被孙中山先生誉为“反清第一人”的农民领袖洪秀全在发动推翻清朝统治的农民起义后，率领太平军一路势如破竹，粉碎清军的围追堵截，于1853年3月19日打到南京，击溃清军，冲进南京城，直扑两江总督衙门，杀死了两江总督陆建瀛，占领了南京。洪秀全乘坐黄轿进入南京城时，受到南京市民的热烈欢迎。3月29日，洪秀全将南京定为太平天国的首都，改名为“天京”。
太平天国为何没有乘胜追击，向北进攻，直捣北京抑或定都中原，而是在南京驻足扎根呢?
当时太平军取得中国的半壁江山后，是继续北上占领中原地区，还是直捣北京，或者在南京定都，在太平天国的主要领袖中是存在分歧的。坚持建都南京的是杨秀清和李秀成。杨秀清在全州时，“已有窥窜江宁之计”(江宁即南京)，当出广西入湖南时，太平军中有些人产生了回老家的念头，他力排众议称：“今日上策，莫如舍粤不顾，直前冲去，循江而东，略城堡，舍要害，专意金陵(金陵即南京)，据为根本，然后遣将四出，分拢南北，即不成事，黄河以南，我可有已……”入武昌后，杨秀清“觊觎江浙财富之区，欲由长江迳取江宁为巢穴，争论不绝。秀清遂托天父下凡令直犯江南”。
太平天国史料中李秀成的供状写道：“攻破南京之时，水面舟只万余，各尽载满粮食，此时天王与东王尚欲分兵镇守江南，欲取河南为业。后有一老年水手，大声扬言，亲禀东王，不可往河南，云‘河南水小而无粮，敌困不能解救。今得江南，有长江之险，又有舟只万千，南京乃帝王之家，城高池深，民富足余，尚不立都，而往河南也’‘河南虽系中州之地，只称稳险，其实不及江南，请东王思之’。”
洪秀全在进入湖南时尚且表示赞同杨秀清“专意金陵”的主张，进入武昌后，却在去河南还是下金陵的问题上开始动摇。此时，一个江浙名士力荐洪秀全定都南京，《太平天国史实日志》上写道：“钱江，浙江人也，素负胆略，博学多才，林则徐总督两粤时，在幕府甚见器重，后林则徐被贬，他也失意回原籍。适闻洪氏倡议，已破武汉，乃投袂而起，不远千里赴见之，劝洪秀全舍西而东，上书论天下大势，共数千言。其书力言两川不足图……不若取金陵心腹之地，建为京都……秀全览而悦之，即遵其计而行。”从这段史料中可以看出，浙江人钱江对太平天国定都南京起了关键作用。
反对建都南京的是卞三娘和罗大纲。据太平天国史料记载，广西籍女将卞三娘向洪秀全献计：“由襄樊一路直取河南，进据中原心腹。”杨秀清否决了她的意见后，“卞三娘因其言不用，率领女兵自回广西，不知所终”。殿左一指挥罗大纲“欲图北必先定河南，大驾驻河南，军乃渡河。否则先定南九省，无内顾忧，然后三路出师，秀清方专权，不纳;以大纲志怯，乃命伪丞相林凤祥、李开芳率兵五万北犯”。
当卞三娘、罗大纲等人的意见被杨秀清用天父下凡的强制手段压制后，接着由41人从不同角度来论证建都南京的必要性和正确性，形成了11篇《建天京于金陵论》。《建天京于金陵论》对建都金陵的道理作了充分阐述：从地理形势看，南京“地连三楚，势控两江，群山屏围，长江襟带”“雄踞东南，俯视西北”“钟阜有龙蟠之象，石城有虎踞之形”“出可以战，处可以守”;从政治上看，南京是“王气所钟”“天下名邦”“雄踞东南，足以壮天威成王业”;从经济上看，南京“五方杂处，百货骈臻，物产丰盈”“楚尾吴头，民物浩繁”“财货所聚，户口常充”“湖北，河南皆有水患，惟金陵地势崇隆，民情富厚，且天下粮食尽出于南方，如江西，安徽等省，顺流而下，运粮亦甚便易”;从人才看，金陵乃“士林渊薮”之地。
太平天国建都南京的消息一传开，立即引发了中外各方的震惊，英国驻香港总督兼驻华全权代表濮亨说：“如南京陷落一成事实，中国政府将受到自变动以来所未曾有之严重打击。所以者何?中国故都之地位，以及其在历史上之关系，在中国人心中如何重要，始置勿论;即以地势言，南京城在扬子江岸，大而且要，居帝国之中央，接近运河，实是阻碍一切交通，切断米粮运往北京之路;今竟被强有力的大队武装叛徒所占据，此事诚未可忽视，尤不应随意加以掩饰。”与此同时，清政府也非常害怕太平天国在南京建都，在朝廷中“遏绝各省解京粮道，粮道不通，京师震动”的言论不绝于耳。
在当时的条件下，太平军出广西，经两湖，打一路失一路，迫切需要找一个合适的根据地，整休部队，建立政权，规划全局。建都南京可以说是一个最佳方案，南京在政治、军事、经济等方面具有独特优势，有利于太平天国的存在和发展。当时的东南地区，清朝统治力量比较薄弱，在太平军东下时，两江总督仅率领5000人作了抵挡，名为抵挡，实为做样子给朝廷当局看看而已，而其他地区并无重兵把守;此外，东南地区物产丰盈，在保证给养上较其他地区优越;取水路下金陵，顺江而下，仅需一个月，能避免敌军的围剿堵截，随员家眷和辎重又不会成为行军的包袱，比陆路取河南入四川更为有利。
至于太平天国的首都为何叫做“天京”，则是遵循太平天国自有的神学体系而定的，太平天国的最高领袖叫天王，故它的首都就叫“天京”。从此，太平天国在两江总督府废墟上建起的宫殿中与清政府分庭抗礼长达11年。