历史上设立陪都的原因很多，从西周开始确立的陪都制度主要有政治、经济、军事等原因。
西周都城在关中的镐京，周武王为了加强对东方诸地的控制和防止商朝残余的复辟，因而在洛阳首建陪都。此后，历代的大小王朝等，无不模仿周朝的两京制度，且许多王朝或政权不只两京。
历代陪都的设置，大体情况如下：
政治原因
作为首都的职能补充：首都不在全国的地理中心而偏于边地，不利于统治者管辖全境，故有必要在位置适中的地方设置陪都，加强对全国的控制。如西周的雒邑、明朝初年的北京开封府。周武王克殷商以后，为了镇抚东方，并便于统治全国，于是决定亲自选址，拟在伊洛之间，经营新都，武王去世后，周公摄政，发生了武庚勾结管、蔡反叛西周的事情，经过了三年的征战，方才平息，周公为了强化对殷商残余势力的控制，把他们集中迁到洛邑，严加管制，并驻守重兵于此，以资防范，成王即位以后，“使召公复营洛邑，如武王之意”，从而完成洛邑的建设。
政权兴起于边疆，原先建都也在边疆，后来政权强大，入主中原，为了便于控制全境而迁都内地，同时将原来的首都改为陪都。这种情况以非汉族政权居多，如金朝的上京会宁府、清朝的盛京奉天府。
上京会宁府初为会宁州，金太宗以建都于此而升为府。府治上京城(今哈尔滨市阿城区市区南2公里白城)。《大金国志》载，“国初无城郭，星散而居，呼曰皇帝寨、国相寨、太子庄。后升皇帝寨曰会宁府，建为上京”。城近“按出虎水”(今阿什河)。北宋政和五年(公元1115年)，完颜阿骨打称帝，国号“大金”，年号“收国”，定都于此。南宋绍兴二十三年(公元1153年)，完颜亮宣布燕京为首都，命名为中都大兴府。金朝的都城从会宁府迁至燕京。会宁府作为金的都城，历时三十八年(1115年--1153年)，完成了首都的职能，此后成为金朝的陪都。
兴起之地(或出生地、祖籍)：常被称为“龙兴之地”，为了突出其地位以显示与其他地区不同因而设置陪都。如武周和唐朝的北都并州、明朝的中都凤阳府。
隋朝末年，李渊任荥阳(今河南郑州)、楼烦(今山西静乐)二郡太守。后被召为殿内少监，迁卫尉少卿。大业十一年(615)，拜山西河东慰抚大使。十三年，拜太原留守。当时，隋末农民起义遍布全国。李渊便与次子李世民在大业十三年五月趁势起兵造反，，并从河东(今山西永济西)召回长子李建成和四子李元吉。并于七月率师南下，李渊乘隙进取关中并称帝建立唐朝，唐朝建立后，以龙兴之地太原为北都，李白：“天王三京，北都其一”。
在近代的国外陪都中，因为政治原因设置多都的情况比较常见，最常见的，是将行政和立法、或法定首都和政府所在地拆分，前者如荷兰(政府在海牙，王室在阿姆斯特丹)、智利(行政机关在圣地亚哥，国会在瓦尔帕莱索)、玻利维亚(法定首都在苏克雷，政府和议会在拉巴斯)、贝宁(法定首都在波多诺伏，政府和议会在科托努)、马来西亚(法定首都和国会在吉隆坡，政府和法院在布城)、尼日利亚(阿布贾为行政首都，拉各斯为司法首都)、斯威士兰(姆巴巴内为行政首都，洛班巴为王宫和议会所在地)等。
经济原因
经济文化中心的转移：都城别为全国政治军事的中心，但随着经济文化中心的转移，在接近经济文化中心且交通便利的地方营建陪都，如隋唐朝洛阳便是由于当时经济文化中心的转移
。
隋唐时期的洛阳原本是“山东”的经济中心，水陆交通颇为便利，是全国重要的经济都会之一，隋炀帝大业年间初步营建东都，同时又大力营建大运河，沟通全国当时的经济重心之江南，以便利商贾往来，货物的集散和漕运，这更增强了洛阳在经济上的重要性，故东都不仅是当时的陪都，而且还是关东的经济中心城市，唐继承隋朝，又有了新的发展，当时首都长安的粮食依赖于从洛阳的漕运，这也是洛阳作为隋唐东都的重要原因。
近代国外将政治/行政和经济功能拆分的情况也颇为常见，如拉各斯、阿比让、达累斯萨拉姆都有“经济首都”的称号，继续行使全国经济、金融中心职能。
军事原因
皇帝或政府因巡幸或躲避战乱临时住过的地方。
统治者因巡幸或躲避战乱临时住过或长期因战争迁驻办公的地方，为了纪念而建陪都，这种情况下的陪都往往就是临时首都或实际首都。如唐朝的南京成都、南宋的杭州(临安府)、“中华民国”的陪都重庆等。安史之乱爆发后，叛军攻陷京师长安，唐玄宗西幸成都，至德二年(757年)设置的南京，根据《新唐书》志32记载，“成都府蜀郡，赤。至德二载曰南京，为府，上元元年罢京”。
宋室南迁，于公元1138年定都杭州，改称临安。临安原为地方政权吴越国(907～978年)的都城，由于其经济基础好，被选定为南宋都城，此后便扩建原有吴越宫殿，增建礼制坛庙，疏浚河湖，增辟道路，改善交通，发展商业、手工业，使之成为全国的政治、经济、文化中心。直至公元1276年南宋灭亡，前后共计一百三十八年。南宋之临安，虽然在政治地位上仍然是陪都或者行在，但是实际上由于南宋偏安一方，收复北方无望，所以，临安实际上充当了南宋首都的职能，成为南宋实际上的首都。
特殊情况
有些”多首都”有其实而无其名，如沙特的塔伊士、吉达实际行使外交和夏季行政中心职能，却并无正式“名分”，波黑政府和国会所在地都在巴尼亚卢卡，但这个国家的法定首都却是萨拉热窝;也有些“多首都”则正相反，有名无实，如贝宁的波多诺伏由于和经济首都科托努紧挨着，实际上几乎成了同一座城市，政府、国会、司法机关所在地和使领馆驻地，如今都已搬到了科托努，波多诺伏这一“行政首都”已徒具其名。还有极个别“多首都”是特殊情况造成的，如以色列实际上首都在耶路撒冷，但由于国际社会不承认以色列对整个耶路撒冷的统治权，因此大多数外交使团都留在特拉维夫，且只承认特拉维夫为以色列首都。