针灸疗法作为人们防治疾病的一种手段，其生存与发展莫不与其临床疗效的高低直接相关。针灸疗效受多方面的、复杂的因素影响，包括辨症和诊断正确与否、疾病的性质、病人的机能状态、针灸工具、穴位选择与相互配伍、针灸的时间和时机、针刺手法、针刺方向、深浅、患者的体位等因素。在临床工作实践中，要发挥针灸治病的最大效果，必须使针灸对机体神经系统起到应有的兴奋或抑制作用。因此，一定要掌握好针灸治病的三个关键因素：刺激的手法、刺激的部位和刺激的时机。
针刺的原则，《灵枢·九针十二原》篇云：“凡用针者，虚则实之，满则泄之，宛陈则除之，邪胜则虚之。”而灸法的原则是“寒者温之，虚者补之，陷下则灸之。”凡是实证、热证及阴虚发热证均忌灸。《伤寒论》有明训：“微数之脉，慎不可灸，因火为邪，则为烦逆，追虚逐实，血散脉中，火气虽微，内攻有力，焦骨伤筋，血难复也。”
病证有轻有重，原发继发，症状表现有主有次，则针灸当分标本缓急。《素问·标本病传论》云：“知标本者，万举万当；不知标本，是谓妄行。”明察标本很重要。标本是个相对的概念，以脏腑经络言，则脏腑为本，经络为标；以患病的先后言，则先病者为本，后病者为标；以治病的规矩言，急则治其标，缓则治其本；以治法与疾病的关系言，有病在标而刺其本、病在本而刺其标的逆刺法，有病在标即刺其标、病在本即刺其本的从刺法。认识了标本与逆刺、从刺法的分别，治疗时就可以考虑应取哪一条经络，宜用深刺或浅刺哪一种手法，可权其轻重，量其缓急，来进行治疗。
在一般情况下，应根据“治病必求其本”的原则，先治疗本病，后治标病。因本病多属原发病，标病多是由本病变化派生而来，本病得不到控制，则标病亦不能解除，即使暂时缓解，亦不能根治。然而在标病相当急迫，不先解决很可能导致病情危重的情况下，宜“急则治其标”，比如《素问·标本病传论》中明确指出：“先热而后生中满者治其标……小大不利治其标。”腹胀满与大小便不通，虽属后生之标病，但因胃肠乃受盛、化物与传导的要道，“六腑以通为顺”，如果闭塞不通，必生他变甚至危及生命，所以必须先通利大小便，急则治标。大小便通利，则中满可除，进而热降神清，为下一步治疗本病创造了条件。
对于患有多种慢性病又体质虚弱者，应精简取穴，抓主证治疗。切忌繁复取穴，多病同治，会引起病人疲乏不堪，加重病情。例如：患者原有慢性肾病，症见腰膝酸软，精神困顿，畏寒肢冷，舌淡，脉沉细弱。辨证：肾阳不足，命门火衰。治法：温补下元灸法操作，取肾俞、关元以治本。但若出现脾肾两虚，土不制水，水湿泛滥，见不思饮食、小便不利，甚则周身浮肿，当急则治其标，取三焦俞、水道、三阴交、阴陵泉，利水化湿以治标。若更因感受外邪，见咳逆气喘、泛恶欲呕等水寒射肺的症状，是为标本俱急，随取列缺、中脘、关元、阴陵泉，宣上导下，温阳化气利水，是为标本同治。