经过考成法的实施，爱挑毛病提意见的监察干部——给事中御史这类言官已被内阁控制，他们不发一声。可按倒葫芦起了瓢，冒出两位翰林词臣和两位刑部官员上疏弹劾张居正。他们是：翰林院编修吴中行(字子道，南直隶武进人)、检讨赵用贤(字汝师，南直隶常熟人)、刑部员外郎艾穆(字和父，湖广平江人)、主事沈思孝(字纯父，浙江嘉兴人)。这四人中，吴中行、赵用贤是张居正任主考官的门生，艾穆是张居正的同乡(当时湖南湖北还没有分省，都属于湖广)。这简直是在张居正伤口上撒盐，当初刘台弹劾他时，他伤心地说立国二百年无门生劾座师，这回又说，严嵩(嘉靖朝的权臣，江西分宜人)当政时从没有老乡弹劾他，我混得还不如严嵩。
首先上疏的是吴中行，翰林院的官俗称“词臣”，既不用负六部九寺官员的行政责任，也没有科道官的监察责任，而是在文墨上供皇上差遣，但很清贵，基本上作为帝国重要的后备高官培养，翰林院出来的，升官比一般人要快。稳稳当当不惹事，外放做知府，或者进部院任要职，是指日可待的事情。
吴的上疏以情取胜，说父子一别十九年，于今永诀，儿子不亲自凭棺临穴，不近情理，元辅当天下重任，正己才能正百官，然后可以正万民。这吴中行比较坦荡，他上疏后，抄了一个副本，送给老师过目，张居正看后，惊问：这上疏送进去了?吴回答干脆，不送进宫我是不敢告诉先生的。
大家正为张居正守制问题争论不休时，彗星出现了，这种自然现象在古代被认为这是上天示警，另一位学生赵用贤抓住“星变”这件事，要求皇帝至少仿照先朝杨溥、李贤的成例，让张居正先回家守制，未满二十七个月时下诏让他提前回朝。
艾穆和沈思孝联名上书，措词更为激烈，说陛下留张居正，声言为了社稷，可社稷所重莫重于纲常，而首辅大臣是维护纲常的表率，现在连纲常都不顾了，社稷怎么能安呢?
这艾穆因为是张居正的老乡，张对他十分关照，他和海瑞一样，仅仅是个举人，这在重科第出身的明朝，是官场最大的劣势，但他名气大，张居正曾让他当诰敕房中书舍人——即中枢看管皇帝诰命敕书的机要秘书，位置很重要，艾穆谢绝了这番好意。不久，他提拔成刑部员外郎(最高审判刑罚机构的副司长)，有一年和御史一起去陕西录囚，即对死刑进行复核。张居正推崇刚猛治国，惩治犯罪要用重典。在这种“严打”的指导思想下，每个省取决犯人都有名额，不完成任务的相关官员要受处罚，如此冤案自然难免。而艾穆那年复核死刑，只杀了两个人，同去的御史很担心上面怪罪，艾穆说，我总不能用人命来博取自己的官位。
可以说，这上疏弹劾张居正的四个人，都是有一身正气的君子，他们的出发点是好的，为了维护纲常名教，不惜得罪皇帝和宰相。张居正未必不知道这几个人的品行，也未必不知道这些人并非专门给自己作对。但作为主持改革大局的政治家，他看得更远，他看到几位道德感很强的小官员后面的潜流。有人盼望着这潜流无限泛滥，直至否定新政。所以张居正必需用霹雳手段阻止这潜流。张居正曾对人说过：芝兰当路，不得不锄。意思说再高贵的花，挡在大路中间，也得把其锄掉。
张居正便用廷杖——打板子的方法来“锄”这些芝兰，来应对他一生最大的公关危机。
廷杖是明朝开国皇帝朱元璋创立的不人道、严酷的刑罚之一，主要用来对付不听话的官员。大庭广众之下，让校尉用棍子打屁股，这不仅是对肉体的伤害，也是对人格的侮辱。
但事物总在不断地变化，因为触怒圣颜而被廷杖的多是耿直之士，往往获得舆论的同情，有辱斯文的廷杖便演变成一种荣誉性标志。黄仁宇评价道：“有的人却正好把这危险看成表现自己刚毅正直的大好机会，即使因此而牺牲，也可以博得舍生取义的美名而流芳百世。”正德朝的王阳明说得很明白：“为名与为利，虽清浊不同，然其利心归一。”
廷杖通常由司礼监太监监督，行刑人和监督太监心有默契，看监督者站立姿势决定下手的轻重。若监督太监靴尖朝外成八字型，就下手较轻，高高扬起，轻轻地拍一拍;若朝内成八字型，则下手较重，往死里打。
这番首辅很生气，后果很严重，当然要往死里打。掌管礼仪大事的礼部尚书马自强(字体健，陕西同州人)、翰林院的长官王锡爵(字元驭，苏州太仓人)两大重量级人物前来求情都没有用，连张居正儿子张嗣修的同年好友沈懋学(字君典，宁国府宣城人)拜托嗣修向父亲求情，也被拒绝。这沈懋学和张家的关系不一般，张嗣修中进士前，张居正物色天下的才子陪自己儿子读书，相互促进。沈欣然答应，后来中了状元，另一位大才子、《牡丹亭》的作者汤显祖(字若士，江西临川人)拒绝了，直到张居正死后才考取进士。
吴、赵两人被打六十棍后，发回原籍为民。打完后，吴中行口鼻流血，奄奄一息。中书舍人秦柱(字汝立，常州府无锡人)很仗义，带着医官赶来治理才救了一命。这要担很大的风险，亲朋好友前来探视受伤的吴中行，看管的士兵都要询问记录，朝廷要了解哪些人在同情他。赵用贤是个大胖子，廷杖时，一片片手掌大的肉脱落，他老婆干脆将脱落的肉腌制起来收藏，留给子孙做传家宝。现在想来这种方式真有些恐怖。
艾穆、沈思孝骂张居正更厉害，因此他俩的刑罚更重。两人被杖八十，三天后才苏醒，然后被发配到边疆充军。
被杖的四人一下子成为天下士大夫仰慕的楷模，当时皇帝经筵的讲官许国(字维桢，徽州歙县人)送给吴中行一只玉杯，上刻诗曰：“斑斑者何?卞生泪。英英者何?兰生气。追之琢之，永成器。”送给赵用贤犀角杯一只，上刻诗曰：“文羊一角，其理沉黝。不惜剖心，宁辞碎首。黄流在中，为君子寿。”对二人做出高度的评价和美好的祝福。可世事难料，张居正死后，吴、赵二人重新回朝廷做官，许国已做到内阁中仅次于首辅的二把手，和吴、赵成为政治上的对手，许国谴责二人，“意气感激，偶成一二事，遂自负不世之节，号召浮薄喜事之人，党同伐异，罔上行私，其风不可长。”真乃此一时，彼一时也。
今天看来，张居正这种危机处理方式霸道残酷，但在当时他能找到更好的办法么?不像一个民主社会里，可以到议会替自己辩护，又没有一个中立的仲裁机构。当时只可能一方不惜自己的生命博取舆论，另一方利用国家权利进行惩罚。上疏弹劾张居正不丁忧，既不是个纯粹的道德问题，也不是个纯粹的法理问题，而是各种因素搅和在一起的政治问题，对万历帝和张居正而言，不快刀斩乱麻将搅得没完没了。