顺治十八年正月，顺治帝很不幸，本来他就身体脆弱，骨瘦如柴，偏偏又染上了可怕的天花。他自知抵不过这场灾难，于是，他开始安排后事。临死之前，顺治帝做了三件事。一是圆梦。顺治帝最大的憾事就是出家未成，原因就是自己的母后极力反对。眼看自己将不久于人世，顺治帝决心圆了这个梦。于是，在顺治十八年正月初二日，他去世前5天，顺治帝安排自己的宠监吴良辅代替皇帝出家，并亲眼看着给吴良辅剃发。
二是安排火化师。顺治年间，清朝入关不久，还很盛行火化制度。尤其是顺治帝宠信佛教，他就更希望去世之后，要火化掉自己的尸体。所以，顺治帝眼看自己即将大行，便早早安排火化师。他首先想到的就是由茆溪森和尚来主持火化。顺治帝之所以希望茆溪森来火化自己，是因为当年董鄂妃的尸体，就是由他来火化的。而且，自己最想出家的时候，就是茆溪森和尚给剃的发。茆溪森当时在杭州，接到顺治帝遗旨后，马上进京。三是命人写遗嘱。这本是一件很正常的事情，可是，顺治帝的遗嘱却不同寻常。首先，写遗嘱的人很特别。这个人不是满臣而是汉臣，而且，这个人的级别不高，仅仅是一位正三品的文官，这个人就是王熙。其次，这个遗诏不是歌功颂德之作，却是一个典型的“罪己诏”，是几千年来罕见的。再次，遗诏被人神秘篡改。究竟是谁篡改了顺治帝遗诏?经过专家分析，应该是他的母后孝庄文皇后，她出于自己的目的，篡改了顺治遗诏。
孝庄作为顺治帝的母亲，眼看儿子病势日重，十分着急。她也做了三件事：一是召集御医紧急拿出良策，可是没有好办法，因为，那个时候，天花还是要靠患者自身的免疫力，没有良药可治;二是传谕民间。要求老百姓“毋炒豆，毋燃灯，毋泼水”。三是大赦天下。把那些关在监狱中的犯人释放，为顺治帝积功德，感动上苍。
但是，不管怎么努力，顺治帝还是在十八年的正月初七日龙驭上宾，享年24岁，是一个短命天子。顺治一咽气，居然有两个人自愿为之殉葬。一个是他的妃子：贞妃。其实，顺治帝并不喜欢她，因而，她也没有生育，默默无闻了一辈子，也没有什么封号。她自愿殉葬，应该是一时急火攻心所致。另一个是顺治帝的贴身侍卫傅达理，傅达理以身殉主后，朝廷特准他葬在东陵。
顺治帝去世后，清廷为他举办了隆重的丧礼。在景山火化了顺治帝尸体。这天，王宫百官齐聚景山，孝庄文皇后一身黑色素服，悲哀至极。白发人送黑发人，心情可想而知。按照顺治帝的生前安排，茆溪森早早赶到景山，准备为顺治帝举火烧棺材。一堆很高大的干柴早已准备好，当茆溪森举起火把，开始烧棺材的时候，顿时哭声震天。孝庄文皇后放声大哭，王宫百官、朝廷命妇也都大放悲声。
这时，火光冲天，并且，发出乒乒乓乓的爆豆一样的声音，那是棺材之内珍珠发出的响声。还有，人们看到顺治帝棺材在燃烧时，发出五彩光芒。为什么会发出五彩光芒呢?有人分析，应该是棺材里面的各种珍宝遇火后，燃烧发出的奇异光芒。顺治帝棺材之中的大量价值连城的珍宝，就这样和他的尸体一样被付之一炬。