在正史记载，公子扶苏是李斯、赵高假借诏书赐死的。然而扶苏为何自杀却有颇多疑点：
一、扶苏为何不听蒙恬劝谏，在不核实诏书真伪的情况下即自杀?
当使者携带李斯、赵高的假诏书抵达上郡时，蒙恬当即提出质疑：皇帝出巡在外，未立太子，而我领三十万大军在此戍边，公子作为监军，职责重大，怎么能仅凭一个使者和一封诏书即自杀?应该请命核实。蒙恬的质疑包含着两层意思：一是对诏书的突然性不理解。三十万大军的统帅，在毫无征兆的情况下怎么会突然被问罪?二是对始皇杀扶苏的行为不理解。扶苏不仅是始皇的长子，更是有可能成为未来的继承人，始皇杀扶苏这么重大的决定怎么会如此突然和草率?蒙恬的分析合情合理，信陵君窃符救赵即是前车之鉴，但一向“信人而奋士”的扶苏却丝毫没有听进去。这是疑点之一。
二、诏书列举的罪名极为牵强，扶苏为何不疑?
假诏书中给扶苏所列罪名是：戍边十余年，不能进而前，反而数次上书指责皇帝过失。那么这两个罪名是否属实呢?第一条罪名显然很牵强。蒙恬统兵三十万北击匈奴，收复河南地，已是大功，又连接燕赵长城，戍边防御，辛苦异常，何来“不能进而前”之说?扶苏作为监军，职责是监督蒙恬，并没有统兵作战的任务，获此罪名自然莫名其妙。那么第二条罪名是否会导致始皇动了杀扶苏的决心呢?显然也很牵强。扶苏第一次劝谏始皇是在“坑儒”事件发生时，这次劝谏的结果是始皇让扶苏北上监军蒙恬。扶苏在上郡监军十余载，虽数次上书始皇，也都没有招致更大的处罚。何况蒙恬亲弟蒙毅，是始皇近臣，深得尊宠，如果始皇对扶苏的上书越来越不满甚至起了杀心，蒙氏兄弟和扶苏不可能一点没有察觉。怎么会在始皇最后一次出巡时，毫无征兆做出要扶苏自杀的决定?而面对这个近乎突然的决定，扶苏为何坦然接受?这是疑点二。
三、李斯、赵高为什么确信一纸假诏书就能让扶苏自杀?
李斯、赵高矫诏的同时，秘不发丧，出巡队伍从沙丘出发，由太原入上郡，再沿直道南下咸阳。上郡正是扶苏和蒙恬大军驻地，如果李斯、赵高载着始皇尸体进入上郡是为了掩人耳目，制造始皇尚在的假象以配合此次政变的话，那他们难道不担心扶苏怀疑诏书真伪亲自前来核实吗?即使扶苏相信诏书为真，对人子而言，面对近在咫尺的父亲，亲自前来请罪再自尽不也合乎情理吗?而一旦发现有诈，上郡的蒙恬大军不日便可包围出巡队伍。李斯、赵高为什么确信这封假诏书能让扶苏完全相信。这是疑点三。
四、陈胜吴广起义为何“诈称公子扶苏、项燕”?
陈胜吴广大泽乡起义时，所打旗号为“扶苏、项燕”。项燕是楚国抵抗秦军的大将，作为楚人的陈胜，打项燕旗号尚可理解，但扶苏是始皇长公子，潜在的继承人，反秦的陈胜打出秦公子扶苏的旗号，似乎不合情理。这是疑点四。
那么，扶苏自杀的背后究竟隐藏了哪些真相呢?
扶苏数次上谏，是两种治国理念的直接碰撞。始皇尊崇法家治国理念，信奉“法令由一统”、“事皆决于法”。而扶苏深受儒家思想熏陶，坚持废重法而与民休息。如在对“坑儒”这件事上，扶苏的态度是“诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。”扶苏的这种治国理念，一定程度上契合了当时社会急需休养生息的现实，这也为扶苏赢得了贤名。扶苏的这种理念甚至连当时的普通黔首陈胜都知晓并深切认同，陈胜起义的直接原因就是延误了徭役期限，按秦律当处死。左右都是死，不如造反。如果是扶苏继位，对现行法度做出修正，陈胜也就不会铤而走险揭竿而起了。所以，陈胜同时打出扶苏、项燕旗号，显然可以最大限度的赢得更多的支持者。虽然扶苏在民间颇具贤名，但这种与秦王朝现行的治国理念背道而驰的思想，必然导致始皇对继承人的选择上出现摇摆。
扶苏并不是始皇心中必然的继承人。面对与自己治国理念的冲突，始皇让扶苏监军蒙恬的目的，显然是历练多过处罚。毕竟蒙恬不仅是三十万秦军的将领，同时也是扶苏一边的，在以武立国的秦王朝，如果始皇真的有意处罚扶苏，怎么会让扶苏掌握兵权?更何况这支大军的驻地距离咸阳不过数日路程。始皇这么做极有可能是希望通过前线的历练，让扶苏认识到儒家思想是不适合秦国的。
另一方面，始皇也做好了两手准备：即培养其他继承人。秦王朝没有严格的嫡长子继承制，所以幼子胡亥也是潜在的继承人之一。这一点，我们从《史记·蒙恬列传》中就能看出端倪。胡亥继位后，迅速将蒙毅下狱，御史曲宫在审问蒙毅时曾说：“先王欲立太子而卿难之。今丞相以卿为不忠，罪及其宗。”始皇欲册立太子，而蒙毅却数次反对，显然，这里的“太子”并不是指扶苏。胡亥少年跟随赵高学习法令，属法家一派，自然深得始皇喜爱。从二世继位后的所作所为来看，无不透露着法家的重法思想。规旋矩折，始皇晚年的几次出巡见闻，或许让他听到了民间的呼声，见到了民生的艰难，开始认同扶苏的治国理念，因而最终做出召扶苏回咸阳主持葬礼并继位的决定。只可惜，这封诏书未待发出，始皇就病逝了。
由此，我们再来分析扶苏自杀的原因也就很好理解了。诏书的罪名不过是托词，其真实意思是在告诉扶苏，秦不会改变治国理念，这也就意味着始皇已经决定选定其他继承人来当前的治国道路，而作为潜在继承人的扶苏，对未来的太子显然是个威胁，始皇让其自裁，对扶苏来说，也只能坦然接受。扶苏那句“父赐子死，尚安复请”或许正隐含着这层夺嫡失败后的无奈。
狡诈的赵高利用了扶苏的仁孝之心，深谙政治的李斯则利用了始皇与扶苏的这种儒法冲突。因此，赵高和李斯才有很大的把握认定单凭这纸诏书就可让扶苏不疑不反，坦然自杀。两个阴谋家的结盟，扼杀了秦王朝最后一次转舵的良机，秦王朝以更迅猛的加速撞向了毁灭的冰山。
诚然，心灰意冷的公子扶苏认为自己已经无法改变时局而无奈，又不忍自己看见百姓流离失所，所以消极的选择了自杀，这也是有所依据的。