气功通过各个系统的慢性病以及病后体弱的康复等方面有显著疗效。有的是以气功为主要方法，有的则把气功作为一种辅助手段。
1.心血管疾病
现知原发性高血压病除了遗传因素外，还和心身障碍有关，冠心病心绞痛的发作也可由精神紧张诱发，这类疾病虽然还有饮食起居等复杂因素，但气功疗法配合药物控制，对这类疾病是确实有效的。即使是器质性心血管病如风湿性心脏病、心肌炎、心功能不全、血管弹性减退乃至硬化，采用动静结合的气功疗法，也有利无弊，但应考虑病情轻重缓急，采用不同的功法和功量。一般以放松入静的坐功或站桩功为主。血脂及粘度增高者，只要血压不是过高，心电图改变不太明显的，可适当增加动功功量。
2.消化系统疾病
溃疡病、慢性胃肠炎及胃肠道功能紊乱引起的各种病症，气功锻炼可调整消化道功能，阻断恶性循环，有利于溃疡的修复和炎症的消退，尤其是胃肠功能紊乱引起的腹泻便秘，采用“内养功”可收到较好的效果。此外，对慢性肝炎和胆囊炎，“内养功”也可促进局部血液循环，消除内脏郁血，调节消化液的分泌，促进肝功能的恢复。体质好的可适当增加动功功量和自我保健按摩。
3.呼吸系统疾病
常见的呼吸系统疾病有肺结核、慢性支气管炎、肺气肿，矽肺及肺心病等，气功调息法以及配合呼吸的动功，均有利于这类疾病的康复。在自然腹式呼吸基础上加强的气功顺呼吸法，可使横膈活动幅度增加数倍，从而使肺的代偿功能加强，肺气肿和矽肺，没有特异性药物可以治疗，应用气功锻炼之所以有效，发挥肺功能的代偿潜力是一个重要原因。此外，气功还可改善免疫机能，降低过敏反应，故对慢性支气管炎和支气管哮喘有益。又因气功改善了肺循环和氧交换，消除了肺部郁血，从而减轻了右心负担，故对肺原性心脏病患者也有一定好处。
4.精神神经系统疾病
大量的神经官能症，其主要发病机理是由心因性原因引起大脑皮质功能紊乱，以及皮质和皮质下中枢机能失调，气功可调整其机能的紊乱，使兴奋和抑制过程得以平衡，从而减轻或消除焦虑状态，改善睡眠，甚至可改变性格。对皮质下中枢的敏感现象，包括各种主观不适及客观体征，都能取得一定的疗效。气功的静功对这类疾病是有针对性治疗作用的，但是如果掌握不当，也不易见效，甚至发生气功偏差。最好配合适当的动功，并根据体质适当增加功量，可增强静功的效果。对神经痛、血管性头痛、紧张性头痛、美尼氏综合征、震颤麻痹、性机能障碍等，气功也可使症状得到一定程度的缓解，可作为主要或辅助康复手段。