肛门松弛的原因主要分为两大类，一个是先天性因素，也就是有一些人因为先天畸形而出现肛门松弛现象，还有一类是后天人为造成的，比如女性生孩子、肛周肌肉受到损伤等。
1、先天因素
肛门直肠先天畸形或神经障碍均可导致肛门松弛，小儿先天性因素是盆腔组织结构发育未完善，支持直肠的周围组织相对薄弱、固定不牢。
2、生育因素
妇女生育时的会阴撕裂伤使肛门前侧括约肌完全断裂造成肛门松弛。
3、肛周肌肉损伤
主要是肛门括约肌损伤，由肛管直肠部手术引起，比如肛周脓肿、肛瘘、内外痔等手术时，不慎造成损伤。或是由于外伤，如外力冲击、烧伤、冻伤、撕裂等原因，而引起肛门松弛。
4、肛管直结肠疾病
最常见为直肠肿瘤及炎症性疾病，直肠肿瘤浸润损伤肛门括约肌，溃疡性结肠炎等引起直肠炎症导致长期腹泻，完全性直肠脱垂引起肛门松弛等。此外，肛门部烧伤瘢痕形成或因药物腐蚀造成损伤亦可致肛门松弛。
5、 肛门括约肌功能障碍
由于混合痔、环形内痔等肛肠病的存在，使肛门括约肌过度扩张松弛;或因年老体弱，肛门括约肌萎缩无力等，以致括约肌功能障碍，产生肛门松弛。另外，神经系统疾病如肛门神经损伤、脊髓及骶神经受损、感染等也会引起括约肌功能障碍。