皇太极做了汗王后，情况变得异常复杂，特别是在皇太极与代善、阿敏、莽古尔泰四大贝勒的关系上。按照八大贝勒共理国政的制度，皇太极登上汗位之后，与其他和硕贝勒之间并没有君臣之别，在理论上讲，他们的身份是平起平坐、平等共处的，在举行朝会、各种集会和重大典礼时，四大贝勒并肩而坐，共同接受大家的叩拜。在元旦大典时，皇太极还要率领众兄弟子侄向代善、阿敏、莽古尔泰三人行拜贺大礼。有证据显示，相当长一段时间里，在这种制度原则下，大体上维持了一种均衡的态势。随着形势的发展，皇太极威权日重，最后，平衡终于被打破。
链条首先是在二贝勒阿敏身上被打断的。事情发生在皇太极继位为汗后的第四个年头。
阿敏是皇太极的堂哥。努尔哈赤将弟弟舒尔哈齐杀死后，让阿敏继承其父亲舒尔哈齐留下的大部分遗产。因此，阿敏死心塌地地追随努尔哈赤东征西讨，所立战功颇多，一直是努尔哈赤最重要的战将之一。大约属于那种凶猛、不怕死，很能打仗，却也十分粗野横暴一流人物，在推举皇太极为汗的问题上，他表现得很痛快。谁知，皇太极刚刚继位不久，这位阿敏就要求皇太极同意他“出居外藩”，就是打算自己自成一国，皇太极断然拒绝。由此，皇太极对阿敏心生不满。(王先谦《东华录》崇德四年八月)
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皇太极第一次率军袭扰北京时，可能有在反方向上打通山海关进军之路的意图，因此，攻克永平、滦州、迁安、遵化四城之后，便命留守沈阳的阿敏率兵前去驻防。当时，皇太极安置了这些城市归降的官民，并严厉约束诸王贝勒，不许对这些人加以侵害，以便在关内汉族地区扩大政治影响，违者将要从严治罪。
不料，阿敏根本不以为意。他一到永平，就对部下说：“既然已经拿下城池了，为什么不屠其民?我既然到这儿了，就不会让你们空手而归。”当时，正值孙承宗率领明军实施大反攻之际，这厮既不组织抵抗，也不支援友邻部队，而是下令屠城，将已经归降的所有汉官与永平(即今天河北省卢龙县)与迁安两城百姓全部杀死，将所有财物掳掠一空，然后一溜烟跑回了沈阳。
这场血流成河的屠杀，造成了严重的政治后果。此后，大凌河、锦州等地军民宁愿战死、饿死也不投降，与此次屠城有直接关系。
皇太极收到明军反攻的军报后，立即派遣部队紧急赴援。随后，便传来阿敏弃城逃归的消息。皇太极大惊，勒令阿敏驻屯于城外十五里处，不许进入沈阳城，并责问原因。
三天后，大明崇祯三年、后金天聪四年(公元1630年)六月七日，皇太极召集所有贝勒大臣，一口气宣布了阿敏十六条大罪。平心而论，阿敏这厮的确有他自己的取死之道，咎由自取的味道很重，并不值得同情。
永平屠城并弃守后，有资料说，该城之中血流有声，这阿敏实属罪该万死。其他那些罪名，也显然背离了推举皇太极继位时他本人亲口立下的誓约。因此，细细考究起来，虽然不无欲加之罪的嫌疑，譬如，其中指斥阿敏轻视皇太极、有不轨之心的罪名达十一条之多，叫人无法完全心服口服，但毕竟还不是无中生有。皇太极让大家集体讨论处理办法，众人异口同声，以为应该处死阿敏。最后，皇太极下令将其幽禁起来。(《清太宗实录》卷七)
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十年后，即大明崇祯十三年、大清崇德五年，阿敏在幽禁中死去。接下来，轮到了莽古尔泰。
三贝勒莽古尔泰是皇太极的五哥，在努尔哈赤的众多子侄中，他能够成为四大贝勒之一，显然与他骁勇善战且战功赫赫有关。莽古尔泰很早就与皇太极并肩作战，两人之间的关系可能一度还很亲密。二人反目是在阿敏被幽禁的第二年。
大明崇祯四年、后金天聪五年(公元1631年)八月十二日，皇太极率军围攻大凌河城，猛攻不下，伤亡甚众。第二天，莽古尔泰找到皇太极，要求把隶属他的旗下，如今被差遣出去的精兵归还给他。皇太极说：“我听说你的部下凡有差遣，总是违误。”莽古尔泰说：“一有差遣，我的部众总要比别人多一倍，什么时候有过违误?”皇太极恼火道：“果真如此，就是诬告，我会严加追究;如果揭发属实，就要把违误者绳之以法。”说完，皇太极红头涨脸地准备上马离去。莽古尔泰急了，说：“皇上应该出以公心说明白，为什么总是和我过不去?因为你是皇上，我一切都顺着你，你却这么不知足!难道是想杀我吗?”边说边握住腰间的刀柄，注视着皇太极。莽古尔泰的同母弟弟德格类见此情形，忙打了莽古尔泰一拳，并骂道：“你这是大逆不道呀。”莽古尔泰怒骂道：“蠢东西，竟敢打我!”说着，将佩刀拔出了半尺许，德格类连忙把他推到了一旁。回到营帐后，皇太极对诸贝勒将领痛骂道：“他不过是个弑母邀宠的家伙，怎么竟然轻视我到了这个地步?”随后，痛斥那些御前侍卫：“养你们有什么用?看他拔刀，你们为什么不上前护卫?”(《清太宗实录》卷十二)
大凌河战役结束后，当年十月，众贝勒议定，以莽古尔泰“御前露刃”的“大不敬罪”，革去其大贝勒爵位，降为多罗贝勒，罚款一万两白银，夺五牛录。莽古尔泰也在事后表示，当时喝酒喝多了，所以没能控制住自己。第二年，莽古尔泰参与了征伐蒙古察哈尔部与攻掠大同、宣化的战斗，十二月，莫名其妙地死去。
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史书记载说，皇太极参加了莽古尔泰的丧礼，直到后半夜才回来，然后，在中门设灵堂祭奠，大哭了一场。(《清史稿》列传四，诸王三)三年后，莽古尔泰的弟弟德格类死后一个月，有人告发莽古尔泰兄妹三人合谋危害皇太极。抄家时，发现了十六块刻着“大金国皇帝之印”字样的牌印，遂削夺封爵，莽古尔泰的妹妹和一个儿子被处死，六个儿子降为庶人，所有人口财产抄没入官。莽古尔泰所属的正蓝旗收归皇太极自己统领。最后，形成了正黄、镶黄、正蓝的所谓上三旗。
现在，四大贝勒中，除了皇太极，只剩下了一个大贝勒代善。
皇太极继承汗位时，代善推举最力。当时，努尔哈赤一辈人已经基本过世，代善是年岁最长、行辈最高、资历和战功最显赫的在世者，其声望远在阿敏、莽古尔泰之上，且性情宽柔得众人心，是后金乃至大清决策层中的平衡器与稳定器。可能与母亲佟佳氏和哥哥褚英的遭遇有关，代善表现得谦退平庸，没有显示出领袖群伦的格局与魄力。我们无法断言，代善究竟为什么自动退出汗位竞争，转而全力支持皇太极。有自知之明?为了六年前与大妃的暧昧传闻?顾全大局?皇太极众望所归?我们不得而知。从代善一生行事品格推断，也许是上述因素综合发挥作用所致。
一般说来，皇太极和代善的关系还算不错，团结多，斗争少，即便有斗争也从不涉及根本的利害关系，一旦触及，代善立即谦让后退并坚定支持皇太极。譬如，莽古尔泰和皇太极争吵时，明明有可能是皇太极理亏，代善仍然气恨恨地斥骂莽古尔泰：“如此悖乱，还不如死!”(王先谦《东华录》，天聪五年十二月)并在后来主动提出不再与皇太极并肩而坐，使皇太极顺利实现了“南面独坐”。(《满文老档》，太宗天聪四十五)
天聪九年，多尔衮远征察哈尔，获得传国玉玺，令后金人众认为这是天命所归，从而士气大振。众人仿效当年推举皇太极继承汗位的做法，纷纷立誓书拥戴皇太极上皇帝尊号。皇太极指示由于大贝勒年纪大了，可以免于立誓。代善不同意，主动要求并最后带头在众人面前发下拥戴皇太极登帝位的重誓，表示，若像莽古尔泰、德格类那样心怀不轨的话，将天地不容、遭殃而死。(《汉译》)就这样，代善大体受到了皇太极的礼遇和尊重。不过，二人之间的一些摩擦也很有意思，颇为意味深长。在代善，会不时地做一些令皇太极不那么舒服的事情，表明自己的存在;在皇太极，则随着威权日重，也时不时对代善晓以利害，甚至丝毫不假以辞色。满文旧档-->满文旧档-->
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二人之间最严重的冲突，发生在天聪九年，事情是由皇太极的姐姐引起的。
据皇太极说，他的这位姐姐哈达公主脾气暴躁乖戾，且特别喜欢在背后进谗言搬弄是非，大约属于悍妇加长舌妇一类人物。因此，可能从努尔哈赤时代起，姐弟二人关系就不好。这年九月，皇太极率领大家迎接多尔衮远征察哈尔凯旋。在返回沈阳的路上，哈达公主和皇太极发生不愉快，赌气先走。路过代善的营帐时，代善叫他夫人把公主迎进帐，设盛宴款待，并赠送财帛礼物。皇太极知道后，震怒，除派人前去责问外，还不知会任何人，独自返回沈阳，并关闭宫门，不许任何人觐见。
数日后，皇太极召集所有贝勒大臣与侍卫，当面痛斥代善。他长篇大论，痛说家史，把数十年来和代善之间的恩恩怨怨一一倾诉。他愤怒责问代善：为什么过去和哈达公主的关系并不好，如今看到哈达公主与自己闹别扭，就这样对待哈达公主?居心何在?然后，又一一点名痛斥其他诸贝勒。最后，他愤怒地表示：你们悖乱如此!我将杜门而居，你们另外推举一个强有力者为君吧。我安分守己过日子足矣。随后，怒火万丈地返回宫中，关闭宫门不再露面。
最后，心惊肉跳的诸贝勒大臣会同六部官员公审代善，拟定革大贝勒名号，削和硕贝勒职，夺十牛录，罚雕鞍马十匹，甲胄十副，银万两，并拟定处罚他的儿子萨哈廉。然后，所有人等一齐来到朝门前，跪请皇太极出宫视政。
皇太极挣足了面子，遂下令宽免代善、萨哈廉，罚款了事。(《清太宗实录》，天聪九年九月壬申)
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有趣的是，这件事情过后不久，代善、萨哈廉就成为拥戴皇太极上皇帝尊号最为积极的人物。皇太极也在登上帝位之后，封代善为“和硕兄礼亲王”，成为皇帝之下的第一亲王。更加有趣的是，一年后，代善又做了一件更加意味深长的事儿。
皇太极即位后，曾经作出一项规定，限制诸王贝勒的侍卫人数。代善可能不太高兴，有一天，他不带侍卫，自己牵着马，腋下夹着褥垫去见皇太极，显然是故意做给皇太极看。后来，皇太极称帝的第二年，代善违反规定，为自己多配备了十二名侍卫，并对有关部门负责人说，皇太极的护卫也超过了定额。这件事逼得皇太极当众对证，最后，证实其侍卫人数不但没有超额，反而还不够定额。(《清太宗实录》卷三十七)我们知道，皇太极前后执政十七年。这件小事的意味深长之处在于：在皇太极继承汗位十年、登基做皇帝两年之后，代善仍然敢于和他攀比，并不将他看成是可以为所欲为、至高无上的皇帝。
崇德四年底，皇太极携众人前往叶赫地区打猎。代善马失前蹄，伤了脚。皇太极跳下马，亲自为他裹伤、给他敬酒，并且流着泪责备他：“大哥年纪大了，我再三劝你不要驰马，大哥为什么这么不善自珍重?”随即罢猎而还，并命代善坐轿缓行，一直护卫到家。(《清太宗实录》卷四十九)
三年后，皇太极死。代善为防止内乱，拥戴皇太极六岁的儿子福临继位，并可能亲自出面，断送了自己策划拥立多尔衮的一子一孙的性命。就这样，他成了大清帝国前期最受人尊敬的安全阀，并在威望崇高、地位尊荣之中，平平安安地度过了一生。虽然他可能时时感受到不那么令人愉快的深深的悒郁。
从这些事迹中可以看出，代善显然不是一个庸懦无能的人。在他的行事中，甚至能够令人部分地体味出，人口满打满算不到一百万的女真人，怎么就能够取代大明，在人口上亿的中华帝国，建立了最后一个王朝!