹韬文。天涯久忆鸿书断，海上频传露布闻。家世龙头推太史，功名燕颔属将军。扶桑万里无烽火，箫鼓楼船日征曛。”万历三十二年(1604年)，叶向高借石湖澳浯屿水寨落成之机，对沈有容的平倭之举予以高度评价：“……赖诸大夫及将军之力，赳赳桓桓，干城兹土，用驰于戒心，此百世之伐也”“……沈将军经营拮据，不遗余力，亦安能令草创之区，一朝完缮，使士卒如归，忘其转徙之若是也?而将军又不敢即安，乘风破浪，与倭力角而胜之，其功于兹寨亦岂小哉?使自此而守土者纡画周防，益怀彻桑之虑，而将士皆戮力同心，务殄凶逆，微独清源，即全闽皆有赖矣，是可述也。”六年后的八月二十一日，倭寇从浙江流窜到福建福清的万安千户所，在草屿岛大肆掠夺居民财物。沈有容闻讯后立即予以反击。叶向高再次赞赏其平倭之举。
从万历三十二年(1604年)起，日本浪人山田长正率众不断侵扰台湾，并在小琉球岛(高雄南部的小岛)驻扎，寻衅生事，谋图侵犯鸡笼(基隆)，后又登陆台湾，在花莲采金。为反抗日本的侵略，明朝廷屯军逼走倭寇。万历三十九年(1611年)，日本人有马晴信奉命率兵侵扰台湾，侦察台湾沿岸港湾，调查台湾物产，计划开展日本与中国内地在台湾的中继贸易，并“招谕”台湾向日本入贡。有马晴信的侵扰遭到台湾人民的抵抗。万历四十年(1612年)，福建巡抚丁继嗣写信给叶向高，就日本占领琉球征询他的意见。叶向高回信曰：“琉球即折而入于倭，倭之借寇以通贡亦必然之势，如此则滨海之祸将不可言，来叫所云严查而拒绝之，其策亦无以易此也。”叶向高同时上书朝廷：“臣闻琉球已为倭奴所并……窥伺中国之谋，心甚叵测……东南之事，甚为可忧……”对日本占领琉球后可能危及东南沿海表示忧虑。从叶向高给丁继嗣的另一信可见一斑：“今所虑者，彼既吞琉球，渐而据鸡笼、淡水，去我愈近，驱之则不能，防之则难备，是剥肤之灾，而将何策以处也。”
万历四十三年(1615年)，日本再次武装侵略台湾，极力主张占领台湾，作为日本发展南洋贸易的基地。次年，倭寇骚扰东南沿海，当地水师防范不力，料罗(今属金门)、大金堡(今属霞浦)两地失陷，倭寇大肆屠戮当地居民。
退居林下的叶向高闻讯后，立即给福建按擦御史李凌云去信：“林下病夫，久不敢通候，海警骤传，敝邑人惩于戊午之破城，屠戮甚惨，皆有谭虎之惧……”叶向高在信中还对内地奸民私通倭寇之事提出看法：“鄙意以为闽中之患不在倭而在内地之奸民……长此不已，其害更甚于倭，即倭来，亦此辈勾之，此腹心之病，未易卒除，亦未易言也。”叶向高同时建议金学曾重新启用自己的好友、水师将领沈有容，还致信福建海道副使韩壁哉推荐：“故将沈有容，人皆以为可用，倘取来，缓急亦得力也。”叶向高在给沈有容的一封信中说：“久不相闻，良深瞻忆，仆在伦扉奉职无状，愆戾归来，伏枕杜门……敝乡今岁海警乍闻，人情惶忧，咸欲借重干成……希速命驾以慰此邦想望也……”随后，沈有容被任命为水标参将。沈有容到任后，整肃海纪，训练兵士，大力加强海防建设。
万历四十五年(1617年)，倭寇村山秋安所部的3艘大船在东沙岛触礁抛锚，上岛劫掠财物。沈有容兵分三路对其合围。村山秋安被迫与沈有容谈判，67名倭寇缴械投降。东沙之役是明朝东南沿海抗倭历史上生擒倭寇最多的一次战役。叶向高闻讯后十分高兴，再次赋诗以赠：“海门一夜狂飙起，长鲸吸尽沧海水。涛作浪奔蜃窟翻，楼船下濑皆披靡。是时赖有沈将军，冲锋破浪扫妖氛……君从塞上来闽海，意气相看还不改。燕颔功名万里传，东番片石今犹在。”
叶向高与澎湖
17世纪初，荷兰重视发展工商业，逐渐强大起来。摆脱西班牙统治后，乘机东扩，争夺在东方海上的贸易权。万历二十一年(1593年)，荷兰东印度公司派遣殖民军舰队司令韦麻郎率领船只抵达印尼的万丹港，在海南澄海县人李锦唆使下，贿赂福建市舶太监高寀，企图占领澎湖群岛作为贸易据点。澎湖群岛由90个大小岛屿组成，低潮时总面积为141平方公里，战略地位十分重要。万历二十九年(1601年)，荷兰殖民者“驾大舰，携巨炮”，以“通贡市”为名，对我国沿海进行侵扰，企图夺取澎湖和台湾，作为其控制对华贸易和劫掠中国财富的基地。
万历三十二年(1604年)七月十二日，韦麻郎率领船只向澎湖发起进攻。明朝驻守澎湖只有春秋两季的水军，季节一过就撤回大陆。七月正是明朝春季戍兵撤回厦门的时间，韦麻郎一伙乘虚而入，轻而易举地占领了澎湖，并以互市为名，在岛上伐木筑屋，以图久居。通过奸商再次贿赂高寀，向漳州官员提出通商请求，还吸引沿海居民潜载货物私自前往交易。消息传开后，朝廷上下议论纷纷，担心荷兰把澎湖变成战略据点，强烈要求赶走荷兰侵略者。
福建巡抚徐学聚、南路参将施德政认为，当初广东纵容葡萄牙在香山澳通商，结果葡萄牙强占香山澳，使广东不得安宁。假如让荷兰以通商为借口占据澎湖，危害非同一般。于是指派浯屿将军沈有容予以抗击。沈有容受命之后，下令禁止沿海商人与荷兰人私自贸易，同时亲率20艘船只驶抵澎湖，严正指出：“中国朝廷规定，凡不是朝贡的国家，一律不准通商。你们在这里不能通商获利，就应早日撤离澎湖!”韦麻郎置若罔闻。同年十月二十五日，沈有容的船只包围韦麻郎，韦麻郎才灰溜溜地撤出澎湖。欧洲的“海上霸王”同明朝军队的首次武装较量，以不流血的方式结束了。此次事件为澎湖留下一块“沈有容谕退红毛番韦麻郎”的碑记。据说，韦麻郎临走时，请画师为沈有容画像，以示尊敬。
明朝对于荷兰不断骚扰澎湖，出现“战”、“和”两派。以叶向高为代表的主战派，力主用武力解决澎湖问题。天启二年(1622年)，荷兰东印度公司驻印尼雅加达总部命令雷约兹率领17艘船只、1000多名侵略者，再度进犯澎湖。首先在妈宫澳(马公湾)登陆，建筑城堡，又在凤柜尾、金龟头、莳里、白沙、八罩诸岛建设城堡。同年7月，雷约兹率领2艘船只到达台湾西海岸，从安平入台江测量水道，为以后入侵台湾做准备。时任内阁首辅大臣的叶向高闻讯后，当即给两广总督胡应台陈述利害关系：“红夷犯粤，澳夷御之，则澳夷于粤亦有助矣。如其弃之，是又一红夷也。台下酌量处置甚合机宜，敬服敬服。今红夷之祸，且移于闽，闽人皇皇忧之，而无策以御也。不知台下可以计粤之余，而计及闽否?闽粤齿唇之邦，毋曰非吾赐，履之所及也。”要求胡应台密切关注澎湖局势，寻找时机予以抗击。
荷兰侵占澎湖后，除了强迫居民和从福建沿海掳掠来的渔民修建工事外，还派人与福建当局交涉，要求通商贸易、解除海禁，遭到拒绝后，他们以澎湖为基地，进攻厦漳泉三地。厦漳泉三地群众在福建总兵徐一鸣率领下奋起反抗，取得阶段性胜利。叶向高听到喜讯后，立即去信徐一鸣，对其顽强抗击予以高度评价。
天启三年(1623年)，叶向高获知闽省商民悄然前往澎湖与荷兰人私下贸易活动后，同时致信甫上任的福建巡抚南居益、福建右布政使陆完学，坦陈对目前状况的担忧。叶向高给陆完学的信中说：“要之所忧，商不在夷，而在奸民之勾连接引，相与为暴……若敝郡福清、长乐之间，亦有一种贩私盐之奸徒，纵横海上，杀人掠货，与泉漳同，若不设法严禁，亦将胥而为夷矣……”他还写信给福建巡按御史乔承诏，要求其果断抵抗侵略，为福建当局出谋划策，就如何作战提出自己的见解。随后，主战派官员南居益任命抗倭名将俞大猷的儿子俞咨皋担任福建副总兵，决心武装抗击荷兰侵略者。南居益一面给叶向高去信反映福建水师粮草不足、准备征收军饷的问题，一面到闽南的军中部署军务。叶向高给南居益回信，对其行动表示赞赏，并说：“加派(军饷)虽累民，而有田之家力亦能办，惟穷民困苦，然亦三分之一耳。边饷方急，生亦不敢以桑梓之故，遽拟免也。闻台下欲巡行海上，生意开府严重，须算有定策，方可以牙纛临之，如尚未有以控制此夷，而轻于一行，将为彼所窥矣，何如何如?”不久，荷兰对厦门发起进攻。失败后，不但没有撤出澎湖，反而在澎湖的风柜仔新筑一城。
荷兰人到处掠夺，造成东南沿海贸易受到严重侵害，使福州米价大涨，发生饥民抢米风潮。叶向高得知福州米荒后，立即给陆完学去信，要求其迅速、妥善处理抢米风潮，还多次给南居益写信，表示对澎湖局势的忧虑。一信说：“颇闻谷价大腾，饥民肆掠，恐因此生衅……”另一信说：“闽中灾害已甚，米谷不通，殊有可虑，其仰烦台下之经画……”叶向高希望南居益到任后，及时解决缺米问题，以免酿祸。叶向高还给福州知府潘师道写信：“荒旱已及……生家(即叶向高家)薄田仅有数百亩，亦为旱魃所困，业告小孙，但小有盈余，即捐以济人，无奈何则卖产赈济，亦当不吝也。”此后，荷兰加派军力修筑坚固的城堡，企图长期霸占澎湖。天启四年(1624年)，南居益从厦门调集5000多名精兵，数次向澎湖发起进攻。
福清人刘应宠(天启二年升水标游击将军)受南居益之命“……渡澎，分道并进，奋厥师……红毛披靡，悉登舟远遁。”刘应宠打了大胜仗。雷约兹迫于压力，率舰离开澎湖。刘应宠以“戡平红毛绩，升南路副总兵。”此后，他又数次到澎湖抗击荷兰侵略者，声名远扬。
澎湖之役胜利后，南居益给叶向高报喜。叶向高回信对其亲临战事表示肯定。信曰：“红夷(荷兰人)已渐遁……皆台下宏猷伟略之所震詟也……台下为海邦计，竭尽心力，海邦之人，凡有血气无不颂戴，谓从来开府所仅见，事定之后，畴庸进律自有崇褒……”另一信曰：“驱逐红夷，毅然决断，尤非寻常迟回顾虑者所敢望。又躬履行间，出没风涛，即生长海上者尚或难之，此功成，闽当万世戴之矣……”为了表示对该战的庆贺，叶向高还撰写长文，详细叙述澎湖之役的过程。