在二次革命爆发后，陈炯明于7月18日宣布广东独立;8月2日，孙中山便带着胡汉民等人乘德国轮船“约克”号离开上海，准备前往广东领导革命，但等孙中山一行人于8月3日抵达福建马尾的时候，广东形势突变，陈炯明手下的将领发动兵变，局势已经失去控制。在这种情况下，在香港的张继、马君武请日本驻港总领事致电福州领事馆，让福州领事告知孙中山广东已无可为，让他们采取应变措施。
日本驻福州领事找到孙中山后，将广东的变故详细告知，孙中山便表示愿意前往日本，但日本领事称日本政府对中国时局采取中立政策，是否接纳孙中山避难尚不得知，于是他劝告孙中山前往台湾暂避。孙中山听后，便于次日赴基隆。就当时的而言，日本军部是同意孙中山来日本的，但外交上却反对接纳，这使得孙中山感到左右为难。这时，黄兴突然从香港直接前往日本神户，并希望孙中山能与之会合。在这种情况下，孙中山便在给日本友人发电报后，也乘船前往神户。在孙中山航行期间，日本政界元老犬养毅和黑龙会领袖头山满向政界反复交涉，终于妥善得将孙中山安全接到神户的一个别墅保护起来。当时宋嘉树(即宋庆龄之父)也在神户的东方大旅馆，随即为孙中山展开对外联络。数日后，胡汉民和廖仲恺也来到神户与孙中山会合。
8月16日，孙中山、胡汉民等人离开神户前往东京，到后便住在头山满宅邸的隔壁——东京赤坂区灵南坂町27番地海妻猪男彦宅，直到一年后才搬到丰多摩郡千驮谷町大字原宿109番地。头山满是日本黑龙会的创始人，其人一生充满传奇色彩，他既支持日本对华侵略，又支持孙中山等人的革命活动，这次孙中山等人遭难，他认为是“穷鸟入怀，猎夫不杀”，孙中山也由此在东京呆了近3年的时间。
在日本定居后，黄兴也赶到东京与孙中山会和，两人重逢之时，相对无语，其心情之沉重，可想而知。在总结“二次革命”失败原因时，这二位领袖产生了分歧并发生争吵，孙中山认为“二次革命”的失败原因是党内组织涣散，党人不听指挥，缺乏严格的纪律，以至错失良机。因此，孙中山认为，这次革命完全是败于自己而不是袁世凯。
黄兴对此不以为然，他认为“二次革命”是一场迫不得已的革命，完全是袁世凯一手造成的，而革命失败的主要原因是敌我双方力量过于悬殊。由此，黄兴不同意孙中山立刻发动第三次革命的主张，而是提出要积蓄力量，以图再举。孙中山对黄兴的消极态度很不满意，随后便在东京着手改组政党的工作。孙中山认为，革命之所以遭受惨痛失败，原因还在于党内“革命成功、革命党销”的思潮，加上同盟会被改组为国民党后，鱼龙混杂，泥沙俱下，党内纪律全无，几如一盘散沙;要想打败袁世凯，就必须将这个形同虚设的国民党痛加改造，所谓之“毁党造党”，即将原国民党重新改造成一个新党，这就是历史上所称的“中华革命党”。
事实上，中华革命党还是倚靠当年同盟会的老底子，至于宋教仁组建国民党时期合并而来的那些政治力量，当时已经名存实亡，也就干脆剥离出去。另外，孙中山在建党时提出，革命程序应分为“军政、训政、宪政”三个阶段，这是孙中山首次提出这一成熟理论，这也为后来国民党的施政提供了理论支持。中华革命党最为人诟病的是孙中山说提倡的准极权体制，那就是党内要无条件拥护党魁(就是孙中山自己了)，党中所有的高级干部不由选举产生，而是由党魁直接指派;党员也分成三个级别，即“首义党员、协助党员和普通党员”;所有的党员必须立下誓约，并加盖指模(即按手印)，声明“牺牲自己，服从孙先生，再举革命”，并立誓如下：“一、实行宗旨;二、服从命令;三、尽忠职务;四、严守秘密;五、誓同生死”。誓约的最后还加了一句，“如有贰心，甘受极刑”(这就有点过分了，搞得跟黑帮入会一样)。
对于这个誓约和仪式，很多老同志都表示不理解也不赞成，但孙中山认为革命失败就是因为缺乏纪律导致，因而对此毫不相让，绝不妥协。孙中山说，“第一、革命必须有唯一(崇高伟大)之领袖，然后才能提挈得起，如身使臂，臂使指，成为强有力之团体人格;第二、革命党不能群龙无首，或互争雄长，必须在唯一领袖之下绝对服从;第三、孙先生代表是我，我是推翻专制，建立共和，首倡而实行者。如离开我而讲共和，讲民主，则是南辕而北其辙。忠心革命同志不应作‘服从个人’看法，一有此想，便是错误。我为贯彻革命目的，必须要求同志服从我(老实说，你们的见识有限，所以应该盲从我);第四、再举革命，非我不行。同志要再举革命，非服从我不行，这绝无退让之余地”。
至于按手印一事，孙中山同样认为是天经地义，不容有丝毫的更改。据当时在一旁观礼的革命老同志居正回忆说：“总理意志强毅，态度坚决，南山可移，此案不动”。事实上，即便是孙中山自己，也要宣誓立约，以示庄重(不过免了手印一节)。孙中山这样赤裸裸的搞个人独裁，不免令同盟会的一些元老级人物感到寒心。中华革命党在1914年7月成立后，除了陈其美、戴季陶、张人杰、蒋介石、邓铿、林森等人按手印宣誓入党外，其他有影响力的革命党人如黄兴、李烈钧、柏文蔚、吴稚晖、蔡元培、钮永建等人都纷纷拒绝参加。就连跟随孙中山多年的汪精卫，也对此不以为然。他们在得知盖手印一节后，或闻风远逸，或罢工杯葛，最终使得中华革命党并没有在历史上发挥什么重大作用，除了开过一次成立大会，外加若干次失败的小行动外，也就在“二次革命”后的民国政局中被基本边缘化了。