陈家洛逍遥、潚洒的过了他的前半生，在于万亭死后，终于知道自己与当今天子宝座上的乾隆为亲兄弟。
年轻的乾隆虽然为政经验尚浅，但他眼光远大、气度恢宏、雄才大略、用人为才，满朝百官喜得明主。清朝由满人入关至此已上近百年，满汉虽仍有别，但汉人的社会及政治地位已甚为提高，其中汉人张廷玉官拜大学士，为三朝枢臣，甚得乾隆器重。而地方官吏恃权凌弱，中饱私囊，弄得民怨沸腾，对乾隆而言仍是一大患。另一方面，打着反清复汉旗号的红花会十多年来在全国各地纠集会众，扰乱治安，乾隆皇帝早有留意，只是觉得他们一介草莽，组织松散，不成气候，于是不把红花会放在心上。
可是，乾隆对红花会不可能再掉以轻心;一个平静的夜晚，给他带来了命运逆转的威胁。是夜，乾隆在深宫思考着他的鸿图大业，忽然两条人影闯入养心殿，如入无人之境，瞬间剑锋已亮在他的胸前。此二人是红花会总舵主于万亭和四当家文泰来。于万亭拿出一封信交给乾隆，是阁老浙江海宁陈世倌的遗霜临终前写的。乾隆一看，大感错愕，原来信中指雍亲王与陈阁老私交甚笃，当日熹妃诞女，陈氏同日产子，雍正命人将陈子抱进雍邸看看，谁知还出来时已是个女孩。陈世倌心知雍亲王心狠手辣，因此对调包一事不敢张声，那男孩便神不知鬼不觉地成了雍亲王儿子，也就是今天的乾隆了。雍亲王这样做是因为康熙当时正拟策立皇储，除考虑众皇子的才干外，还得看皇子的儿子，时雍亲王虽有一子，但懦弱无用，于是换来聪慧灵巧的弘历以讨康熙欢心。于万亭谓乾隆既是汉人之后，应排满复汉，还我河山。
乾隆惊闻自己有一段如此身世，非同小可，半信半疑，于万亭谓尚有证物没有带来，言之凿凿，请乾隆考虑复汉大业，说罢，与文泰来离去。乾隆求证于被囚于天牢多年的乳娘，乳娘竟然说出了相同的故事，乾隆震怒之下把乳娘赐死，他已九成相信了自己这段身世，却不知如何是好。此时原来太后已洞悉这个危机，向乾隆威逼暗示，是时乾隆登位不久，尚未稳揽大权，太后、辅政大臣和众亲王随时可以借此夺权，乾隆要保住皇位，不能向太后稍示异心，也绝不能让身世秘密公开，他愤于受到红花会威胁，于是应允太后把红花会剿灭。
乾隆这才想到雍正与皇太后二十多年来对他的隔膜原来根系于此，他不是二人所生，只是他们的政治筹码!乾隆甚是矛盾，尤其是当血缘的呼唤在他心底响起时;但是，很快他便立定了主意，哪管它是满是汉，他要做的是一个好皇帝，现在一切条件都有利他达成宏愿，历史将站在他这边，不能被红花会阻挠!后来他巡察江南，专程到海宁陈家秘密地在生父灵前跪拜上香，算是尽了人子孝道了，此后，他誓做满人皇帝，抹掉汉人身份。
可是，当他遇上胞弟陈家洛时，他的心情又变得复杂起来。陈家洛接任为红花会总舵主，乾隆对他的才能武艺早已非常欣赏，欲招为己用;然而家洛却三番四次试图以民族大义游说他、以骨肉之情打动他，请求乾隆复汉。后来，乾隆被红花会困于六和塔苦谏，最后当家洛抱着他真切地叫了一声大哥，内心孤独已久的乾隆终于被胞弟打动了。他们插血为盟，同意里应外合，克日排满复汉。
乾隆回到宫中，开始暗地进行改革，惹起太后怀疑和满室亲王们不满，乾隆如履薄冰，步步为营。最后，太后忽然向乾隆出示雍正死前立下密诏，指假如乾隆对满清有异心，即可命八旗亲王夺其军权，废帝另立新君，至此，乾隆感到自己的皇位岌岌可危...
最后，乾隆变得老练而深谋远虑，他设宴雍和殿，请红花会群雄共嚼，他早就想好了一箭双雕之计，布下天罗地网，安排好万无一失的策略，要杀尽红花会，更要消灭“八王密诏”，夺回权力。在雍和殿响起的一片厮杀声中，乾隆关上了心窗，把自己锁了在比深宫更深的孤独里。