蒋百里任保定军校校长的第一天，就集合了学生，发表讲话：
“我此次奉命来长本校，一定要使本校成为最完整的军事学府，使在校诸君成为最优秀的军官，将来治军，能训练出最精锐良好的军队。我一定献身于这一任务，实践斯言。如果做不到，当自杀以谢天下!”
蒋百里说到做到，他到职以后，首先刷新人事，聘请当时的军事精英任教官，使学校精神为之一振。蒋百里注意学生的课业，凡是外国语与战术等课，绝对不准缺席。教官请假时，他便亲自代为上课。他和学生同桌吃饭，同甘共苦，一扫以往官僚腐败的习气。可是一切革新措施，除了精神方面以外，还需要钱款。而当他向当时的袁世凯政府要钱时，不论打电报或是写信，常常杳无音信。不得已他亲自去北京催款，军学司的司长魏学翰还多方留难，始终不得要领。有一次他到北京催款失望而归，到校的第二天，也就是1913年6月18日，一大早就召集全校师生在尚武学堂讲话。
他用沉痛而低微的语调说：“我到本校以后，曾经告诉过你们，我要你们做的事，你们必须做到，你们要我做的事，我同样也要做到。你们办不到，我要责罚你们。我办不到，我要责罚我自己。现在你们一切都还好，没有对不起我的事，我自己不能尽责任，是我对不起你们……事情办不好，应该辞职，但是中国的事到处都是一样。这儿办不好，到别处也不会办好。你们不要灰心，要鼓起精神来担当中华民国未来的责任!”说到这里，他突然拔出手枪，对准自己的胸膛开了一枪。当时站在第一排的学生刘文岛，一面大声呼叫“校长自杀了!”一面和其他学生冲上前去，把枪从他手中夺了过来，然后把他抬到校长办公室。这时学生在办公桌上发现了两封遗书，一封是写给教育长的，一封是告别他母亲的。
一个军事学校的校长，因为领不到经费愤而在学生面前举枪自杀，这是一件骇人听闻的大事，当消息传出以后，舆论界对袁世凯政府群起攻击。学生们发表通电，向各方呼吁，并推派代表到北京请愿。当时推派代表为每省一人，总数有10余人之多。袁世凯知道事态严重，一方面立即令学校教育长张承礼代理校长职务，一方面派参谋总长阴午楼带人到保定调查真相。同时委托日本公使伊集院打电报到东京派军医平户到保定为蒋百里疗伤。所幸这一枪没有击中心脏，治疗了一段时间，终得以康复。