后人论史，每提及“小明王”韩林儿之死，大多认定是朱元璋下的毒手，似乎已成定论。元至正二十六年（1366年），韩林儿应朱元璋之请南下，途中舟覆而死。在《明史》中多处有相关记载，如《明史·韩林儿传》说：“太祖命廖永忠迎林儿归应天，至瓜步，覆舟沉于江。”联系朱元璋后来大肆屠戮功臣的毒辣和残忍，如此推论看来也顺理成章，夏《明通鉴》就是如是判断的。
朱元璋出自郭子兴麾下，自属红巾一系，名义上确算韩林儿部下。但事实上，朱元璋并没有对韩林儿称臣，也更不曾依仗过他，除了共用一个“龙凤”年号，二者不过遥遥有政治上的呼应而已，连军事上的同盟都谈不到。当然，客观而言，也正因为刘福通“横据中原，纵兵蹂躏，蔽遮江、淮十有余年”。让元朝疲于应对，才给了朱元璋壮大实力、从容平定东南的机会。
正当朱元璋稳扎稳打，事业蒸蒸日上的时候，曾经风光一时的小明王却是江河日下。帐下主将刘福通胃口太大，又是北伐，又是西进，有一路人马甚至横扫辽东，一直打到了高丽。然兵力分散之后“兵虽盛，威令不行。数攻下城邑，元兵亦数从其后复之，不能守”。被元军反击之后，连根据地都难保了。元至正二十三年（1363年），张士诚遣部将吕珍来袭，围攻安丰，刘福通已是势单力孤，岌岌可危，只得向朱元璋求援。其实朱元璋要摆脱这个空头上司，坐而不救是最佳策略，但朱元璋却不顾刘伯温劝阻，执意援救，“太祖曰：‘安丰破则士诚益强。’遂亲帅师往救，而珍已入城杀福通。太祖击走珍，以林儿归，居之滁州。”（《明史·韩林儿传》）
朱元璋此举究竟是出于什么样的心理？因为从至正二十年（1360年），刘福通部就或败或乱或降，已经显示出唯能自保、无力逐鹿的颓势了，任其自生自灭不会对朱元璋产生太大的影响，而当时朱元璋最大的劲敌并非张士诚，而是陈友谅。“不过，这种为义所使、不避利害的举动说明朱元璋的江湖豪气尚在，还未被赤裸裸的利己思维和功利权术意识完全湮灭。
刘福通既亡，韩林儿则只是一个普通人，只会慢慢被人淡忘。既无政治上的影响力，更谈不上军事上的号召力，战乱之后，教众各奔东西，或各自有所归属，也已丧失了宗教上的凝聚力。何况这个“张无忌”既没有绝顶武功，身边更无高手环绕。“林儿本起盗贼，无大志，又听命福通，徒拥虚名”。那时的朱元璋，随时可以让他“禅让”，所以在这个时候除去他，既无必要，也毫无意义。关于韩林儿之死，若为朱元璋授意，要么早早灭口，要么授以公位稳其心，善待韩林儿之后，又将其杀死，很不合情理。韩林儿之于朱元璋，构不成登基的阻力。只要威逼利诱一下，就可让韩林儿屈服，或不予理睬，直接将其撇到一边，随便封个王养起来也无不可！