现今我们总将寺和庙二字合起来用，但是古时候这两个字代表的含义可是大不相同。
“寺”在古代是专指皇帝的行政机构的。如大理寺在中国古代是掌管审谳平反刑狱的官署。最早是从北齐开始设立，以后历代王朝都延用其制，直至清朝。大理寺的主要职责是专门审核天下刑名，凡罪有出入者，依律照驳；事有冤枉者，推情详明，务必刑归有罪，不陷无辜。它与刑部、都察院合称三法司，刑部受天下刑名，都察院纠察，大理寺驳正。
“庙”在古代是祭祀祖先的地方，帝王的宗庙叫“太庙”，诸侯贵族的叫“家庙”。《礼记》中说：“天子七庙，卿五庙，大夫三庙，士一庙。”“庙”，在古代是祭祀祖先的地方，帝王的宗庙叫“太庙”，诸侯贵族的叫“家庙”。其实“太庙”最初并不叫“太庙”， 在夏朝时叫“世室”，殷商时叫“重屋”，周叫“明堂”，秦汉时才被称为“太庙”。
等到了东汉时期，佛教文化东传，佛教在中原的落脚之地就叫做“某某寺”，如洛阳的白马寺就成为中国的第一座佛寺。白马寺是当时朝廷直属的行政机构。它的目的就是翻译经典，再一个就是指导大众共同修行。隋唐以后，寺作为官署的称谓越来越少，而逐渐演变为中国佛教建筑的专用名词。
“庙”在后来演变成为中国古代烈士，英杰，古人为他们建立庙宇，如孔庙、武侯庙、关帝庙、岳王庙、龙王庙、孟姜女庙、屈原庙、妈祖庙、山神庙、土地庙、城隍庙等等。我们没有听说供关帝的叫“关帝寺”的。因为功能不一样，所以称谓也就不一样。
现如今可以这么说寺供奉的是佛教神佛，庙供奉的是中国神灵，在本质上是有差别的。