李自成遇难湖北通山县九宫山，在前几年召开的全国李自成学术讨论会上就已被专家们所确认。但是，李自成究竟是怎样死的，却一直有争论。《明史·李自成传》也无法搞清其殉难经过。近年来，李自成殉难经过有以下几种说法：
自缢说
自缢者自尽也，自己上吊而死。其根据是清军统帅阿济格向朝廷的奏报，奏报中说：“……自成窜走时，携随身步卒仅二十人，为村民所困，不得脱，遂自缢死。”但是后人认为，李自成久经沙场，果敢坚强，绝无自杀之可能。而且阿济格的说法，并非亲眼所见，故真实性甚低。
战死说
《通山县志》中的记载为：“九伯聚众杀贼首于小源口”;而《程氏宗谱》却是这样记载的：“剿闯贼李延于牛迹岭下”;没有一个地方明确指出，程九伯的确杀死了李自成，而只是说杀死了李延。那么李延又究竟是谁?李延和李自成又可能是什么关系?他们会不会是同一个人呢?然而，在查阅了《米脂县志》《延安府志》等李自成家乡的史料后，发现记载李自成乳名和名字说法很多，却唯独没有延字。
误死说
误死即误伤致死。清初吴伟业《绥寇纪略》中说：李自成率二十骑到九宫山，他让将士留在山下，自己上山拜谒元帝庙。当地村民“疑以为劫盗”，在李自成跪拜元帝像时，被村民在身后用荷锸击伤头部，李自成当即昏倒“不能起”。这时村民一拥而上，“碎其首”而亡。村民搜其钱物时，发现“金印”，方知道杀错了人，“大骇，从山后逃去”。
搏斗死说
康熙年间费密撰写的《荒书》中说：“李自成率十八骑，由通山过九宫山岭”时，山民“闻有贼至，群登山击石，将十八骑打败。”李自成一人和山民程九伯赤手搏斗，程九伯不是对手，被李自成摔倒在地，并骑在程九伯身上，“抽刀欲杀之”。但刀被血渍又渗人泥浆;一时没拔出。正在这时，程九伯外甥金某，从背后以铲猛击李自成头部，即刻而亡。
夹山寺禅隐说
观点：1981年，湖南石门夹山寺发现一座古墓，考古人员发现墓主人奉天玉和尚违背僧规，按俗礼下葬，而葬俗又与本地葬俗不同，最后通过种种物证认为奉天玉和尚很可能便是李自成。但疑点十分明显：在奉天玉夹山出家的历史中，奉天玉和尚与当地官员交往密切，而李自成“陕北口音，四十岁多一点，一只眼睛瞎了”的相貌特征相当明显，很容易暴露身份，这显然与他的身份有些不符。
青城归隐说
李自成亲族提出的观点：在青城镇苇茨湾村李文生家发现了一本抄修于康熙三年(1664年)的《李氏家谱》。经过考察研究，得出全新结论，李自成兵败后，化装为和尚投靠其在榆中青城的叔父李斌，晚年的李自成就生活在附近的深山大沟里，并葬于龙头堡子山下