多数眼药水含防腐剂：大部分眼药水为了保持无菌性、延长有效期，都加入了防腐剂。虽说微量的防腐剂对眼睛损伤不大，但频繁使用眼药水，就会使角膜、泪膜等眼组织经常接触防腐剂，久而久之，就容易损伤角膜上皮细胞、破坏泪膜、影响正常的泪液分泌。原则上讲，眼药水能不用就不用，若必须使用，一天不应超过4次。
提醒，使用眼药水前，应了解以前是否有药物过敏史，若有则不能使用。眼药水搭配是眼药水使用过程中需要注意的。有些眼药水是可以合用的，一般一种滴完后，间隔5分钟以上可再滴另外一种。而有些眼药水是不能合用的，否则可能降低药物的疗效，甚至产生毒性作用。因此，最好不要自作主张将眼药水随意搭配使用。
随意购买使用消炎眼药水是眼药水使用中存在的主要问题之一。不同的消炎眼药水有不同的适用范围和副作用，如抗生素类眼药水托百士，主要用于细菌感染引起的炎症；无环鸟苷眼药水用于病毒感染性角膜炎、结膜炎等；激素类眼药水可的松、典必殊等，主要用于非感染性炎症。激素类眼药水可降低眼部的抵抗力，若滥用，可引起角膜炎、结膜炎病情加重，甚至发生青光眼等并发症。因此，眼药水要在医生的指导下合理使用，否则可能适得其反。
眼药水每次点1~2滴：点眼药水一般每次点1～2滴就够了，点多了，眼睛吸收不了。
眼药水也是药：不少人看到自己的眼部症状和别人的“一样”，就不去看医生了，而是照着别人用的眼药水买一瓶自行使用。这样做很危险。专家提醒，眼药水也是药，应在医生指导下选择和使用。特别是以下几种眼药水更要慎用：
阿托品眼液：它的散瞳作用很强，且作用时间长，一旦用它将瞳孔散大，一般需要三周左右的时间才能完全恢复正常。在此期间，很难用药物使瞳孔缩小。有的患者曾经因为“眼红”症状，错用阿托品眼液，结果导致双目失明。
激素类眼药水：这类眼药水刚开始使用时能有效缓解眼睛干涩、发红等不适症状，但长期使用的话，可造成眼压升高、视神经损害、视野缺损、视力下降等，甚至会引发皮质类固醇性青光眼。