1881年4月8日，年近四十五岁，作为两宫皇太后之一的东太后慈安太后突然暴毙宫中，为二百多年清宫史上的又一疑案。慈安太后一向健康无病，却突然发病暴卒。此中的原因如一团迷雾，在当时和以后都引起人们的种种怀疑和猜测。关于慈安的死因主要有以下几种说法：
慈安太后
第一种说法认为慈安是正常病死的，这也清朝官方的说法。在朱寿朋的《光绪朝东华录》里面载有慈安的遗诏，说她在1881年农历三月初九染上小病，但到初十病情突然加重，到了戌时，就慢慢散了神思，将近弥留了。但是这种因病致死来得那样突然，连当时的当事者也大为怀疑。另外《清稗类钞》载，在慈安刚觉得身体不舒服时，御医为她诊脉，认为是小病，不用服药就可以好的。没想到当天晚上就听说东后殡天，已经传要棺木了。当时这位御医还非常吃惊，还以为是谣传。后来眼耗证实，御医还感到不可思议，大呼：“天地间竟有此事?”可见，御医是不相信慈安是病死的。许多官员提出怀疑。特别是左宗棠，当时任军机大臣，突然听说慈安得病身亡，立即大喊有鬼，并顿足大声说：“昨早对时，上边(指慈安)清朗周密，何尝似有病者?即去暴疾，亦何至若是之速耶?”
另外，翁同龢的《翁文恭公日记》中记载说：“则昨日(初十日)五方皆在，晨方天麻、胆星，按云类风痫甚重。午刻一按无药，云头脑混乱，牙紧。未刻两方虽可灌，究不妥云云;则已有遗尿情形，痰雍气闭如旧。酉刻一方天脉将脱，药不能下，戌刻仙逝云云……呜呼奇哉!”由发病到死亡仅仅12小时，怎么会不奇怪呢?
第二种说法是因为慈禧与慈安交恶，慈安被迫自杀。据《清稗类钞》的另一种记载，慈禧与慈安共同垂帘听政，慈禧权势心特别重，慈安却对政事并不太关心，因此两人倒也相安无事。但到了1881年年初，慈禧患血崩剧疾，不能视事，慈安有一段时间独自管理朝政，使慈禧大为不悦。“或曰：孝钦实证以贿卖嘱托，干预朝政，语颇激”，以致慈安气愤异常，她又生性木讷，不能和慈禧争辩，恼恨之下，吞鼻烟壶自尽了。
慈禧太后
第三种说法最为流行和为大众接受，而且史料也很多，认为是慈禧进药毒死了慈安。据《慈禧外纪》载，慈禧借向慈安进献点心之机，暗下毒药，谋杀了慈安。另外挥毓鼎的《崇陵传信录》说在光绪七年(1881年)三月初十日，慈安刚睡午觉起来，正在欣赏鱼缸内色彩斑斓、自由自在游弋的鱼儿，贴身太监汇报说慈禧太后让人送吃的来了。打开食盒，看见是十几块鲜艳无比的玫瑰色蒸糕。来送糕点的太监说：“这种点心，老佛爷觉得好吃，不肯独用。送一点给东佛爷尝尝。”
香味扑鼻而来，慈安忍不住伸手拿起一块，放在口中，细细品尝起来。一会忽然觉得头昏眼花，跌倒在地。太监们大惊，连忙通知太医，又派人通知慈禧太后，但见慈安太后疼得在床上打滚，眼中的泪水和额上汗水混合在一起，口鼻都汪汪流出了鲜血。太医还没赶到，便撤手西去了。另外，文廷式《闻尘偶记》中却认为慈禧是因与人私通怀孕，被慈安发现，并准备废掉慈禧太后称号，慈禧为保全自己下毒手毒死了慈安。葛帔道人的《云海楼随笔》中也说慈安是被慈禧毒死的，而且是当年在宫里的一位宫监告诉他的。并且慈安死后，没等娘家人来就入殓，更加引起了人们的猜疑。
但也有人认为慈禧害死慈安的说法是不可信的，因为慈安去世时慈禧也正重病卧床，不可能有精力再去害死她。另外，慈安召见臣子时没有什么主见，只会询问一些无关紧要的问题，所以她根本不会妨碍慈禧在政治上的权力，慈禧也没必要害死她。认为慈安是患脑溢血这样的急病而去世的，也有学者认为慈安为“自然死亡”。
这样多的关于慈安死因的说法，大多的说法都出自野史或传闻，宫廷诡秘，没有什么确实的证据。这些更说明了事件本身的扑朔迷离，因此需要更多的有说服力的材料来证明。但如此多的说法指向了慈禧，也说明了民间对慈禧和慈安的情感取向。
慈安平日待人慈祥和蔼，谦恭仁厚，对太监和宫女都很少责罚，甚至有时还给他们缝补衣物。因此她的突然离世，使得宫内哭声震天……慈禧竟不穿孝服，规定27日后一律除孝，丧礼也是相当简单。慈安被葬于普样峪，称定东陵。加于慈安的尊号是“孝贞慈安裕庆和敬诚靖仪天祚圣显皇后”。