汉武帝时期的三次“巫蛊案”使陈皇后被废，卫皇后被迫自杀，两位丞相被腰斩，太子刘据和两位公主、皇孙、皇孙女罹难，加上受牵连的人，前后超过10万人被杀，真是惨不忍睹。更严重的是造成皇室接班人突然空缺，后宫无主，朝纲失控，给汉政权带来了重大的政治危机。
第一阶段是发生在公元前130年的陈皇后“巫蛊案”。陈皇后名叫陈阿娇，是汉武帝姑姑的女儿。她母女俩对汉武帝上台有很大功劳。原来，陈阿娇的母亲长公主想把女儿嫁给当时的太子临江王刘荣，但遭到了太子之母栗姬的反对，于是长公主转而把女儿许配给时为胶东王的刘彻，并利用自己特殊的身份向景帝进谗，废掉原太子而立胶东王刘彻为太子，使其最后当上了皇帝。
陈阿娇当上皇后以后，自恃功劳很大，擅宠骄贵，专横跋扈，对武帝的行动严加管束，处处干涉。婚后十多年自己没有生育，连其他嫔妃也未留下子嗣，汉武帝忧心忡忡。有一次，汉武帝驾临平阳侯家里，看上了平阳侯家的歌女卫子夫，卫氏很快就为汉武帝生下了儿子刘据，即卫太子。卫子夫受到汉武帝的宠爱，这让陈皇后妒火中烧，三番五次地寻死觅活，威胁汉武帝。汉武帝非但不妥协，反而对陈皇后更加冷淡。陈阿娇为了保住自己皇后的位子，竟然铤而走险，指使女巫楚服等操演巫蛊之术，诅咒武帝。汉武帝发现后勃然大怒，立即将女巫楚服枭首于市，皇后也被打入冷宫。这一案件牵连被杀的有300余人。
第二次“巫蛊案”发生在公元前92年。此时，卫子夫被立为皇后、母仪天下已经30多年。随着时间的推移，卫氏家族在朝廷的势力越来越大，先后有5人封侯，像大名鼎鼎的大司马大将军卫青、大司马骠骑将军霍去病都出自卫氏家族，前者是卫皇后的弟弟，后者是卫皇后的侄子。卫皇后的姐夫公孙贺也被拜为丞相。在这样一个手握大权、盘根错节的官僚家族里，自然会滋生一些违法乱纪之徒。像丞相公孙贺的儿子公孙敬声身为太仆，就自以为是皇后的外甥，骄奢枉法，擅用军饷，后被捕入狱。正在这时，即公元前92年，出现了京师大侠朱安世扰乱京城的严重事件。汉武帝下诏书追捕朱安世，但很长时间都没有结果，汉武帝非常着急。丞相公孙贺就请求追捕朱安世，以此来替儿子赎罪。朱安世很快被捕。
事情很具戏剧性，当朱安世在狱中知道自己被捕的来龙去脉以后，立即上书告发公孙敬声与汉武帝的女儿阳石公主利用“巫蛊”诅咒汉武帝的罪行。汉武帝大怒，公孙贺父子俱死狱中，家族被诛灭，汉武帝的女儿诸邑公主、阳石公主及卫皇后侄子都牵连被杀。
经过这两次“巫蛊案”后，汉武帝更加疑神疑鬼，加之年老多病，就总是怀疑有人用“巫蛊”之术来暗害他。说来也凑巧，有一天他睡午觉，做了一个噩梦，梦见几千个木头人拿着木杖捶打他。醒后他惊魂不定，神思恍惚。这事被奸臣江充知道了，就利用汉武帝的迷信心理，煽动制造更大的“巫蛊”冤案，以此达到消灭异己的目的。这就导致了最为悲惨的第三次“巫蛊案”。
江充是赵国邯郸人，官虽不大但深得武帝信任。他与太子刘据有过一段过节。有一次，卫太子家臣乘车马行走在只有皇帝才能行走的驰道上，被江充发现后送有关部门惩办，尽管卫太子多次求情，但江充仍毫不留情，从此两人结下了怨仇。丞相公孙贺因“巫蛊案”被杀后，汉武帝病重，江充怕汉武帝去世以后卫太子即位，自己会被太子诛杀，便想先下手为强。江充上书汉武帝，说他病重是巫蛊作祟，汉武帝便责成江充查办“巫蛊案”。江充借机大兴严刑逼供，使人互相诬告，因“巫蛊”罪而死的前后有数万人之多。之后，江充又千方百计把“巫蛊”的祸水引向太子，他对汉武帝说皇宫中有益气。汉武帝命人从自己的御座底下开始“掘地求蛊”，然后又挖皇宫，再挖皇后的居所，最后挖太子宫，以致“掘地纵横，太子、皇后无复施床处”。这样深挖细找的结果当然是找到了用于诅咒的桐木人，而这些当然都是江充为诬陷政敌而预先让胡巫埋设好的。
一时间整个朝廷被江充搞得乌烟瘴气，人人自危，政权几被倾覆。当时，汉武帝在甘泉宫养病，皇后、太子都不能与之见面，江充的种种胡作非为也无法向汉武帝奏明。在忍无可忍的情况下，太子与母亲卫皇后商量，于公元前91年7月壬午，假传皇帝诏书，发兵捕斩江充，烧杀胡巫。汉武帝以为太子谋反，大为震怒，遂命人率兵镇压。这次“巫蛊之乱”，导致汉武帝父子骨肉相残，卫皇后自杀，卫太子刘据、太子妃史良娣、皇孙刘进及其妃王夫人，以及其他皇孙、皇孙女都罹难，连刚出生数月的皇曾孙也被投进监狱。
直到这时，汉武帝才醒悟到他一手导演的“巫蛊”闹剧既荒唐可笑，又后果十分严重。他在一次谈话中深深忏悔自己：“所为狂悖，使天下愁苦，不可追悔。”并为太子平反，诛灭江充家族，继而做“思子宫”，寄托对儿子的哀思，又在太子蒙难处筑“归来望思台”。汉武帝在望思台上想到自己的儿子和其他亲人几乎全部因为自己的狂悖而一一惨死，只留下自己孑然一身，成了真正的孤家寡人，不禁老泪纵横。4年后，汉武帝在一片凄风苦雨中黯然辞世。