1917年7月17日段祺瑞重任国务总理的时候，北京政府有寺内内阁的支持，有西原借款的援助，有赋予合法有道的权威。北京不是一个无权、无勇、无钱的空架子。但是北京没有国会，没有总统(冯国璋是代理总统)，没有副总统，而且冯国璋没有竞选为正式总统的意思。北京政府的法律地位很成问题。而南方又有一个广州的护法政府，威胁着北京合法有道的权威地位。如果能巩固北京政府的法律基础，日本的钱和北洋的军力可以用来消灭南方的反对势力。段祺瑞的看法是：“南北分裂使地方军人可以投机取巧，宣布独立，左右国政。”这种情形不能长期容忍下去。于是他反对督军干政，尤其是南方的督军干政。
在军阀割据、军人干政的局面下，要达到段祺瑞的统一和军人不干预民政的目的，只能一面团结北方的武力来消灭南方的武力，以武力求统一，以战争结束战争，另一面用政党和党员来代替武人行使政权。这两个政策都需要钱，钱则多半来自西原借款。先是段祺瑞在1917年3月成立了中和俱乐部，一年以后中和俱乐部变成了安福俱乐部。安福俱乐部不尽是段祺瑞或徐树铮的人，但是这两位皖系领袖可以左右他们，由他们占多数而操纵1918年新选出的国会。这样，皖系在总统和副总统的遴选、内阁人员的任免方面，势力远超过其他的派系。所以皖系可以主张不让军人干政。
但即使有参战军的军力，皖系也不能单独地实现武力统一中国的目的，它必须与其他的北方军事集团合作。它用以号召“北洋团结”的理论，最好用徐树铮在1918年5月9日复张作霖的电报来说明：“一日不战，则内阁立见崩溃，选举必无从着手，我北系无以自存，国家亦随之沦陷。”这时，北洋的势力可以大体上分为四个集团：皖系、奉系、曹锟的势力、长江的三个督军--江苏的李纯、江西的陈光远、湖北的王占元。这时，北京政府有钱，分享北京的政权也可以分享北京的收入和北京赋予合法有道的权威，战胜南方的信心很高，战胜了之后可以分享战争的果实--土地、资源和军队。北洋几个集团能否团结对付南方，得看北京的政权财权如何分享、战争的果实如何分享。为了找出一个分享的办法，北洋几个集团举行了一系列的会议。
第一次天津会议在1917年12月2日举行，那时湖北的荆州、襄阳在石星川、黎天才领导之下宣布自主，湖南军队进攻岳州，北方大为震惊，对南作战几乎是一致的主张。从天津会议到1918年4月24日的汉口会议之间，南北形势有了重大的变化，北方的团结发生了严重的裂痕。荆襄自主虽然失败了，但鄂西的局势并未平定。代表北方势力的刘存厚被赶出了四川，龙济光被赶到琼州，陈树藩被赶出了西安。不过在吴佩孚和张敬尧指挥之下，北军下岳州、取长沙，以张敬尧任湖南督军。曹锟之所以派吴佩孚军入鄂入湘，第一是他有意于武汉的重要资源，第二是他怕奉系在关内的军力伸张到长江。湖北王占元之所以容纳北方军队入鄂，是因为岳州为南军占领之后他受到威胁。但另一支由山东督军张怀芝率领的征湘部队，沿津浦路南下，到了浦口，却被冯玉祥的第十六混成旅所阻止，而且冯玉祥有李纯和陈光远的支持。让一支大军经江苏、江西去攻湖南，那对苏赣两省都是一大威压。南北统一之战必须以江苏、江西、湖北为运兵的要道，这是长江三督基本上反对武力统一政策的关键。北洋势力于是产生了第一个裂痕。
皖系为了联络奉系来对付其他北洋势力，在1918年2月让奉军到秦皇岛取用了日本运来的第一批军械，但在3月间第二批日本军械运来时却不依照原定计划分拨一部分给李纯。这样一来，皖系(主要是徐树铮)的作风造成了长江三督和奉系之间不可调和的矛盾，李纯和陈光远甚至以辞职来反对奉军南下。同时，为了酬答皖系的一大批军械，张作霖提出他的政治要求：拥护段祺瑞组阁，行责任内阁制;撤换长江三督;东三省设立高等军使，并且练兵三十一师;以武力平定西南。在这样的皖奉联合的情形下，段祺瑞希望能利用奉系同时控制曹锟，由曹锟而控制能征善战的吴佩孚。他的引诱是让曹锟出任两湖巡阅使，另一面却又推徐树铮为直隶督军以代曹锟，任命皖系的张敬尧为湖南督军。湖北既然在王占元之手，两湖巡阅使那一个辉煌的头衔不过是一个空架子。北洋的团结于是产生了第二个裂痕。
在汉口会议时，张怀芝不出席，带兵回到山东，怕重兵在外有失去山东根据地的危险;曹锟宣布他生了病，而且主张南北问题和平解决。汉口会议失败之后，段祺瑞政策的重点在加强皖系与曹锟的关系，答应曹锟的两湖巡阅使改成了川、粤、湘、赣四省经略使。曹锟在四川、广东毫无势力，只能在派兵作战克服之后才有利可图，湖南仍然在张敬尧手里，而江西督军是亲近曹锟的陈光远。这就说明曹锟为什么仍然按兵不动。曹锟的对策是在1918年6月召开了第二次天津会议，他对南作战的条件是：由中央政府担负全部军费;军械由中央供给，他本人控制上海、德州和汉阳的兵工厂;他要求副总统的职位，以增强他在中央政府的力量。
第二次天津会议之后不久，皖系在南方的势力急剧地衰退。张敬尧在湖南不但不能向滨湖平原以外发展，而且他的贪污横行引起湖南人的反对;李厚基在福建败于粤军，福州的形势危急。这是1918年8月的事。恶劣的形势逼使段祺瑞向曹锟让步，允许曹锟为副总统，希望能用他的兵力再进行统一之战，也希望用他的关系调解段祺瑞与冯国璋及长江三督之间的冲突恶劣的形势使曹锟提高了他的要求，四省经略使必须统辖四省的军务，必须扩军两个混成旅和宪兵队、警察队，这样一来经略使署每月的费用达一百三十万元。
皖系和曹锟的关系还没有完全调和，皖系和奉系的关系却愈来愈坏。这也是1918年夏天的事。在关内的奉军已经经费支绌，徐树铮竟以奉军的名义领了三百万元，只发了一百八十万给奉军。西原借款，张作霖分到二百万元，吉林的孟恩远分到一千万，徐树铮也分到一千万。不但如此，徐树铮在东北招收土匪，编成军队，扰乱奉天的治安，引起奉军中下级军官的反对。段祺瑞不得不交还一百多万元欠饷给张作霖，招收的三个旅也交给张作霖，而且奉军借出的军械也交还给张作霖。皖奉的关系暂时虽然没有破裂，张作霖与徐树铮的关系却到了不可弥补的地步。
北洋势力到1918年夏天已经破绽百出，段祺瑞的最后一着棋是选曹锟为副总统，希望能由此而团结北方，进行对南战争。但是梁士诒领导之下的旧交通系、影响之下的研究系和一些安福系议员，为了与南方和解，选岑春煊或陆荣廷为副总统，也因曹锟收买选票的价钱太低，而拒绝出席选举，以致国会几次开会都不足法定人数三百八十三人。副总统既然成了泡影，曹锟又进了医院。
中央政府一天在皖系操纵之下，一天对奉系、曹锟、长江三督都没有什么好处。例如龚心湛内阁宣布1919年的预算亏欠二万万元，发不出军饷。但是徐树铮的西北筹建使署有的是钱，安福要人王揖唐代表北方到上海跟南方进行和平谈判也有的是钱。曹锟和张作霖才反对龚心湛，以靳云鹏代替他为国务总理。但安福系挟着他们在国会投票的能力，要求内阁之中司法、交通、财政三部长，财政、外交、交通、农商、陆军五次长，山东、河南、安徽、浙江四省长必须是安福俱乐部的人员。这样的把持中央政权只能加深皖系与曹锟、张作霖、长江三督的裂痕，同时加强反皖势力之间的团结。所谓的直系--曹锟、吴佩孚、长江三督大概是在这时形成的。
由第一次天津会议，企求北洋四个集团的团结，到1919年春夏之间皖系的孤立，这当中的派系变化极其复杂。而变化的根本原因，一个是如何分享北京的政权财权与北京赋予合法有道的权威，另一个是对南作战胜利的果实如何分享。在孤立的情况下，皖系又受到反日群众运动的冲击。1919年5月直到年底，因为山东问题，因为福建事件，皖系支持的中央政府在政治和道德上也变成了众矢之的。
1920年3月和4月，直奉两系两度磋商，取得了一致的意见。徐树铮必须退职，边防军必须由陆军部统辖，安福俱乐部必须解散。段祺瑞坚持边防军不能交陆军部。安福系坚持1918年的新国会决不能解散。从1917年的最大条件--以武力统一中国，皖系退让到1920年7月的最低条件--保全军事和政治的基本势力。到最低条件也不能为直系奉系所接受的时候，南北战争就变成了直皖战争。战争中一个值得注意之点是皖系第一路军(第十五师)刘询的部队不战而退，让吴佩孚能包围皖系曲同丰率领的第二路军。第二个值得注意之点是直系军队在直隶、河南、陕西、甘肃、安徽等地接受皖军的投降，加以改编，于是势力和地盘很快地扩充。奉系军队也在直隶、热河、察哈尔收编了一部分皖军，剩下的有地盘的皖系军队只有浙江的卢永祥、中立了的上海护军使何丰林和福建的李厚基。第三个值得注意之点是失去了地盘的皖系败军，例如湖南张敬尧的第七师和游移于鄂西豫西的吴光新的军队，有的被当地军阀收编，有的流为土匪。
皖系在战争中失败，政治上的势力也就随之而消失。煊赫一时的安福俱乐部变成了非法组织，由安福系操纵的国会不能继续它的立法功能。直系奉系在分享了战胜的果实之外，还得重组北京的中央政府。这次从1920年7月14日到18日的战争本身的破坏性，也许比1917年反复辟的战争大一些。但是那一次反复辟战争，据北京政府的政治顾问G.E.Morrison的估计，只有二十七个人死亡!直皖战争本身的破坏性也许远不如1916年的反袁之战，更不如以后两次的直奉战争。