清廷入关后需要对付农民军和南明流亡朝廷，而吸纳了一部分明朝降兵降将作为打手。当然，这也为之后的三藩之乱埋下了祸根。清康熙十二年，康熙皇帝作出撤藩的决定。吴三桂于同年11月在云南起兵，提出“兴明讨虏”的口号。之后，他自云、贵北上，几乎占领湖南全境，进而占据四川。顿时，福建、广东、广西、陕西、湖北等地都有人相应。
相反吴三桂的对手，满清的军队经历了20余年的和平，早已失去了往日勇猛征战的能力。可是令人不解的是，面对一片形式大好的吴三桂却一步步的走向了灭亡。这是为什么呢?
首先是战略失误。按照中国“四角四边一中原”的地形战略划分，湖南的地理战略意义远不及湖北重要。如果占领湖北，再顺水东下，清廷的财赋重地江南地区就成了吴三桂囊中之物。这也是南朝数代屡屡受到荆襄之地威胁的原因。可是他仅占领湖南后，就沿江布防，不敢再向北进。恰巧康熙看出了布防破绽，立即调整部署，将叛军牢牢钉死在湖南境内。虽然吴三桂的战术能力十分高超，却一直无法打开局面。
其次是联盟松散。吴三桂是反清的中坚力量。此外还有耿精忠、尚之信、台湾郑经等人的加盟。但这些人很多是首鼠两端，只想趁势捞取好处。清廷看出其中的奥妙，便采取边打边拉，分化对手的策略，逐一削弱叛乱实力。
其中典型的像郑经之流，毫无远见，将个人得失看得比什么都重要。当清廷受到察哈尔王威胁，将最后的家底全派出去抵抗时，吴三桂希望他能发挥水军的优势，从海路奇袭辽东地区。当时辽东地区守备相当空虚，又是清廷重地，一旦失守，清廷即使不灭，也会四分五裂。可是郑经完全无视此建议，而不断发兵进攻盟友尚之信，希望夺取福建之地。结果呢?尚之信倒戈投清，而他不仅没有得到福建，还受到重创，无奈退出大陆。
此外，吴三桂也是有私心的。康熙下诏撤藩前，他就有割据云贵的想法。起事反清后一直没有称帝，但他在形势最不利时终于撕下了伪装已久的面具，开国称帝。当然此举也只是满足一下个人虚荣心而已。
吴三桂去世后，有人提出抢占湖北，一路人马直逼中原，一路顺流而下夺取江南。如果此举成功，即使不能灭掉满清，也能划江与其抗衡。此次是当时最后的救命稻草，可惜众将士仅关系自己那点一亩三分地，无人理睬未来天下如何。所以吴氏集团走向覆灭也只是时间的问题。