大禹治水的同时，还要打仗。禹时代，共进行了两场具有决定意义的战争：即与共工(一部落名)和三苗的战争。
共工氏在大禹之前治水失败了，他怀着嫉妒的心肠，不愿看到大禹治水成功，便千方百计将洪水引向大禹所在的治水工地—空桑山(今山东曲阜)。空桑山被淹没后，治水工程只好暂时停了下来。
当时，涂山氏拥有强大的军事力量，在中原各方国中势力最强。皋陶为涂山氏首领，禹任命皋陶为刑官，两族结成牢固的政治联盟，对大禹治水给予强有力支持。据《尚书舜典》记载：帝舜之时，禹为司空，皋陶作士，伯益为虞。禹即帝位后，皋陶、伯益迭为首辅，涂山氏成了夏后氏最倚重的力量。为进一步获得妻族支持，大禹便携同女娇，在涂山召开了紧急军事会议，准备与共工决一死战。据《左传》记载：“禹会诸侯于涂山，执玉帛者万国”;《史记》云：“夏之兴也以涂山”。正是涂山之会确立了禹的天下共主地位。去朝见禹的人手里都拿着玉帛，仪式十分隆重。会议开始后，当时有个叫汪芒氏方国的部落首领防风氏被共工收买，有意怠慢大禹的命令。大禹当机立断，在会上杀了防风氏，以儆效尤。这说明，那时候的禹已经从部落联盟首领变成名副其实的国王了。这使得与会所有方国之君深感恐惧，他们只得小心翼翼地听从大禹的指挥。共工很快被大禹打败，但共工的臣子相柳却不服气，妄图继续顽抗。相柳为人贪婪，时常抢夺民众粮食，民众形容他长了九个脑袋，食量惊人，每次都要吃掉九座山高的食物。大禹于是又领兵继续进攻，杀掉了相柳。共工知道不是禹的对手，便逃掉了，据说最终还是被祝融杀死。
共工的另一个帮凶河伯，一看情势不对，态度急转直下，来了个一百八十度大转弯，忙从河里跳出来，献上了“洛书”，争取从宽处理。
涂山大会，大禹论功行赏，对有功者赏，对作恶者惩，众人咸服。大禹又任命皋陶为相，封女娇为后妃。把启留在涂山氏国培养，继续寻求妻族支持。为纪念战胜水患，禹用当时天下九州出产的铜铸了九个鼎，雕铸上奇兽异禽来代表九州，九鼎因此成为日后国家政权象征。大禹起自民间，具有浓烈的民本思想。他以富民为本，时时出访巡察，了解民情，查访贤能之士。把钟、鼓、磬、铎分别挂于厅前，发出告示：教我以道者击鼓，谕我以义者击钟，告我以事者振铎，对我述说困难者击磬，有告状者摇铎。诏命初下，天下贤士闻风而至。
不久，大禹即指挥了对三苗的最后战争。这是一次规模较大的武力征伐，通过这些征伐活动，夏禹的王权得到了加强。
蚩尤为九黎部落的酋长，分为九派，亦称“九黎”，即后来的“三苗”，最早生活在黄河流域，与黄帝争锋失败被杀。颛顼和帝喾时代，“九黎”趁共工与颛顼、帝喾争夺帝位时迅速发展起来。颛顼曾多次打败三苗;到尧、舜时代，三苗再次兴起，又被打败。
到禹继承华夏部落联盟首领后，三苗再度挑起事端。为进一步扩大原始居民的生存空间，统一长江中下游地区，成为迫在眉睫的国家战略。因此，禹决定对三苗进行一次大规模战争。禹出兵前，在祖庙举行了一次隆重的祭祀上天和祖先的宗教仪式。
禹手执玄圭说：“三苗为乱，上天要惩罚他们。因为他们不听教化，多次叛乱，诛杀无辜。现在，他们那里妖魔四起，天生怪异，夜里出了太阳，又下了三天血雨，炎热的夏天竟然也结了冰。种在地里的五谷也发生了变异，祖庙中出现了青龙，狗也在市中嚎哭，人民惊恐，怨声载道。我受上天、祖先之命前去讨伐他们，希望大家同心协力，英勇奋战，歼灭那些有罪之人。”这就是历史上有名的《尚书禹贡》篇。
三苗见禹率军前来征讨，慌忙率众抵抗。但禹所率军队训练有素，士气高昂，强悍无比，三苗之众节节败退，溃不成军。开战不久，其首领就被东夷部落的弓箭手射死。首领阵亡，苗军大乱，纷纷四散逃命。三苗故土难守，大部分逃往西南地区，逐步被当地土著氏族部落融合。相传今天聚居在湖南、广西、广东及云南、四川、贵州等地的苗族，就是三苗后裔。
禹征服三苗，统一了长江流域，此后一段时期，华夏大地出现了少有的社会安定的太平盛世。