藤原仲麻吕被灭门之后，藤原家族北一支没有受到损伤，后来独揽朝纲的就是这一支藤原家。承和之变和应天门之变，两件事，实现了藤原家族的掌权野心，甚至在整体上做了改革，至此，天皇的权威彻底成了浮云。那么，这一切都是怎么发生的呢?
桓武天皇的儿子中，有三个做了天皇，嵯峨之后是淳和，这淳和其实并不想做天皇，他看透了皇权欲望带给亲人们的伤痛，他不愿去争夺，但鉴于当时的情况，根据母亲的地位来评判，他的儿子恒世亲王和桓武天皇的血统最近，所以他必须做这个天皇。但是，淳和即位后，并没有立恒世亲王为太子，而是立了哥哥嵯峨天皇的儿子正良亲王为太子，这其中大有深意。
同样的，公元833年，淳和天皇让位，正良亲王即位为仁明天皇，但却立了淳和的儿子恒贞亲王为太子，这让淳和天皇深感不安。于是七年后，淳和即将离开人世，托孤于忠实的亲信藤原吉野，但在他去世后，这种不安在承和之变中变成了现实。
仁明天皇即位时，有一个人已经开始觊觎中央权柄，这个人就是当时担任中纳言的藤原良房。良房一心想让自己的妹妹顺子所生的道康亲王成为皇太子，当时的皇太子恒贞亲王察觉到这种状况，他不愿卷入政治权力斗争的旋涡，因而多次向天皇表明了辞太子之位的心意，却被天皇和上皇力劝而未能如愿。
承和八年，也就是公元841年，恒贞亲王失去了两个靠山——淳和上皇已于前一年五月间过世，而嵯峨上皇也缠绵病榻，眼看即将咽气。藤原良房觉得时机成熟了，该准备动手废立东宫了。842年7月，嵯峨上皇去世，同月就爆发了“承和之变”，道康亲王顺利成了藤原良房的棋子入住东宫。
公元850年3月，仁明天皇去世，道康亲王继位，是为文德天皇，立惟仁亲王为东宫。这位惟仁亲王，其实体内有四分之三的藤原氏血统，他的母亲明子就是藤原良房的女儿。与皇室的亲上加亲，使藤原良房于857年被任命为从一位太政大臣，总揽朝纲，藤原良房一生的野心终于初步崭露头角。
文德天皇在位八年，猝然辞世，东宫也就是藤原良房的外孙惟仁亲王继位，是为清和天皇。话说这清和天皇，被立为东宫的时候才九个月大，登基时也年仅九岁，什么也还不懂，朝政完全由外祖父藤原良房说了算。和中国帝王时代的很多小皇帝一样，清和天皇虽然还小，但藤原良房已经在为他物色妻妾了，人选当然都来自于藤原北家。首先，他把弟弟藤原良相之女多美子送入宫中，然后，又瞄上了长兄藤原长良的女儿高子，不过这位高子据说已经有了情人，坚持不肯进宫，但怎敌得过大伯父的权威?此为后话。
拉回来再说清和天皇，他的年号是贞观，和唐太宗的年号相同，贞观八年，清和17岁，也就是公元866年，农历闰三月十日夜间，太极殿前的应天门突然起火，连两侧的栖凤楼和翔鸾楼也一并被火海吞没。这或许只是一场天火，并没有人为因素存在，不过朝中各派却借着这个因头开始互相攻讦，最终导致了一场大清洗。
当时朝中重臣除藤原良房外，还有他的弟弟右大臣藤原良相，除了藤原北家，还有世代豪门伴氏、纪氏，以及从皇子降为臣格的源氏兄弟。这些不同的势力之间开始互相角逐，首先，大纳言伴善男向上面告发，说纵火犯是左大臣源信和中纳言源融，并且与藤原良相商议，调左中将藤原基经前往逮捕源信。藤原基经何许人也?他本是藤原长良之子，过继给藤原良房做养子，他当然要把此事向良房汇报，听取太政大臣兼老爹的指示。藤原良房偏袒源氏，上奏清和天皇，请他先派干员前往责问源信，源信当然矢口否认，于是这件事就此搁置下来。
不料，在5个月之后的8月3日，备中权史生大宅鹰取向朝廷告发伴善男、伴中庸父子才是真正的纵火犯，引起了朝廷内外的又一场大骚动。束手无策的清和天皇在8月19日正式任命外祖父良房为“摄政”，让前辈来替他收拾事态。藤原良房发挥强大的政治手腕，将伴善男关押起来，开始调查此事。就在此时，伴善男的家臣生江恒山和伴清绳因杀害大宅鹰取的女儿而被捕，大牢里，酷刑之下，生江恒山和伴清绳供认出火烧应天门乃是由伴善男、伴中庸父子共谋的。9月22日，判决大纳言伴善男、右卫门佐伴中庸，以及伴善男的家臣纪丰城、伴清绳、伴秋实共五人为纵火主犯，应处斩刑，减罪一等，流放到伊豆，并没收了他们的土地财产，另有十名从犯也陆续被处以流放之刑，藤原良房排除了最后一股政治上的异己势力。
火烧应天门事件之后，藤原良房完全独掌了朝政大权。
在这个过程中，藤原家族开了“摄政王”先河，发明了一种前无古人后无来者的政治体制，叫“摄关政治”，实际上就是藤原氏以外戚地位实行寡头贵族统治的政治体制。“摄关”是“摄政”和“关白”的合称。天皇幼时，由太政大臣代行政事称摄政，天皇年长亲政后，摄政改称关白，辅助天皇总揽政事。也就是说，不管皇上小还是大，统统都是傀儡，都由藤原家的人说得算。
藤原良房退休后，位子就传给了养子藤原基经。
最能体现藤原家族的权力的人物是藤原道长，他是平安中期的摄政，相比之前的藤原家领导人，其权势更是大上几倍。公元995年，藤原道长成为藤原家族的首领，1017年，任太政大臣，一切朝政均由他的“政所”决定，可谓一人的名誉上之下，万人的实质性之上。在家室上，他的女儿们先后嫁给四位天皇封后，持续了最高外戚的地位。
藤原道长在三十余年的时间里享尽了荣华富贵，他的府邸比皇宫还要富丽堂皇，日本著名古典小说《源氏物语》和《荣华物语》所描写的正是藤原道长的这种醉生梦死的生活。宫廷女侍清少纳言的著名随笔《枕草子》中也是以他为原型，描述了藤原道长的许多事迹。
好景总嫌短，1027年，藤原道长死后，藤原道长的儿子藤原赖通没有生出女儿，赖通弟弟的女儿嫁了天皇也没生下皇子。直到1068年，第71代后三条天皇即位时，因为天皇跟藤原家没有了以往那种浓厚的外戚关系，就直接废掉了摄政，实施亲政，从藤原良房开始的藤原摄政家族逐渐没落。