东林党争是指明末东林党与阉党以及其他派别之间的斗争，“言事者益裁量执政，执政日与枝柱，水火薄射，讫于明亡。”东林党是明末以江南士人为主的政治集团。在东林党之外，还有浙党、齐党、楚党、昆党、宣党等，东林党争几乎是东林党与全国朋党集团之争。
什么是东林党？
从万历时代的国本之争、明末三案、京察之争，就有东林党争的影子。万历三十二年(1604年)，吏部郎中顾宪成因为得罪了皇帝而被革职，他与高攀龙、钱一本等在家乡无锡东林书院讲课，“讲习之余，往往讽议朝政，裁量人物”，常常和东林书院中人谈论朝政得失，他们渐渐形成了一个在野集团，被称为“东林党”，《明史·孙丕扬传》说：“南北言官群击李三才、王元翰，连及里居顾宪成，谓之‘东林党’。”;他们主张开放言路、实行改良时政等意见，得到广泛支持，同时遭到朝臣、宦官的激烈反对。同时期的浙江宁波人沈一贯纠集在京的浙江籍官僚，结成东林党的反对派，被称作“浙党”，以官应震、吴亮嗣为主的楚党，和山东的齐党皆依附于浙党，合称“齐楚浙党”，其它以地缘关系结成的党派还有宣党和昆党。宣党、昆党、楚党、齐党、浙党与东林党人相互攻击，“东林党争”绵延数十年，几无宁日。《王学质疑》提要说：“夫明之亡，亡于门户;门户始于朋党;朋党始于讲学。”夏允彝《幸存录》在“门户大略”说：“自万历以前，未有党名，及四明(沈一贯)为相，以才自许，不为人下，而一时贤者如顾宪成、孙丕扬、邹元标、赵南星之流，蹇谔自负，每相持。附四明者，言路亦有人。而宪成讲学于东林，名流咸乐于趋之，此东林、浙党所白始也。”《弘光朝伪东宫伪后及党祸纪略》亦载：“党祸始于万历间，浙人沈一贯为相，擅权自恣，多置私人于要路;而一时贤者如顾宪成、高攀龙、孙丕扬、邹元标、赵南星之属，气节自许，每与政府相持。而高、顾讲学于东林，名流咸乐附之，此东林党祸所自始也。”
党争起源
万历二十一年(1593年)三月由吏部尚书孙鑨、左都御史李世达和考功司郎中赵南星主持的癸巳京察，臣僚乘机徇私毁誉，结援同党，有大批的大臣被罢免，吏部文选郎吕胤昌、给事中王三余，均被斥黜，引起轩然大波。事后言官又劾论吏部稽勋司员外郎虞淳熙、兵部职方郎中杨于庭、主事袁黄。
万历三十三年(1605年)东林党人杨时乔与左都御史温纯主持乙巳京察，距癸巳已十二年，期间爆发了“伪楚王案”，形成沈一贯与沈鲤两大集团的斗争，沈鲤借机贬谪浙党官员给事中钱梦皋、钟兆斗及御史张似渠、于永清，沈一贯则称病闭门家居，最后内阁只剩朱赓一人，叶向高曾说“廊庙空虚一也;上下否隔二也;士大夫好胜喜争，三也;多藏厚积必有悖出之衅四也;凤声气习日趋日下莫可挽回，五也”。
万历三十九年(1611年)辛亥京察，由年届八十的吏部尚书孙丕扬主持，徐绍吉、周永春等策划倾覆东林，被吏部右御郎王图制止。这时期朝廷的党争形成南党和北党之争，互相攻击，京畿道御史徐兆魁说：“东林所至，倾动一时，能使南北交攻，角胜党附”。 日后阁部大臣，长久缺员，万历帝亦置之不理，《资治通鉴三编发明》说：“楚宗事至是几十年矣，而廷臣犹以世卿右王之故，相继论劾，借端攻击，报复相寻，朝事已不可问”。叶向高先后上疏百余次，力陈：“今自阁臣至九卿台省，曹署皆空，南都九卿亦只存其二”，“陛下万事不理，以为天下长如此，臣恐祸端一发不可收也”。吏部尚书孙丕扬曾推荐沈鲤、郭正域、顾宪成、赵南星、高攀龙等，神宗一概不理。
顾宪成
万历四十五年(1617年)浙党吏部尚书郑继之主持丁巳京察，是神宗朝最后一次京察，齐(亓诗教、周永春)、楚(官应震、吴亮嗣)、浙(姚允文、刘廷元)三党大肆斥逐东林党人。至此朋党之争，愈演愈烈。
泰昌元年(1620年)的移宫案中，杨涟、左光斗等东林党人拥立太子朱由校继位有功，赵南星、高攀龙、顾大章、夏嘉遇、周宗建等重新启用。1623年(天启三年)东林党人主京察，又逐齐楚浙党，明末考核京官的制度成为党争的工具。明末国子祭酒倪元璐说：“其始天子静摄，听臣工群类之自战而不为之理，所谓鼠斗穴中，将勇者胜耳。故其时其血玄黄，时胜时败”
天启三年(1623年)京察，赵南星掌吏部，力斥浙党、齐党、宣党等三党官员亓诗教、赵兴邦、官应震、吴亮嗣等“先朝结党乱政”，议当罢黜。
东林党狱
明熹宗时，政治极度腐败，太监魏忠贤独揽大权，自称“九千九百岁”;实行血腥镇压，他控制卫厂特务机构，爪牙遍及各地，随意杀人，施行刑罚。他又拆毁全国书院，许多东林人物被迫害致死，朝野忠良尽去，还殃及边防将帅，如熊廷弼、袁崇焕等。明思宗继位后，对东林党的迫害才告停止，东林党在崇祯初年暂时抬头，但明思宗又说：“朕御极之初，撤还内镇，举天下大事悉以委大小臣工，比者多营私图，罔恤民艰，廉谨者又迂疏无通。”在处斩袁崇焕后，东林党的声势又告衰落，皇帝最后只能信任宦官，阉党势力复起。
东林诸人，多数是知直不知曲的君子，对个人声名之看重甚于国家利益，争意气而不争是非，君臣之间尤喜意气用事，明万历朱翊钧则因为立储一事与大臣反复较量，最终虽屈服于众意，竟置江山社稷于不顾，深居后宫不问国事达三十年之久。黄宗羲《明儒学案》说：“天下君子以清议归于东林，庙堂亦有畏忌。”“东林中亦多败类，及攻东林者，亦间有清操之人。”“方东林势盛，罗天下清流，士有落然自异者，诟谇随之矣。”凡不合东林人士法眼者，就被视为小人，齐楚浙党不一定服气魏党，但一时走投无路，大多投靠魏忠贤门下。魏忠贤的助手魏广微之父魏允贞生前和赵南星、顾宪成是好友。魏广微当了大学士后，以子侄辈的礼数三次登门拜访，赵南星硬是闭门不纳，逢人便说“见泉无子”，魏广微深恨不已，怂恿魏忠贤残酷镇压东林党人。高阳批评赵南星“正气可敬，却微嫌刚愎，行事直道而行，不说后果，因而把一些游离分子都逼到阉党那面”。美国学者贺凯(Charles O.Hucker)在《明末的东林运动》一文说：“明末东林运动的失败，代表传统儒家价值观念与现实恶劣政治势力斗争的一个典型，他们是一支重整道德的十字军，但不是一个改革政治的士大夫团体。”
南明时期
东林党与阉党之争，一直延续到南明时期;阮大铖打击东林党人向来不遗余力，本来阮大铖和东林诸君子关系不错，但受到赵南星的打压，最后干脆倒向阉党。当时史可法与东林党人力主拥立潞王，史可法写信给马士英说明福王“七不可立”，马士英却抢先拥立福王。史可法在东林党与阉党之间两难。《桃花扇》记载阮大铖刻意逢迎复社的吴应箕、沈昆铜、沈眉生等人，结果反被责打一顿，后来阮成为南明重臣，立刻展开报复行动。
永历朝又有所谓吴楚党争，是瞿式耜与广东军阀李成栋、广西军阀庆国公陈邦博之间的斗争，楚党的幕后人物为瞿式耜和李元胤、袁彭年、丁时魁、蒙正发。吴党有堵胤锡、陈邦傅、王化澄、朱天麟。堵胤锡等人主张联合原大顺军和大西军。何腾蛟、瞿式耜则排斥农民军。吴、楚党争使得南明与大顺军、大西军的战力始终无法整合，最后亡于清军之手。
南北党争
甚至是到了清初都还有明末党争的阴影，如顺治时期冯诠与陈名夏的北党与南党之争，冯诠原是依附魏忠贤的阉党，而陈名夏是东林党之后。清初大量引用明朝旧宦，明末党争的弊端在清初政局立即反映，顺治二年(1645年)七月，浙江御史吴达上疏弹劾阉党余孽冯铨及其党羽孙之獬等，给事中许作梅、庄宪祖等纷纷上疏支持吴达。多尔衮最初未表态，终于决定支持冯铨一派，公开申斥龚鼎孳，并将李森先革职。孙之獬也被革职，永不叙用。
康熙时，党争与满族权贵内部矛盾纠缠在一起，康熙时期的朋党主要有鳌拜党、明珠党、索额图党、皇子党等。康熙帝深知党争之害，但鉴于满汉之间的矛盾，却也不加以整顿，他与满人贵族谈话总称汉人官员为“蛮子”，甚至骂道：“蛮子那有一个好人!”