西汉末年，由于王莽篡位，汉朝政府内部争权夺势，无暇西顾。匈奴单于一见有机可乘，便重新迫使西域各国接受他的残暴统治。西域各国人民忍受不了匈奴人的残酷剥削和迫害，都纷纷派出使节要求东汉政府出兵前去保护，东汉政府在西域各国人民的多次要求下，又考虑为确保这条西去商路的畅通，于公元七十三年，派人前往恢复了西汉时候的都护制度。耿恭就是这次被派到西域来的东汉政府的一名官员。
耿恭来到西域以后，担任了西域都护府里的戊已校尉，负责屯田戍边驻守在车师后王庭的金满城，也就是今天的吉木萨尔一带。当时校尉的官衔仅次于将军，可是耿恭并不以此为骄傲。他为人慷慨远谋，很有将帅的才能，常常和士兵在一起，同当地居民也相处得很好。
他到任不久，就发出公文和乌孙国联系，并且通过书信宣扬了东汉政府的德威。乌孙国王和他的大臣们见到公文和书信以后，都非常高兴。于是，乌孙国王立即决定派使臣带着名贵的礼物——乌孙马到汉朝去进贡，同时还表示愿意派太子到汉朝政府去服务。耿恭听到这个消息，就派人带着汉朝政府赏赐给乌孙国的金银绸缎前去迎接。从此，又断绝了乌孙又断绝了和匈奴的关系，恢复了乌孙和汉朝的友好往来。到了第二年的春天，匈奴右谷鹿蠡王率领两万多骑兵来攻打车师，耿恭派遣他的司马带领三百人前去援救，还没等走到地方就被匈奴骑兵给打败了。匈奴人攻下了车师后王城，杀死了车师后国国王安得,接着又攻打金满城。
当时，驻守在金满城的耿恭知道寡不敌众，便想出了一条退兵妙计，他一面扬言，说汉朝军队有一种神箭，无论谁只要中了此箭就无法被救活，一面让守城的士兵把毒药涂在箭头上，等匈奴人来攻城的时候，用强弓发射出去。
果然，匈奴人中箭后个个伤口溃烂，不能医治。弄得匈奴士卒惊恐，将帅不安。恰巧，正在这个时侯，天气突然骤变，下起倾盆大雨来，搅得天昏地暗。耿恭一看机会到了，就带领全部守城人马冲击出去，杀声混合着风雨雷鸣，弄得匈奴人不知虚实，吓得怆慌逃窜。从此匈奴人就传开了：“汉朝神兵，真厉害呀!”等到匈奴的骑兵逃远了，耿恭一想，金满城的地理条件不好，守起来太困难。于是就带领军队转移到疏勒城去驻守。疏勒城离金满城很近，依山傍水，城外有一条从山涧流下来的小溪流经城下，可供城里的人饮用，也便于长期驻守。
耿恭进驻疏勒城之后，就积极招募勇士进行训练。到了夏天，匈奴人又来攻打疏勒城，耿恭率领好几千名勇士骑着壮马，飞快地直向匈奴骑兵队伍冲去，由于匈奴人毫无戒备，遭到意外袭击，弄得兵慌马乱，摆不成阵式，只好败走。匈奴人见硬打不行，便改换办法，采取长期围困。他们一面堵塞河流，断绝城内水源，一面派兵把疏勒城四面团团围住。
耿恭一看，城里断了水，渴得人困马乏，走路都没有精神，决定动员城里居民和士卒一起日夜苦战，就地挖井，一连挖了好几天，有的井挖到十五丈深还不见水，耿恭心里十十分着急。他情不自禁门地想起大将军李广在大宛拔剑刺山，泉水喷涌的情景。看看自己眼前的处境，真有说不山的慨叹。正在此时，一阵欢呼声惊破了他的出神。他三步并做两步地走过去—看，原来是井里出水了。他兴奋地赶忙命令士兵提着水桶到城上去，向城外泼水给匈奴人看。匈奴人一见城里有那么多水，甚是惊奇，以为有神仙相助，觉得再围困下去也没有用，就主动撤兵了。过了—段时间，匈奴人又发动了一次全面进攻。当时都护府被敌人占领，都护队陈睦遇害，驻守在各城的兄弟军队也都被围困起来。
耿恭在这种孤军无援助的情况下，又和强大的敌军展开了—场搏斗。开始，车师后王庭国王的夫人，她常常暗地里派人把匈奴军队的情况告诉耿恭，并且还偷偷地运送粮食援助耿恭;后来，由于匈奴人防范得太严，就断绝了联系。粮食吃光了，士兵们只好把弓上的皮条和腰间的皮带解下来煮着吃。耿恭和士兵们在一起同甘共苦，发誓和全城百姓共存亡。匈奴单于得知城里没粮，就派使臣前来劝降，说什么只要耿恭率部归顺匈奴，就封他为白屋王，并赏赐美女若干。这些都遭到了耿恭的的严厉痛斥，匈奴右谷鹿王恼羞成怒，调来更多的军队加紧攻城。城里的百姓和士兵看到耿恭如此坚守城池的决心，十分敬佩，颇受感动。于是个个奋勇当先，大家齐心协力，一直坚守到汉朝救兵来到的那一天。耿恭这种爱国爱民的奋不顾身的精神是可歌可泣的。后来，新疆各族人民还为他修建了耿恭台，以示纪念。