《难经·六十六难》说“三焦者，原气之别使也，主通行三气，经历于五脏六腑”。滑寿注释说“三焦主持诸气，为原气别使者，以原气赖其导引，潜行默运于一身之中，无或间断也”。
气行则水行，三焦主通行原气，能通调水道，输布水液。故《素向·灵兰秘典论》曰“三焦者，决读之宫，水道出焉”。
如果三焦不通，在临床应用中，用好膻中、天枢、阴交、气冲这四个穴位就可通治三焦，取穴少，效果好。
1、理论渊源
《难经》三十一难载：“上焦……其治在膻中;中焦……其治在脐旁;下焦……其治在脐下一寸……三焦，其府在气街。”其旁指天枢穴，脐下一寸指阴交穴，气街即气冲穴。膻中主治上焦疾病，天枢主治中焦疾病，阴交主治下焦疾病，气冲通治三焦疾病。
《难经》认为三焦“有名而无形”，“三焦者，气之所终使也”(三十一难)，“主持诸气”(三十八难)，“三焦者，原气之别使也，主通行三气，经历五脏六腑”(六十六难)。
归结起来，三焦的主要生理功能：
一是主持诸气，总司全身气机和气化；
二为水液运行的通道，水液的正常代谢依赖于其气化功能的正常。
2、作用机理
三焦配穴法的理论基础是藏象经络学说。
1、膻中穴
1、位置：膻中穴位于胸正中线上，两乳连线中点。为任脉穴，心包之募穴，八会穴之气之会，足太阴、少阴、手太阳、少阳、任脉之交会穴(《针灸大成》)。《灵枢·海论篇》：“膻中者，为气之海。”《经脉篇》：“三焦手少阳之脉……入缺盆，布膻中，散络心包。”
2、功能：宽胸理气、活血止痛、降逆利膈。
主治上焦心肺疾病：呼吸短气、咳逆哮喘、肺痈唾脓等呼吸系统疾病;胸闷、胸痛等心血管疾病;呃逆、不下食等膈肌不利之病症。
2、天枢穴
1、位置：天枢穴位于脐中旁开2寸，为足阳明胃经穴，大肠之募穴，在上下腹分界处，斡旋上下，是中焦气机升降的枢纽。
2、功能：健脾胃、通肠腑、调经带。主治脾胃肝胆疾病：腹胀、腹痛、肠鸣、泄泻、食不化、不嗜食、奔豚气上冲等消化系统疾病;月事不调、漏下赤白、女子胞中痛等妇科疾病。
3、阴交穴
1、位置：阴交穴为任脉穴，在脐下一寸，正为肾间原气所居之处，刺之能调补下焦原气，通利小便。《难经》“下焦者，治在脐下一寸。”原穴配背俞原补益原气，调理下焦。阴交为任脉穴、冲脉、足少阴肾经三经交会穴。
2、功能：调理经带、利水消肿、温补下焦。
主治下焦疾病：月经不调、带下、绝子、产后恶露不止、乳余疾等妇科疾病;水肿癃闭等泌尿系统疾病;阴痒阴汗、疝气、阴中痛等前阴病症;以及命门火衰之腰膝酸软等症。