南北榜案在一定程度上体现了全国统一形势发展中南北政治平衡的要求，也体现了朱元璋打击和限制江南地主的一贯政策，此事件开明朝分南北取士之先例，至洪熙以后遂成定制。
在一定程度上普及文化教育，提高落后地区考生的学习积极性，平衡政治关系，乃至维护国家统一，在少数民族地区推广科举制度。
但是，朝廷政事多被精于理学的南儒把持，而理事者了了无已，明朝政事逐渐趋向腐败和混乱。自“南北榜”划分之后，明朝官场上的官员关系，除了师生关系外(座师与门生)，老乡关系也呈越演越烈之势，同期中榜的考生，地域之间的亲疏尤其明显。
甚至同榜而出的考生间拉帮结派，也渐成常态。明朝万历时期大臣邱瞬就曾总结道：“而今朋党有三途，同榜而出为其一，座主门生为其二，同年而出为其三。”“乡党”关系，反而凌驾于师生关系之上。
万历末期至天启初期令后人诟病的“党争”，朝中分为“齐党”、“楚党”、“浙党”相互攻击，“分榜”制度，确是为其温床之一。