在辛亥之际的历史转型中，黄兴是孙中山的最佳配角，他是一个具有强烈配角意识的历史人物，从未想要取代孙中山。虽然他有这样的机会，也有这样的威望与实力。但他认为革命“不能有丝毫私意、私见、私利、私图”，当有人请求他取代孙中山时，黄兴却决然表示，“革命为党众生死问题，而非个人名位问题，孙总理德高望重，诸君如求革命得有成功，乞勿误会，而倾心拥护，且免陷兴于不义。”
但就是这一对亲密战友，在辛亥革命前却差点关系破裂。事情缘于为选用民国国旗而起争执。
1905年7月，黄兴在日本结识孙中山，并和孙中山共同组建了中国同盟会。据《章太炎自定年谱》和冯自由《革命逸史》(初集)记载，1906年，同盟会集会研究革命方略，并讨论日后所用的中华民国国旗。孙中山主张用他的乡贤、已牺牲的战友陆皓东设计的青天白日旗。但黄兴却对此持反对意见，他觉得青天白日旗设计不美，而且和日本太阳旗又相近似。孙中山于是稍稍作了让步，提出旗子可改作红蓝白三色，这样既符合自由、平等、博爱的真义，又增添美观。不料黄兴还是不予接受。甚至大怒，誓言要脱离同盟会。这是辛亥革命以前孙、黄最大的一次分歧。
顾全大局———这是黄兴身上一个突出的亮点，也是他鲜明的革命性的体现。这一点，在他兢兢业业辅助孙中山从事革命事业上，尤为明显。对此，我们只要将历史上两次“倒孙”事件重新梳理一下，便可知晓。
第一次“倒孙”事件发生于1907年3月4日，当时章太炎、张继、陶成章等人就潮州、惠州等地起义失败和孙中山分配赠款一事，要求罢免孙中山同盟会总理职务，改选黄兴为总理。
黄兴则决然表示，“革命为党众生死问题，而非个人名位问题，孙总理德高望重，诸君如求革命得有成功，乞勿误会，而倾心拥护，且免陷兴于不义。”
不要陷我黄兴于不义——一个“义”字，就像一面高高飘扬的友善的旗帜，拂去了一片甚嚣尘上的“倒孙”聒噪。
第二次“倒孙”事件发生在1909年秋天，同盟会会员陶成章和李燮和等人代表七省同志在南洋起草了所谓的《孙文罪状》，要求开会改选同盟会总理。黄兴竭力抵制，还写信为孙中山辩诬，并亲临南洋平息那里的反孙情绪。黄兴又一次举起了友善的旗帜，来化解同志间的矛盾。黄兴逝世后，章太炎书挽联曰：“无公(黄兴)则无民国;有史必有斯人”。
对此，黄兴本人说得很透彻：“太平天国起初节节胜利，发展很快，但因几个领袖互争权利，终至失败。我们要引为鉴戒。肯自我牺牲的人才能从事革命。革命同志最要紧的是团结一致，才有力量打击敌人。要团结一致，就必须不计较个人的权利，互相推让。”
黄兴的历史地位被降低，有学者认为，主要缘于1913年讨伐袁世凯的“二次革命”失败后，他与孙中山之间的激烈争论。1913年3月20日，国民党代理理事长宋教仁在上海被袁世凯指使的刺客暗杀。黄兴主张依靠法律解决“宋案”，孙中山则主张依靠武力，二人各不退让。不久，“二次革命”迅速失败，大部分骨干亡命日本。孙中山在总结失败原因时，强调了革命党人的主观因素：一是不服从，二是不统一，尤其是“不肯服从一个领袖的命令”，着重提到了黄兴。在日本，黄兴去见孙中山，遭到痛骂。两人关系出现裂痕。之后，他们又在建党问题上意见相反，争论激烈。据说，当时二人感情激昂，“时声高惊四壁”。晚餐后又激烈争论，“深夜未尽，不欢而散”。而在此过程中，同为孙中山左膀右臂的辛亥革命早期革命家陈其美，毫无保留地站在孙中山一边，黄兴被孤立。1914年6月，黄兴致函孙中山，作最后“忠告”，孙中山则复函，劝其“静养两年”。1914年，黄兴离日旅居美国。袁世凯死后，他于1916年7月回到上海，同孙中山恢复了往日的亲密，但却于10月31日在上海病逝，享年42岁。